[日本語] English
- PDB-4r0m: Structure of McyG A-PCP complexed with phenylalanyl-adenylate -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r0m
タイトルStructure of McyG A-PCP complexed with phenylalanyl-adenylate
要素McyG protein
キーワードLIGASE / phenylalanyl-AMP / adenylation domain / Acetyl-CoA synthetase-like domain / Acyl carrier protein-like domain / peptidyl carrier protein like domain / phenylalanyl-AMP binding
機能・相同性
機能・相同性情報


fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
CurL-like, PKS C-terminal / Methyltransferase type 12 / Methyltransferase domain / ANL, N-terminal domain / ANL, C-terminal domain / ACP-like / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / ANL, N-terminal domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding ...CurL-like, PKS C-terminal / Methyltransferase type 12 / Methyltransferase domain / ANL, N-terminal domain / ANL, C-terminal domain / ACP-like / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / ANL, N-terminal domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / : / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / Acyl transferase domain superfamily / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / PKS_KR / Beta-ketoacyl synthase / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / NAD(P)-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-[PHENYLALANINYL-PHOSPHATE] / McyG protein
類似検索 - 構成要素
生物種Microcystis aeruginosa PCC 7806 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Tan, X.F. / Dai, Y.N. / Zhou, K. / Jiang, Y.L. / Ren, Y.M. / Chen, Y.X. / Zhou, C.Z.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / : 2015
タイトル: Structure of the adenylation-peptidyl carrier protein didomain of the Microcystis aeruginosa microcystin synthetase McyG.
著者: Tan, X.F. / Dai, Y.N. / Zhou, K. / Jiang, Y.L. / Ren, Y.M. / Chen, Y. / Zhou, C.Z.
履歴
登録2014年8月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / citation_author / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_id_CSD ..._citation.country / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: McyG protein
A: McyG protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,2324
ポリマ-146,2432
非ポリマー9892
46826
1
B: McyG protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,6162
ポリマ-73,1221
非ポリマー4941
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: McyG protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,6162
ポリマ-73,1221
非ポリマー4941
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.710, 120.710, 262.780
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

-
要素

#1: タンパク質 McyG protein


分子量: 73121.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Microcystis aeruginosa PCC 7806 (バクテリア)
遺伝子: mcyG, IPF_370 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A8YJW1
#2: 化合物 ChemComp-FA5 / ADENOSINE-5'-[PHENYLALANINYL-PHOSPHATE] / L-フェニルアラニン5′-アデニリル


タイプ: RNA linking / 分子量: 494.395 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C19H23N6O8P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.45 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.8M (NH4)2SO4, 0.1M NaKHPO4, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979228 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月10日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979228 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→54.845 Å / Num. all: 81516 / Num. obs: 81008 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.45→2.58 Å / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SOLVE位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.45→54.845 Å / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.27348 4063 RANDOM
Rwork0.24671 --
obs0.24807 76945 -
all-78148 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→54.845 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9475 0 68 26 9569
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.029739
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9561.97313215
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.5351190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.15725.58448
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.817151692
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1651535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.21511
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0217254
LS精密化 シェル解像度: 2.45→2.514 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 296 -
Rwork0.34 5324 -
obs--98.37 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る