PDB-6ubb: Crystal structure of a GH128 (subgroup VI) exo-beta-1,3-glucanase...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ubb

タイトル

Crystal structure of a GH128 (subgroup VI) exo-beta-1,3-glucanase from Aureobasidium namibiae (AnGH128_VI) with laminaribiose at the surface-binding site

要素

Glyco_hydro_cc domain-containing protein

キーワード

HYDROLASE / Glycosyl hydrolase / CARBOHYDRATE

機能・相同性

fungal-type cell wall polysaccharide metabolic process / : / Uncharacterised protein family, glycosyl hydrolase catalytic domain / Glycosyl hydrolase catalytic core / fungal-type cell wall / Glycoside hydrolase superfamily / beta-laminaribiose / Asl1-like glycosyl hydrolase catalytic domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Aureobasidium namibiae CBS 147.97 (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Santos, C.R. / Vieira, P.S. / Domingues, M.N. / Cordeiro, R.L. / Tomazini, A. / Murakami, M.T.

資金援助

ブラジル, 1件

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structural insights into beta-1,3-glucan cleavage by a glycoside hydrolase family.
著者: Santos, C.R. / Costa, P.A.C.R. / Vieira, P.S. / Gonzalez, S.E.T. / Correa, T.L.R. / Lima, E.A. / Mandelli, F. / Pirolla, R.A.S. / Domingues, M.N. / Cabral, L. / Martins, M.P. / Cordeiro, R.L. ...

履歴

登録	2019年9月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年5月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年6月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _chem_comp.name / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2020年8月5日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / struct_conn Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.2	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ubb.cif.gz	501.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ubb.ent.gz	413.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ubb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ubb_validation.pdf.gz	3.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ubb_full_validation.pdf.gz	3.2 MB	表示
XML形式データ	6ubb_validation.xml.gz	85 KB	表示
CIF形式データ	6ubb_validation.cif.gz	115 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ub/6ubb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ub/6ubb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6uaqC 6uarC 6uasC 6uatC 6uauC 6uavC 6uawC 6uaxC 6uayC 6uazC 6ub0C 6ub1C 6ub2C 6ub3C 6ub4C 6ub5C 6ub6C 6ub7C 6ub8C 6ubaC 6ubcC 6ubdC 6uflC 6ufzC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6uba-4 6ub8-4 6ub8-5 6uba-3 6uba-6 6ub8-8 6ub8-1 4wts-d 6ub8-9 6uba-10 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glyco_hydro_cc domain-containing protein

B: Glyco_hydro_cc domain-containing protein

C: Glyco_hydro_cc domain-containing protein

D: Glyco_hydro_cc domain-containing protein

E: Glyco_hydro_cc domain-containing protein

F: Glyco_hydro_cc domain-containing protein

G: Glyco_hydro_cc domain-containing protein

H: Glyco_hydro_cc domain-containing protein

I: Glyco_hydro_cc domain-containing protein

J: Glyco_hydro_cc domain-containing protein

ヘテロ分子

312 kDa, 10 ポリマー
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1

A: Glyco_hydro_cc domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS
31.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Glyco_hydro_cc domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.2 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Glyco_hydro_cc domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.2 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Glyco_hydro_cc domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.2 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Glyco_hydro_cc domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.2 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Glyco_hydro_cc domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.2 kDa, 1 ポリマー
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7

G: Glyco_hydro_cc domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.2 kDa, 1 ポリマー
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8

H: Glyco_hydro_cc domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.2 kDa, 1 ポリマー
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9

I: Glyco_hydro_cc domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.2 kDa, 1 ポリマー
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10

J: Glyco_hydro_cc domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	121.349, 152.733, 169.135
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

Glyco_hydro_cc domain-containing protein

分子量: 30811.098 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Aureobasidium namibiae CBS 147.97 (菌類)
遺伝子: M436DRAFT_66913 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A074W9U7

#2: 多糖

beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose / beta-laminaribiose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 抗菌剤 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-laminaribiose

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 477 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.64 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.18 M tri-ammonium citrate, 18% v/v PEG 3,350, 0.01 M Cobalt (II) chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.45857 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.45857 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 130821 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 0.98 / Net I/σ(I): 4.8
反射シェル	解像度: 2.35→2.49 Å / Num. unique obs: 20840 / CC_1/2: 0.433

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.35→49.3 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.904 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.87 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.458 / ESU R Free: 0.296 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THEIR RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.301	6541	5 %
R_work	0.265	-	-
obs	-	130808	99.8 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.87 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.831 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.842 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.989 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→49.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20310	0	230	477	21017

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.013	21230
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.035	0.017	18847
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.193	1.653	28893
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.474	1.591	43937
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.534	5	2462
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.255	22.727	1100
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.859	15	3541
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.212	15	100
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.042	0.2	2681
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	23224
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	4492
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.165	0.2	4040
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.162	0.2	129
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.155	0.2	9837
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.098	0.2	642
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.47	3.697	9878
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.47	3.697	9877
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.882	5.544	12330
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.882	5.544	12331
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.291	3.664	11352
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.291	3.664	11353
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.556	5.482	16563
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.556	5.482	16564
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.35-2.411	0.385	475	0.381	9029	0.381	9551	0.443	0.471	99.5079	0.367
2.411-2.477	0.376	466	0.373	8845	0.374	9336	0.506	0.519	99.7322	0.358
2.477-2.548	0.403	452	0.362	8596	0.364	9065	0.522	0.555	99.8125	0.342
2.548-2.627	0.373	441	0.347	8368	0.348	8822	0.633	0.648	99.8526	0.323
2.627-2.713	0.355	428	0.33	8145	0.331	8579	0.694	0.697	99.9301	0.299
2.713-2.807	0.341	415	0.316	7874	0.318	8291	0.737	0.736	99.9759	0.285
2.807-2.913	0.344	399	0.309	7593	0.31	7998	0.727	0.761	99.925	0.277
2.913-3.032	0.345	386	0.286	7330	0.289	7720	0.777	0.809	99.9482	0.25
3.032-3.166	0.309	370	0.287	7028	0.289	7402	0.823	0.825	99.946	0.254
3.166-3.32	0.317	355	0.264	6739	0.266	7095	0.823	0.854	99.9859	0.231
3.32-3.498	0.3	338	0.256	6426	0.259	6764	0.866	0.881	100	0.23
3.498-3.709	0.273	320	0.225	6078	0.227	6398	0.895	0.916	100	0.201
3.709-3.964	0.26	301	0.209	5720	0.211	6023	0.912	0.923	99.9668	0.181
3.964-4.279	0.243	282	0.199	5358	0.201	5641	0.924	0.934	99.9823	0.172
4.279-4.684	0.226	260	0.199	4942	0.2	5206	0.939	0.94	99.9232	0.167
4.684-5.231	0.245	236	0.199	4485	0.201	4730	0.937	0.941	99.8097	0.167
5.231-6.029	0.269	210	0.228	3992	0.23	4208	0.915	0.927	99.8574	0.189
6.029-7.357	0.265	180	0.229	3420	0.231	3601	0.921	0.921	99.9722	0.193
7.357-10.29	0.228	143	0.205	2705	0.206	2849	0.947	0.951	99.9649	0.188
10.29-49.299	0.35	84	0.311	1594	0.313	1709	0.895	0.924	98.1861	0.289

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