PDB-6uba: Crystal structure of a GH128 (subgroup VI) exo-beta-1,3-glucanase...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6uba

タイトル

Crystal structure of a GH128 (subgroup VI) exo-beta-1,3-glucanase from Aureobasidium namibiae (AnGH128_VI) in complex with laminaritriose

要素

Glyco_hydro_cc domain-containing protein

キーワード

HYDROLASE / Glycosyl hydrolase / CARBOHYDRATE

機能・相同性

fungal-type cell wall polysaccharide metabolic process / : / Uncharacterised protein family, glycosyl hydrolase catalytic domain / Glycosyl hydrolase catalytic core / fungal-type cell wall / Glycoside hydrolase superfamily / beta-laminaribiose / Asl1-like glycosyl hydrolase catalytic domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Aureobasidium namibiae CBS 147.97 (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Santos, C.R. / Vieira, P.S. / Domingues, M.N. / Cordeiro, R.L. / Tomazini, A. / Murakami, M.T.

資金援助

ブラジル, 1件

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structural insights into beta-1,3-glucan cleavage by a glycoside hydrolase family.
著者: Santos, C.R. / Costa, P.A.C.R. / Vieira, P.S. / Gonzalez, S.E.T. / Correa, T.L.R. / Lima, E.A. / Mandelli, F. / Pirolla, R.A.S. / Domingues, M.N. / Cabral, L. / Martins, M.P. / Cordeiro, R.L. ...

履歴

登録	2019年9月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年5月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年6月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2020年8月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6uba.cif.gz	521.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6uba.ent.gz	430.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6uba.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ub/6uba ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ub/6uba	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6uaqC 6uarC 6uasC 6uatC 6uauC 6uavC 6uawC 6uaxC 6uayC 6uazC 6ub0C 6ub1C 6ub2C 6ub3C 6ub4C 6ub5C 6ub6C 6ub7C 6ub8SC 6ubbC 6ubcC 6ubdC 6uflC 6ufzC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ubb-8 6ubb-4 3sim-2 6ubb-2 6ubb-9 6ub7-d 5y7c-2 6ubb-10 6ubb-7 3sim-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glyco_hydro_cc domain-containing protein

B: Glyco_hydro_cc domain-containing protein

C: Glyco_hydro_cc domain-containing protein

D: Glyco_hydro_cc domain-containing protein

E: Glyco_hydro_cc domain-containing protein

F: Glyco_hydro_cc domain-containing protein

G: Glyco_hydro_cc domain-containing protein

H: Glyco_hydro_cc domain-containing protein

I: Glyco_hydro_cc domain-containing protein

J: Glyco_hydro_cc domain-containing protein

ヘテロ分子

316 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glyco_hydro_cc domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS
31.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Glyco_hydro_cc domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Glyco_hydro_cc domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Glyco_hydro_cc domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

E: Glyco_hydro_cc domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

6

F: Glyco_hydro_cc domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

7

G: Glyco_hydro_cc domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

8

H: Glyco_hydro_cc domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

9

I: Glyco_hydro_cc domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

10

J: Glyco_hydro_cc domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.262, 152.798, 169.423
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ILE	ILE	A	A	0 - 246	20 - 266
2	1	ILE	ILE	B	B	0 - 246	20 - 266
1	2	ILE	ILE	A	A	0 - 246	20 - 266
2	2	ILE	ILE	C	C	0 - 246	20 - 266
1	3	ILE	ILE	A	A	0 - 246	20 - 266
2	3	ILE	ILE	D	D	0 - 246	20 - 266
1	4	HIS	HIS	A	A	0 - 245	20 - 265
2	4	HIS	HIS	E	E	0 - 245	20 - 265
1	5	ILE	ILE	A	A	0 - 246	20 - 266
2	5	ILE	ILE	F	F	0 - 246	20 - 266
1	6	ILE	ILE	A	A	0 - 246	20 - 266
2	6	ILE	ILE	G	G	0 - 246	20 - 266
1	7	ILE	ILE	A	A	0 - 246	20 - 266
2	7	ILE	ILE	H	H	0 - 246	20 - 266
1	8	ILE	ILE	A	A	0 - 246	20 - 266
2	8	ILE	ILE	I	I	0 - 246	20 - 266
1	9	ILE	ILE	A	A	0 - 246	20 - 266
2	9	ILE	ILE	J	J	0 - 246	20 - 266
1	10	ILE	ILE	B	B	0 - 246	20 - 266
2	10	ILE	ILE	C	C	0 - 246	20 - 266
1	11	ILE	ILE	B	B	0 - 246	20 - 266
2	11	ILE	ILE	D	D	0 - 246	20 - 266
1	12	HIS	HIS	B	B	0 - 245	20 - 265
2	12	HIS	HIS	E	E	0 - 245	20 - 265
1	13	ILE	ILE	B	B	0 - 246	20 - 266
2	13	ILE	ILE	F	F	0 - 246	20 - 266
1	14	ILE	ILE	B	B	0 - 246	20 - 266
2	14	ILE	ILE	G	G	0 - 246	20 - 266
1	15	ILE	ILE	B	B	0 - 246	20 - 266
2	15	ILE	ILE	H	H	0 - 246	20 - 266
1	16	ILE	ILE	B	B	0 - 246	20 - 266
2	16	ILE	ILE	I	I	0 - 246	20 - 266
1	17	ILE	ILE	B	B	0 - 246	20 - 266
2	17	ILE	ILE	J	J	0 - 246	20 - 266
1	18	ILE	ILE	C	C	0 - 246	20 - 266
2	18	ILE	ILE	D	D	0 - 246	20 - 266
1	19	HIS	HIS	C	C	0 - 245	20 - 265
2	19	HIS	HIS	E	E	0 - 245	20 - 265
1	20	ILE	ILE	C	C	0 - 246	20 - 266
2	20	ILE	ILE	F	F	0 - 246	20 - 266
1	21	ILE	ILE	C	C	0 - 246	20 - 266
2	21	ILE	ILE	G	G	0 - 246	20 - 266
1	22	ILE	ILE	C	C	0 - 246	20 - 266
2	22	ILE	ILE	H	H	0 - 246	20 - 266
1	23	ILE	ILE	C	C	0 - 246	20 - 266
2	23	ILE	ILE	I	I	0 - 246	20 - 266
1	24	ILE	ILE	C	C	0 - 246	20 - 266
2	24	ILE	ILE	J	J	0 - 246	20 - 266
1	25	HIS	HIS	D	D	0 - 245	20 - 265
2	25	HIS	HIS	E	E	0 - 245	20 - 265
1	26	ILE	ILE	D	D	0 - 246	20 - 266
2	26	ILE	ILE	F	F	0 - 246	20 - 266
1	27	ILE	ILE	D	D	0 - 246	20 - 266
2	27	ILE	ILE	G	G	0 - 246	20 - 266
1	28	ILE	ILE	D	D	0 - 246	20 - 266
2	28	ILE	ILE	H	H	0 - 246	20 - 266
1	29	ILE	ILE	D	D	0 - 246	20 - 266
2	29	ILE	ILE	I	I	0 - 246	20 - 266
1	30	ILE	ILE	D	D	0 - 246	20 - 266
2	30	ILE	ILE	J	J	0 - 246	20 - 266
1	31	HIS	HIS	E	E	0 - 245	20 - 265
2	31	HIS	HIS	F	F	0 - 245	20 - 265
1	32	HIS	HIS	E	E	0 - 245	20 - 265
2	32	HIS	HIS	G	G	0 - 245	20 - 265
1	33	HIS	HIS	E	E	0 - 245	20 - 265
2	33	HIS	HIS	H	H	0 - 245	20 - 265
1	34	HIS	HIS	E	E	0 - 245	20 - 265
2	34	HIS	HIS	I	I	0 - 245	20 - 265
1	35	HIS	HIS	E	E	0 - 245	20 - 265
2	35	HIS	HIS	J	J	0 - 245	20 - 265
1	36	ILE	ILE	F	F	0 - 246	20 - 266
2	36	ILE	ILE	G	G	0 - 246	20 - 266
1	37	ILE	ILE	F	F	0 - 246	20 - 266
2	37	ILE	ILE	H	H	0 - 246	20 - 266
1	38	ILE	ILE	F	F	0 - 246	20 - 266
2	38	ILE	ILE	I	I	0 - 246	20 - 266
1	39	ILE	ILE	F	F	0 - 246	20 - 266
2	39	ILE	ILE	J	J	0 - 246	20 - 266
1	40	ILE	ILE	G	G	0 - 246	20 - 266
2	40	ILE	ILE	H	H	0 - 246	20 - 266
1	41	ILE	ILE	G	G	0 - 246	20 - 266
2	41	ILE	ILE	I	I	0 - 246	20 - 266
1	42	ILE	ILE	G	G	0 - 246	20 - 266
2	42	ILE	ILE	J	J	0 - 246	20 - 266
1	43	ILE	ILE	H	H	0 - 246	20 - 266
2	43	ILE	ILE	I	I	0 - 246	20 - 266
1	44	ILE	ILE	H	H	0 - 246	20 - 266
2	44	ILE	ILE	J	J	0 - 246	20 - 266
1	45	ILE	ILE	I	I	0 - 246	20 - 266
2	45	ILE	ILE	J	J	0 - 246	20 - 266

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質

Glyco_hydro_cc domain-containing protein

分子量: 30811.098 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Aureobasidium namibiae CBS 147.97 (菌類)
遺伝子: M436DRAFT_66913 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A074W9U7

#2: 多糖

beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpb1-3DGlcpb1-3DGlcpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a2122h-1b_1-5]/1-1-1/a3-b1_b3-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose / beta-laminaribiose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 抗菌剤 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-laminaribiose

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 699 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.83 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.18 M tri-ammonium citrate, 18% v/v PEG 3350, 0.01 M Cobalt (II) chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.45857 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.45857 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→49.35 Å / Num. obs: 123227 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 11.9 % / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 6.24
反射シェル	解像度: 2.4→2.54 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.15 / Num. unique obs: 19656 / CC_1/2: 0.602

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6UB8

6ub8

解像度: 2.4→49.35 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.925 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.911 / SU B: 14.299 / SU ML: 0.285 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.484 / ESU R Free: 0.268
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2556	6161	5 %	RANDOM
R_work	0.2367	-	-	-
obs	0.2377	117052	99.87 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 101.31 Å² / B_iso mean: 35.357 Å² / B_iso min: 11.53 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.36 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-4.52 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.84 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.4→49.35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20305	0	559	699	21563
B_iso mean	-	-	48.42	28.3	-
残基数	-	-	-	-	2471

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	21580
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	19128
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.276	1.677	29410
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.11	1.611	44598
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.832	5.276	2659
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.172	22.727	1100
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.005	15.199	3688
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.086	15	100
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.051	0.2	2827
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	23231
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	4493

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	8655	0.04
1	2	B	8655	0.04
2	1	A	8645	0.04
2	2	C	8645	0.04
3	1	A	8624	0.04
3	2	D	8624	0.04
4	1	A	8613	0.04
4	2	E	8613	0.04
5	1	A	8653	0.04
5	2	F	8653	0.04
6	1	A	8625	0.04
6	2	G	8625	0.04
7	1	A	8630	0.04
7	2	H	8630	0.04
8	1	A	8619	0.05
8	2	I	8619	0.05
9	1	A	8626	0.04
9	2	J	8626	0.04
10	1	B	8625	0.04
10	2	C	8625	0.04
11	1	B	8596	0.04
11	2	D	8596	0.04
12	1	B	8582	0.05
12	2	E	8582	0.05
13	1	B	8618	0.05
13	2	F	8618	0.05
14	1	B	8616	0.04
14	2	G	8616	0.04
15	1	B	8607	0.05
15	2	H	8607	0.05
16	1	B	8613	0.05
16	2	I	8613	0.05
17	1	B	8615	0.05
17	2	J	8615	0.05
18	1	C	8592	0.04
18	2	D	8592	0.04
19	1	C	8577	0.05
19	2	E	8577	0.05
20	1	C	8631	0.04
20	2	F	8631	0.04
21	1	C	8629	0.04
21	2	G	8629	0.04
22	1	C	8626	0.04
22	2	H	8626	0.04
23	1	C	8611	0.05
23	2	I	8611	0.05
24	1	C	8650	0.04
24	2	J	8650	0.04
25	1	D	8565	0.04
25	2	E	8565	0.04
26	1	D	8600	0.04
26	2	F	8600	0.04
27	1	D	8605	0.04
27	2	G	8605	0.04
28	1	D	8624	0.04
28	2	H	8624	0.04
29	1	D	8617	0.04
29	2	I	8617	0.04
30	1	D	8573	0.05
30	2	J	8573	0.05
31	1	E	8613	0.04
31	2	F	8613	0.04
32	1	E	8557	0.05
32	2	G	8557	0.05
33	1	E	8571	0.05
33	2	H	8571	0.05
34	1	E	8566	0.05
34	2	I	8566	0.05
35	1	E	8562	0.05
35	2	J	8562	0.05
36	1	F	8613	0.04
36	2	G	8613	0.04
37	1	F	8615	0.05
37	2	H	8615	0.05
38	1	F	8615	0.04
38	2	I	8615	0.04
39	1	F	8620	0.04
39	2	J	8620	0.04
40	1	G	8646	0.04
40	2	H	8646	0.04
41	1	G	8642	0.04
41	2	I	8642	0.04
42	1	G	8627	0.04
42	2	J	8627	0.04
43	1	H	8677	0.04
43	2	I	8677	0.04
44	1	H	8652	0.05
44	2	J	8652	0.05
45	1	I	8612	0.05
45	2	J	8612	0.05

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.377	449	-
R_work	0.36	8535	-
all	-	8984	-
obs	-	-	99.38 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)