+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6uat | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of a GH128 (subgroup I) endo-beta-1,3-glucanase (E102A mutant) from Amycolatopsis mediterranei (AmGH128_I) in complex with laminaripentaose | |||||||||
要素 | Glyco_hydro_cc domain-containing protein | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / Glycosyl hydrolase / CARBOHYDRATE | |||||||||
機能・相同性 | Uncharacterised protein family, glycosyl hydrolase catalytic domain / Glycosyl hydrolase catalytic core / Glycoside hydrolase superfamily / Asl1-like glycosyl hydrolase catalytic domain-containing protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Amycolatopsis mediterranei (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Vieira, P.S. / Cabral, L. / Costa, P.A.C.R. / Santos, C.R. / Murakami, M.T. | |||||||||
資金援助 | ブラジル, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2020 タイトル: Structural insights into beta-1,3-glucan cleavage by a glycoside hydrolase family. 著者: Santos, C.R. / Costa, P.A.C.R. / Vieira, P.S. / Gonzalez, S.E.T. / Correa, T.L.R. / Lima, E.A. / Mandelli, F. / Pirolla, R.A.S. / Domingues, M.N. / Cabral, L. / Martins, M.P. / Cordeiro, R.L. ...著者: Santos, C.R. / Costa, P.A.C.R. / Vieira, P.S. / Gonzalez, S.E.T. / Correa, T.L.R. / Lima, E.A. / Mandelli, F. / Pirolla, R.A.S. / Domingues, M.N. / Cabral, L. / Martins, M.P. / Cordeiro, R.L. / Junior, A.T. / Souza, B.P. / Prates, E.T. / Gozzo, F.C. / Persinoti, G.F. / Skaf, M.S. / Murakami, M.T. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6uat.cif.gz | 68.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6uat.ent.gz | 47 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6uat.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6uat_validation.pdf.gz | 762.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 6uat_full_validation.pdf.gz | 763.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6uat_validation.xml.gz | 13.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6uat_validation.cif.gz | 19.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ua/6uat ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ua/6uat | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6uaqC 6uarC 6uasC 6uauC 6uavC 6uawC 6uaxC 6uayC 6uazC 6ub0C 6ub1C 6ub2C 6ub3C 6ub4C 6ub5C 6ub6C 6ub7C 6ub8C 6ubaC 6ubbC 6ubcC 6ubdC 6uflC 6ufzC C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27859.891 Da / 分子数: 1 / 変異: E102A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Amycolatopsis mediterranei (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0FQ07 |
---|---|
#2: 多糖 | beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D- ...beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose |
#3: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.81 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: Zinc Chloride 0.01 M PEG 6000 20% sodium acetate 0.1 M |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.458 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.458 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→45.75 Å / Num. obs: 21592 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.78 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 12.38 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2.01 Å / Num. unique obs: 3482 / CC1/2: 0.52 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→39.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.146 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 61.67 Å2 / Biso mean: 27.041 Å2 / Biso min: 16.94 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.9→39.63 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.899→1.948 Å / Total num. of bins used: 20
|