PDB-3zdg: Crystal Structure of Ls-AChBP complexed with carbamoylcholine ana...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3zdg

タイトル

Crystal Structure of Ls-AChBP complexed with carbamoylcholine analogue 3-(dimethylamino)butyl dimethylcarbamate (DMABC)

要素

ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN

キーワード

ACETYLCHOLINE-BINDING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

synaptic cleft / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / synapse / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

LYMNAEA STAGNALIS (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.48 Å

データ登録者

Ussing, C.A. / Hansen, C.P. / Petersen, J.G. / Jensen, A.A. / Rohde, L.A.H. / Ahring, P.K. / Nielsen, E.O. / Kastrup, J.S. / Gajhede, M. / Frolund, B. / Balle, T.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: Synthesis, Pharmacology, and Biostructural Characterization of Novel Alpha(4)Beta(2) Nicotinic Acetylcholine Receptor Agonists.
著者: Ussing, C.A. / Hansen, C.P. / Petersen, J.G. / Jensen, A.A. / Rohde, L.A.H. / Ahring, P.K. / Nielsen, E.O. / Kastrup, J.S. / Gajhede, M. / Frolund, B. / Balle, T.

履歴

登録	2012年11月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年2月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年3月27日	Group: Database references
改定 1.2	2018年1月17日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.4	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.5	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3zdg.cif.gz	825.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3zdg.ent.gz	691 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3zdg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zd/3zdg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zd/3zdg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3zdhC 1uv6S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4nzb-3 4um1-d 4nzb-1 3zdh-1 3u8m-4 4alx-1 3u8m-3 4um3-1 4zr6-d 4nzb-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (5) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (4)

登録構造単位

A: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN

B: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN

C: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN

D: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN

E: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN

F: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN

G: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN

H: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN

I: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN

J: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN

K: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN

L: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN

M: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN

N: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN

O: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN

P: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN

Q: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN

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ヘテロ分子

484 kDa, 20 ポリマー
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1

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O: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN

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2

A: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN

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C: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN

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3

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4

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単位格子

Length a, b, c (Å)	123.730, 144.880, 139.030
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 107.90, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN A AND (RESSEQ 1:155 OR RESSEQ 161:204 ) AND (NOT ELEMENT H)
2	1	1	CHAIN B AND (RESSEQ 1:155 OR RESSEQ 161:204 ) AND (NOT ELEMENT H)
3	1	1	CHAIN C AND (RESSEQ 1:155 OR RESSEQ 161:204 ) AND (NOT ELEMENT H)
4	1	1	CHAIN D AND (RESSEQ 1:155 OR RESSEQ 161:204 ) AND (NOT ELEMENT H)
5	1	1	CHAIN E AND (RESSEQ 1:155 OR RESSEQ 161:204 ) AND (NOT ELEMENT H)
6	1	1	CHAIN F AND (RESSEQ 1:155 OR RESSEQ 161:204 ) AND (NOT ELEMENT H)
7	1	1	CHAIN G AND (RESSEQ 1:155 OR RESSEQ 161:204 ) AND (NOT ELEMENT H)
8	1	1	CHAIN H AND (RESSEQ 1:155 OR RESSEQ 161:204 ) AND (NOT ELEMENT H)
9	1	1	CHAIN I AND (RESSEQ 1:155 OR RESSEQ 161:204 ) AND (NOT ELEMENT H)
10	1	1	CHAIN J AND (RESSEQ 1:155 OR RESSEQ 161:204 ) AND (NOT ELEMENT H)
11	1	1	CHAIN K AND (RESSEQ 1:155 OR RESSEQ 161:204 ) AND (NOT ELEMENT H)
12	1	1	CHAIN L AND (RESSEQ 1:155 OR RESSEQ 161:204 ) AND (NOT ELEMENT H)
13	1	1	CHAIN M AND (RESSEQ 1:155 OR RESSEQ 161:204 ) AND (NOT ELEMENT H)
14	1	1	CHAIN N AND (RESSEQ 1:155 OR RESSEQ 161:204 ) AND (NOT ELEMENT H)
15	1	1	CHAIN O AND (RESSEQ 1:155 OR RESSEQ 161:204 ) AND (NOT ELEMENT H)
16	1	1	CHAIN P AND (RESSEQ 1:155 OR RESSEQ 161:204 ) AND (NOT ELEMENT H)
17	1	1	CHAIN Q AND (RESSEQ 1:155 OR RESSEQ 161:204 ) AND (NOT ELEMENT H)
18	1	1	CHAIN R AND (RESSEQ 1:155 OR RESSEQ 161:204 ) AND (NOT ELEMENT H)
19	1	1	CHAIN S AND (RESSEQ 1:155 OR RESSEQ 161:204 ) AND (NOT ELEMENT H)
20	1	1	CHAIN T AND (RESSEQ 1:155 OR RESSEQ 161:204 ) AND (NOT ELEMENT H)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.947472, 0.273292, 0.166159), (-0.253578, 0.32525, 0.910994), (0.194924, -0.905276, 0.377467)	-8.53011, 29.8533, 28.1943
2	given	(0.947472, 0.273292, 0.166159), (-0.253578, 0.32525, 0.910994), (0.194924, -0.905276, 0.377467)	-8.53011, 29.8533, 28.1943

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 23分子 ABCDEFGHIJKLMNOPQRST

#1: タンパク質

ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN

分子量: 23862.523 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

LYMNAEA STAGNALIS (無脊椎動物) / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主:

SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P58154

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 2084分子

#2: 化合物	ChemComp-XRX / 3-(dimethylamino)butyl dimethylcarbamate 分子量: 188.267 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₂₀N₂O₂
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2042 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y
配列の詳細	THE UNIPROT SEQUENCE INCLUDES THE SIGNAL PEPTIDE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M TRIS (AT PH 8.5 ), 2.0 M AMMONIUM SULPHATE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.0379
検出器	タイプ: MARRESEARCH SX-165 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月18日 / 詳細: MULTILAYER MIRROR
放射	モノクロメーター: SILICON CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0379 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.48→37.34 Å / Num. obs: 164848 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 31.17 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 13.8
反射シェル	解像度: 2.48→2.61 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE: 1.8.1_1168)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1UV6

1uv6

解像度: 2.48→37.338 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.61 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2209	8251	5 %
R_work	0.1729	-	-
obs	0.1753	164077	99.54 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.48→37.338 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	31930	0	425	2042	34397

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	33260
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.289	45334
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.648	12460
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.083	5155
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	5789

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	1592	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	1592	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.07
1	3	C	1588	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.084
1	4	D	1597	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.069
1	5	E	1600	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.078
1	6	F	1597	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.073
1	7	G	1597	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.069
1	8	H	1600	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.073
1	9	I	1597	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.069
1	10	J	1600	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.119
1	11	K	1588	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.067
1	12	L	1597	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.069
1	13	M	1585	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.07
1	14	N	1586	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.076
1	15	O	1585	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.094
1	16	P	1597	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.079
1	17	Q	1541	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.075
1	18	R	1588	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.076
1	19	S	1589	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.07
1	20	T	1584	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.069

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.48-2.5082	0.2863	220	0.2048	4698	X-RAY DIFFRACTION	90
2.5082-2.5377	0.2598	283	0.1904	5219	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5377-2.5686	0.2756	281	0.1913	5162	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5686-2.6011	0.3011	275	0.1963	5149	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6011-2.6353	0.2747	291	0.2036	5210	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6353-2.6714	0.2677	276	0.1914	5209	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6714-2.7096	0.2533	265	0.1869	5203	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7096-2.75	0.2429	263	0.1867	5236	X-RAY DIFFRACTION	100
2.75-2.793	0.2572	288	0.1897	5195	X-RAY DIFFRACTION	100
2.793-2.8388	0.2398	285	0.1953	5200	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8388-2.8877	0.2573	294	0.1832	5171	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8877-2.9402	0.2447	289	0.1864	5167	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9402-2.9967	0.2424	275	0.1913	5223	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9967-3.0578	0.2502	265	0.1878	5193	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0578-3.1243	0.2466	264	0.1831	5257	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1243-3.1969	0.2531	288	0.1849	5144	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1969-3.2768	0.234	274	0.1884	5236	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2768-3.3654	0.238	260	0.1801	5247	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3654-3.4643	0.2151	272	0.168	5237	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4643-3.5761	0.2299	285	0.1733	5191	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5761-3.7038	0.2317	278	0.1728	5194	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7038-3.8519	0.2118	287	0.1609	5218	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8519-4.0271	0.1866	286	0.1546	5219	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0271-4.2391	0.1809	320	0.1411	5201	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2391-4.5043	0.1553	253	0.1347	5230	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5043-4.8514	0.1776	260	0.144	5268	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8514-5.3383	0.1829	279	0.1509	5236	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3383-6.1079	0.1892	285	0.1668	5244	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1079-7.6842	0.2188	235	0.1867	5324	X-RAY DIFFRACTION	100
7.6842-37.3418	0.227	275	0.2046	5145	X-RAY DIFFRACTION	96

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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