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- PDB-6uxn: Crystal structure of BAK core domain BH3-groove-dimer in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6uxn
タイトルCrystal structure of BAK core domain BH3-groove-dimer in complex with phosphatidylserine
要素Bcl-2 homologous antagonist/killer
キーワードAPOPTOSIS / Pore-forming Protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation and oligomerization of BAK protein / BH domain binding / B cell negative selection / BAK complex / negative regulation of endoplasmic reticulum calcium ion concentration / response to fungus / response to mycotoxin / Release of apoptotic factors from the mitochondria / limb morphogenesis / apoptotic process involved in blood vessel morphogenesis ...Activation and oligomerization of BAK protein / BH domain binding / B cell negative selection / BAK complex / negative regulation of endoplasmic reticulum calcium ion concentration / response to fungus / response to mycotoxin / Release of apoptotic factors from the mitochondria / limb morphogenesis / apoptotic process involved in blood vessel morphogenesis / post-embryonic camera-type eye morphogenesis / endocrine pancreas development / establishment or maintenance of transmembrane electrochemical gradient / B cell apoptotic process / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / positive regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / regulation of mitochondrial membrane permeability / calcium ion transport into cytosol / fibroblast apoptotic process / response to UV-C / mitochondrial fusion / Bcl-2 family protein complex / myeloid cell homeostasis / porin activity / thymocyte apoptotic process / pore complex / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / vagina development / B cell homeostasis / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / positive regulation of proteolysis / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / blood vessel remodeling / animal organ regeneration / cellular response to unfolded protein / Pyroptosis / heat shock protein binding / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / intrinsic apoptotic signaling pathway / release of cytochrome c from mitochondria / epithelial cell proliferation / response to gamma radiation / regulation of mitochondrial membrane potential / apoptotic signaling pathway / response to hydrogen peroxide / establishment of localization in cell / positive regulation of protein-containing complex assembly / cellular response to mechanical stimulus / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / cellular response to UV / protein-folding chaperone binding / channel activity / response to ethanol / transmembrane transporter binding / mitochondrial outer membrane / regulation of cell cycle / positive regulation of apoptotic process / response to xenobiotic stimulus / protein heterodimerization activity / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / apoptotic process / protein-containing complex binding / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / mitochondrion / metal ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions ...Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8SP / Bcl-2 homologous antagonist/killer
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Cowan, A.D. / Colman, P.M. / Czabotar, P.E.
資金援助 オーストラリア, 3件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1079706 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1059290 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1113133 オーストラリア
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: BAK core dimers bind lipids and can be bridged by them.
著者: Cowan, A.D. / Smith, N.A. / Sandow, J.J. / Kapp, E.A. / Rustam, Y.H. / Murphy, J.M. / Brouwer, J.M. / Bernardini, J.P. / Roy, M.J. / Wardak, A.Z. / Tan, I.K. / Webb, A.I. / Gulbis, J.M. / ...著者: Cowan, A.D. / Smith, N.A. / Sandow, J.J. / Kapp, E.A. / Rustam, Y.H. / Murphy, J.M. / Brouwer, J.M. / Bernardini, J.P. / Roy, M.J. / Wardak, A.Z. / Tan, I.K. / Webb, A.I. / Gulbis, J.M. / Smith, B.J. / Reid, G.E. / Dewson, G. / Colman, P.M. / Czabotar, P.E.
履歴
登録2019年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年11月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bcl-2 homologous antagonist/killer
B: Bcl-2 homologous antagonist/killer
C: Bcl-2 homologous antagonist/killer
D: Bcl-2 homologous antagonist/killer
E: Bcl-2 homologous antagonist/killer
F: Bcl-2 homologous antagonist/killer
G: Bcl-2 homologous antagonist/killer
H: Bcl-2 homologous antagonist/killer
I: Bcl-2 homologous antagonist/killer
J: Bcl-2 homologous antagonist/killer
K: Bcl-2 homologous antagonist/killer
L: Bcl-2 homologous antagonist/killer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,13350
ポリマ－114,00812
非ポリマー11,12538
水1,31573
1
A: Bcl-2 homologous antagonist/killer
B: Bcl-2 homologous antagonist/killer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3369
ポリマ－19,0012
非ポリマー2,3347
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4360 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area9630 Å2
手法PISA
2
C: Bcl-2 homologous antagonist/killer
D: Bcl-2 homologous antagonist/killer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3097
ポリマ－19,0012
非ポリマー1,3075
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4560 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area9040 Å2
手法PISA
3
E: Bcl-2 homologous antagonist/killer
F: Bcl-2 homologous antagonist/killer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9209
ポリマ－19,0012
非ポリマー1,9197
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4840 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area9130 Å2
手法PISA
4
G: Bcl-2 homologous antagonist/killer
H: Bcl-2 homologous antagonist/killer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9209
ポリマ－19,0012
非ポリマー1,9197
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4650 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area9030 Å2
手法PISA
5
I: Bcl-2 homologous antagonist/killer
J: Bcl-2 homologous antagonist/killer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6326
ポリマ－19,0012
非ポリマー1,6314
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4210 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area9140 Å2
手法PISA
6
K: Bcl-2 homologous antagonist/killer
L: Bcl-2 homologous antagonist/killer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,01610
ポリマ－19,0012
非ポリマー2,0158
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5080 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area8950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)157.762, 91.089, 96.395
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.070, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
Bcl-2 homologous antagonist/killer / Apoptosis regulator BAK / Bcl-2-like protein 7 / Bcl2-L-7


分子量: 9500.688 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BAK1, BAK, BCL2L7, CDN1 / プラスミド: pGEX-6P-3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q16611
#2: 化合物
ChemComp-8SP / O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 511.543 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H42NO10P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: ammonium sulphate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9536 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9536 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→45.741 Å / Num. obs: 45501 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 61.93 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.164 / Rrim(I) all: 0.177 / Χ2: 1.064 / Net I/σ(I): 9.31 / Num. measured all: 318495
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.49-2.646.9111.8051.1448539734270230.5121.94995.7
2.64-2.827.2361.2731.7550191694969360.6671.37299.8
2.82-3.057.0690.8992.5445504644564370.8360.97199.9
3.05-3.346.8060.4585.1440429594859400.9580.49699.9
3.34-3.736.660.2289.3635791538353740.9890.24799.8
3.73-4.37.3710.10218.2135232478547800.9980.1199.9
4.3-5.257.2210.0822.2229174404540400.9980.08699.9
5.25-7.386.6780.0820.0321016316031470.9980.08799.6
7.38-45.7416.9180.03536.3812619184318240.9990.03899

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.79 Å45.74 Å
Translation2.79 Å45.74 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER2.8.1位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6UXO

6uxo


解像度: 2.49→45.741 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2529 1987 4.39 %
Rwork0.2046 43224 -
obs0.2068 45211 98.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 186.82 Å2 / Biso mean: 66.0962 Å2 / Biso min: 30.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.49→45.741 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7626 0 585 73 8284
Biso mean--98.63 63.42 -
残基数----953
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.49-2.55210.37011190.3032259683
2.5521-2.62110.30231430.28963110100
2.6211-2.69830.33631440.2733121100
2.6983-2.78530.33161420.26963093100
2.7853-2.88490.30521430.26543112100
2.8849-3.00040.31471440.27263116100
3.0004-3.13690.36181420.2433135100
3.1369-3.30220.2631430.20123097100
3.3022-3.5090.25871450.20383144100
3.509-3.77990.23771430.19253117100
3.7799-4.160.18991430.16283138100
4.16-4.76140.2171450.16423123100
4.7614-5.99680.24791450.20013154100
5.9968-45.7410.22851460.1881316898
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.3082-2.09412.32424.2335-2.41985.42980.6090.0823-0.898-0.02450.12030.11480.48410.1822-0.81180.4152-0.05820.1240.39-0.06630.4422-46.1121-17.951741.6284
23.8912-0.2413-1.51581.3271.39112.99740.088-0.40650.15980.28760.0927-0.49040.39910.9898-0.25090.49090.0252-0.00920.4433-0.03790.6195-37.3682-6.050250.1533
33.38780.41115.33213.9611.88748.8992-0.06790.8319-0.005-0.26930.1521-0.28320.16850.7518-0.0680.4272-0.06410.15950.4811-0.0590.4419-39.433-12.811634.9374
45.0135-1.19852.97027.3945-5.61827.8956-0.06110.49350.0194-0.7236-0.10920.0419-0.2431-0.07470.09210.50440.08530.02320.3749-0.12360.3667-55.6755-8.039633.6641
59.66766.1155-4.809710.1748-4.22134.50740.28630.43650.8620.13350.54491.3135-0.4125-0.4673-0.79670.36650.0519-0.02510.3514-0.0440.4149-29.8016-26.455241.4247
69.55760.1087-0.61138.1441-1.91042.19950.494-0.6139-0.96970.8377-0.126-0.36031.07460.3042-0.38730.5426-0.0488-0.11280.47490.00410.7646-23.2734-45.328349.1382
72.59312.61314.89364.94392.29747.28570.3271-0.25080.2920.4467-0.22830.2595-0.0948-1.36920.25760.3548-0.0060.00080.48170.01130.4745-24.6896-34.554350.9593
85.53783.1972-2.6898.0813-6.32216.49690.05550.28010.1096-0.59520.22360.50210.48080.0697-0.33750.3772-0.0156-0.09270.3995-0.12210.3989-28.3922-34.708734.6465
99.8763-7.78132.01562.0251-5.10182.0066-0.4022.71040.29971.07120.167-0.1432-2.05732.85290.270.5728-0.0788-0.00521.20980.24350.6302-9.5789-21.270224.2938
108.434-2.289-5.31768.12090.67516.13990.29240.4652-0.1334-0.4942-0.4836-0.0671-0.09740.36550.14210.27450.0502-0.08770.57150.06610.3572-17.3727-23.872334.9802
114.3728-1.6362-1.45318.91663.14873.21640.1423-0.06370.38270.45770.1263-0.2109-0.1852-0.0842-0.3140.3836-0.0344-0.02760.35180.05560.2441-48.0315-35.018544.7664
121.7715-0.691-0.195.8026-1.16687.4935-0.1423-0.01730.440.45530.1370.5732-0.1686-0.1560.03380.3741-0.0570.06090.3020.00350.558-59.3569-35.098149.0949
139.9503-6.1357-6.6779.86036.03794.4070.16340.05860.3493-0.69640.01040.0342-0.5470.0496-0.00490.33760.0072-0.06960.34610.05460.3258-53.2847-33.304534.9382
147.54075.3554.6499.64813.45272.57140.25460.0702-0.4770.2358-0.01880.05290.8974-0.1053-0.11850.5513-0.08960.1310.39520.00950.4842-45.8824-52.615334.3473
153.24735.65957.11774.45866.63563.2806-0.56290.60290.2099-0.81890.36170.5754-1.20050.30690.1970.4885-0.0726-0.06740.59660.0480.5369-54.0823-46.001532.1592
166.1455-3.5637-3.90729.82435.97228.74590.30750.20790.2949-0.6370.1709-0.8223-0.51870.2125-0.6530.3472-0.0667-0.00640.34440.09720.3892-63.7279-50.48641.3193
172.4682-1.47973.57842.3534-0.42475.86360.23640.1369-0.3927-0.1589-0.2252-0.01280.37780.23920.00160.3264-0.0235-0.01720.5421-0.07430.6599-69.224-60.7631-2.8598
189.0565-6.5603-5.04689.6286.55233.6182-0.3879-0.6189-0.35570.40470.4826-0.05160.22370.7663-0.14150.4713-0.0486-0.03760.45080.15550.5571-64.472-56.038411.0227
197.03593.9399-6.82528.0583-1.90917.3082-0.0732-0.08230.14430.50890.01840.3004-0.0686-0.4147-0.01760.29950.0464-0.10290.6435-0.03310.4385-76.435-44.649712.2592
207.20572.8153-2.54069.3837-4.29654.17580.01710.28620.56040.25250.53220.7663-0.3102-0.6605-0.5820.35080.005-0.00670.4845-0.05780.4432-47.7703-57.7294.4572
213.5060.15440.14196.00442.75938.2970.16360.43450.0334-0.84250.2341-0.6143-0.71160.7694-0.3330.45530.04540.12390.4353-0.02420.4857-33.0407-56.1015-4.1361
225.44.5468-4.26459.632-6.36148.67980.0881-0.43220.22110.3717-0.1152-0.0605-0.13050.4217-0.05240.30760.0055-0.05280.4898-0.12280.39-40.02-57.999112.7179
233.2816-2.18754.16636.7976-5.196410.2292-0.1701-0.39040.14130.3813-0.12830.13870.31790.09610.27520.37720.07760.11390.40360.00090.3393-43.7441-69.853311.1658
248.27420.00184.27953.71360.41754.18410.3427-0.1219-0.68650.05680.11570.00470.2205-0.0161-0.57790.35140.02830.10570.3482-0.0050.3486-46.968-39.40854.5575
254.28061.0733-3.15862.79-2.4727.79820.15060.68230.2761-0.11870.37270.5487-0.2211-0.8898-0.46930.3668-0.0414-0.04550.43050.06620.6024-55.5636-27.486-4.1997
269.6613.23145.05333.49880.60454.23960.1719-0.8563-0.01550.4757-0.08560.1969-0.3013-0.6226-0.22610.4054-0.00480.14980.4235-0.00940.4073-50.3729-32.515712.8491
277.38080.81941.58428.74223.86174.96530.2008-0.40220.51560.6029-0.2139-0.0627-0.38320.1523-0.03140.4529-0.13550.02750.2980.05210.3335-38.671-29.619311.7834
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 67 through 100 )A67 - 100
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 101 through 148 )A101 - 148
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 69 through 100 )B69 - 100
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 101 through 146 )B101 - 146
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 67 through 100 )C67 - 100
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 101 through 124 )C101 - 124
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 125 through 147 )C125 - 147
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 69 through 100 )D69 - 100
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 101 through 106 )D101 - 106
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 107 through 145 )D107 - 145
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'E' and (resid 69 through 106 )E69 - 106
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'E' and (resid 107 through 147 )E107 - 147
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'F' and (resid 69 through 100 )F69 - 100
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'F' and (resid 101 through 124 )F101 - 124
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'F' and (resid 125 through 147 )F125 - 147
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'G' and (resid 68 through 106 )G68 - 106
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'G' and (resid 107 through 147 )G107 - 147
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'H' and (resid 69 through 100 )H69 - 100
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'H' and (resid 101 through 145 )H101 - 145
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'I' and (resid 67 through 100 )I67 - 100
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'I' and (resid 101 through 148 )I101 - 148
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'J' and (resid 68 through 106 )J68 - 106
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'J' and (resid 107 through 146 )J107 - 146
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'K' and (resid 67 through 100 )K67 - 100
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'K' and (resid 101 through 147 )K101 - 147
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'L' and (resid 69 through 106 )L69 - 106
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'L' and (resid 107 through 146 )L107 - 146

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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