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万見
- PDB-6ub1: Crystal structure of a GH128 (subgroup III) curdlan-specific exo-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ub1
タイトルCrystal structure of a GH128 (subgroup III) curdlan-specific exo-beta-1,3-glucanase from Blastomyces gilchristii (BgGH128_III) in complex with laminaribiose at -3 and -2 subsites
要素GLYCOSIDE HYDROLASE
キーワードHYDROLASE / Glycosyl hydrolase / CARBOHYDRATE
機能・相同性fungal-type cell wall polysaccharide metabolic process / : / Uncharacterised protein family, glycosyl hydrolase catalytic domain / Glycosyl hydrolase catalytic core / fungal-type cell wall / Glycoside hydrolase superfamily / beta-laminaribiose / beta-D-glucopyranose / Asl1-like glycosyl hydrolase catalytic domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Blastomyces gilchristii (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Costa, P.A.C.R. / Santos, C.R. / Domingues, M.N. / Lima, E.A. / Mandelli, F. / Murakami, M.T.
資金援助 ブラジル, 1件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)15/26982-0 ブラジル
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structural insights into beta-1,3-glucan cleavage by a glycoside hydrolase family.
著者: Santos, C.R. / Costa, P.A.C.R. / Vieira, P.S. / Gonzalez, S.E.T. / Correa, T.L.R. / Lima, E.A. / Mandelli, F. / Pirolla, R.A.S. / Domingues, M.N. / Cabral, L. / Martins, M.P. / Cordeiro, R.L. ...著者: Santos, C.R. / Costa, P.A.C.R. / Vieira, P.S. / Gonzalez, S.E.T. / Correa, T.L.R. / Lima, E.A. / Mandelli, F. / Pirolla, R.A.S. / Domingues, M.N. / Cabral, L. / Martins, M.P. / Cordeiro, R.L. / Junior, A.T. / Souza, B.P. / Prates, E.T. / Gozzo, F.C. / Persinoti, G.F. / Skaf, M.S. / Murakami, M.T.
履歴
登録2019年9月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12020年8月5日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLYCOSIDE HYDROLASE
B: GLYCOSIDE HYDROLASE
C: GLYCOSIDE HYDROLASE
D: GLYCOSIDE HYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,1808
ポリマ－111,9734
非ポリマー1,2074
水19,7441096
1
A: GLYCOSIDE HYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3352
ポリマ－27,9931
非ポリマー3421
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: GLYCOSIDE HYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1732
ポリマ－27,9931
非ポリマー1801
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: GLYCOSIDE HYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3352
ポリマ－27,9931
非ポリマー3421
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: GLYCOSIDE HYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3352
ポリマ－27,9931
非ポリマー3421
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.323, 60.804, 63.545
Angle α, β, γ (deg.)69.670, 78.240, 77.860
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
GLYCOSIDE HYDROLASE


分子量: 27993.135 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Blastomyces gilchristii (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A179UGT5
#2: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose / beta-laminaribiose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 抗菌剤 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-laminaribiose
記述子タイププログラム
DGlcpb1-3DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5]/1-1/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C6H12O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1096 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.26 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.05 M Potassium di-hydrogen phosphate, 24% Polyethylene glycol 8,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.45854 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.45854 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→35.49 Å / Num. obs: 87019 / % possible obs: 86.2 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 13.35
反射 シェル解像度: 1.6→1.7 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 7.48 / Num. unique obs: 14093 / CC1/2: 0.986 / % possible all: 86.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6UAY

6uay


解像度: 1.6→35.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 3.068 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.111 / ESU R Free: 0.106
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1969 4350 5 %RANDOM
Rwork0.1604 ---
obs0.1623 82649 86.27 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 56.63 Å2 / Biso mean: 16.249 Å2 / Biso min: 7.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.11 Å2-0.25 Å2-0.27 Å2
2--0.68 Å2-0.32 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→35.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6988 0 81 1096 8165
Biso mean--27.2 27.46 -
残基数----920
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0137319
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0176418
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9451.659976
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5991.58814896
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg18.2295.425954
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.12623.239352
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.832151003
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6681527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.2901
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.029506
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021630
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.196 314 -
Rwork0.156 5982 -
all-6296 -
obs--84.56 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.43550.15410.15730.33130.14270.08710.0111-0.05880.02190.0071-0.0118-0.00430.0115-0.00870.00070.02260.0059-0.00060.0494-0.0040.0024-21.658333.3803-52.9874
20.23750.0953-0.14240.12360.09310.3689-0.01910.00680.00590.00060.00930.01780.02910.01790.00980.03010.00740.0050.01060.00260.02181.58663.678-51.3044
30.54810.1510.13860.11890.1780.35290.00170.0846-0.03690.02330.0189-0.00510.00070.0216-0.02070.0336-0.00150.00980.0188-0.01030.01591.583-15.6281-22.2162
40.27050.02470.0330.35050.11450.04560.0277-0.020.00650.016-0.0281-0.0070.0070.00470.00040.0269-0.0040.00410.04370.00750.0023-21.60514.1558-23.6733
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A33 - 302
2X-RAY DIFFRACTION2B33 - 301
3X-RAY DIFFRACTION3C33 - 302
4X-RAY DIFFRACTION4D33 - 302

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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