+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6u9q | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure Analysis of DNA-BCL11A Znf domain complex | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | TRANSCRIPTION/DNA / Transcription factor / DNA-binding / Zn finger / TRANSCRIPTION-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of neuron remodeling / transcription regulatory region nucleic acid binding / negative regulation of branching morphogenesis of a nerve / negative regulation of dendrite extension / negative regulation of protein homooligomerization / negative regulation of collateral sprouting / regulation of dendrite development / negative regulation of dendrite development / negative regulation of axon extension / cellular response to L-glutamate ...negative regulation of neuron remodeling / transcription regulatory region nucleic acid binding / negative regulation of branching morphogenesis of a nerve / negative regulation of dendrite extension / negative regulation of protein homooligomerization / negative regulation of collateral sprouting / regulation of dendrite development / negative regulation of dendrite development / negative regulation of axon extension / cellular response to L-glutamate / positive regulation of collateral sprouting / paraspeckles / ALK mutants bind TKIs / SWI/SNF complex / protein sumoylation / transcription coregulator activity / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of neuron projection development / nuclear matrix / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / negative regulation of neuron projection development / DNA-binding transcription factor binding / postsynapse / protein heterodimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Seo, H.-S. / Dhe-Paganon, S. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure Analysis of TAF1 Bromodomain 著者: Seo, H.-S. / Dhe-Paganon, S. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 84.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 59.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 12751.690 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
---|
-DNA鎖 , 2種, 2分子 BC
#2: DNA鎖 | 分子量: 3991.610 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() |
---|---|
#3: DNA鎖 | 分子量: 3951.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() |
-非ポリマー , 4種, 115分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-MG / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: NaMalate~8.0 |
---|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.83→47.563 Å / Num. obs: 30114 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 41.746 Å2 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.048 / Net I/σ(I): 15.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.83→1.86 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. measured all: 5071 / Num. unique obs: 1498 / Rpim(I) all: 0.67 / Rrim(I) all: 1.25 / % possible all: 98.1 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
---|
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 114.42 Å2 / Biso mean: 52.4378 Å2 / Biso min: 30.09 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.83→47.563 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|