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Yorodumi- PDB-6uxn: Crystal structure of BAK core domain BH3-groove-dimer in complex ... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6uxn | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of BAK core domain BH3-groove-dimer in complex with phosphatidylserine | ||||||||||||
Components | Bcl-2 homologous antagonist/killer | ||||||||||||
Keywords | APOPTOSIS / Pore-forming Protein | ||||||||||||
| Function / homology | Function and homology informationActivation and oligomerization of BAK protein / BH domain binding / B cell negative selection / BAK complex / negative regulation of endoplasmic reticulum calcium ion concentration / response to fungus / response to mycotoxin / limb morphogenesis / Release of apoptotic factors from the mitochondria / apoptotic process involved in blood vessel morphogenesis ...Activation and oligomerization of BAK protein / BH domain binding / B cell negative selection / BAK complex / negative regulation of endoplasmic reticulum calcium ion concentration / response to fungus / response to mycotoxin / limb morphogenesis / Release of apoptotic factors from the mitochondria / apoptotic process involved in blood vessel morphogenesis / post-embryonic camera-type eye morphogenesis / endocrine pancreas development / establishment or maintenance of transmembrane electrochemical gradient / B cell apoptotic process / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / positive regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / regulation of mitochondrial membrane permeability / calcium ion transport into cytosol / fibroblast apoptotic process / response to UV-C / mitochondrial fusion / Bcl-2 family protein complex / myeloid cell homeostasis / porin activity / thymocyte apoptotic process / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / pore complex / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / vagina development / B cell homeostasis / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / positive regulation of proteolysis / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / blood vessel remodeling / animal organ regeneration / cellular response to unfolded protein / Pyroptosis / heat shock protein binding / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / intrinsic apoptotic signaling pathway / release of cytochrome c from mitochondria / epithelial cell proliferation / response to gamma radiation / regulation of mitochondrial membrane potential / apoptotic signaling pathway / positive regulation of protein-containing complex assembly / establishment of localization in cell / response to hydrogen peroxide / cellular response to mechanical stimulus / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / cellular response to UV / protein-folding chaperone binding / channel activity / response to ethanol / transmembrane transporter binding / mitochondrial outer membrane / regulation of cell cycle / positive regulation of apoptotic process / response to xenobiotic stimulus / protein heterodimerization activity / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / apoptotic process / protein-containing complex binding / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / mitochondrion / metal ion binding / identical protein binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||||||||
| Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.49 Å | ||||||||||||
Authors | Cowan, A.D. / Colman, P.M. / Czabotar, P.E. | ||||||||||||
| Funding support | Australia, 3items
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Citation | Journal: Nat.Struct.Mol.Biol. / Year: 2020Title: BAK core dimers bind lipids and can be bridged by them. Authors: Cowan, A.D. / Smith, N.A. / Sandow, J.J. / Kapp, E.A. / Rustam, Y.H. / Murphy, J.M. / Brouwer, J.M. / Bernardini, J.P. / Roy, M.J. / Wardak, A.Z. / Tan, I.K. / Webb, A.I. / Gulbis, J.M. / ...Authors: Cowan, A.D. / Smith, N.A. / Sandow, J.J. / Kapp, E.A. / Rustam, Y.H. / Murphy, J.M. / Brouwer, J.M. / Bernardini, J.P. / Roy, M.J. / Wardak, A.Z. / Tan, I.K. / Webb, A.I. / Gulbis, J.M. / Smith, B.J. / Reid, G.E. / Dewson, G. / Colman, P.M. / Czabotar, P.E. | ||||||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6uxn.cif.gz | 414.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6uxn.ent.gz | 345.5 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6uxn.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6uxn_validation.pdf.gz | 955.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6uxn_full_validation.pdf.gz | 984.1 KB | Display | |
| Data in XML | 6uxn_validation.xml.gz | 8.9 KB | Display | |
| Data in CIF | 6uxn_validation.cif.gz | 19.2 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ux/6uxn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ux/6uxn | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6uxmC ![]() 6uxoSC ![]() 6uxpC ![]() 6uxqC ![]() 6uxrC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 9500.688 Da / Num. of mol.: 12 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: BAK1, BAK, BCL2L7, CDN1 / Plasmid: pGEX-6P-3 / Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-8SP / #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Chemical | ChemComp-GOL / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.9 Å3/Da / Density % sol: 57.64 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: ammonium sulphate |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX2 / Wavelength: 0.9536 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jul 6, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9536 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 2.49→45.741 Å / Num. obs: 45501 / % possible obs: 99.1 % / Redundancy: 7 % / Biso Wilson estimate: 61.93 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.164 / Rrim(I) all: 0.177 / Χ2: 1.064 / Net I/σ(I): 9.31 / Num. measured all: 318495 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
| Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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| Phasing MR |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 6UXO Resolution: 2.49→45.741 Å / SU ML: 0.39 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / Phase error: 30.9 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 186.82 Å2 / Biso mean: 66.0962 Å2 / Biso min: 30.31 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.49→45.741 Å
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
Australia, 3items
Citation














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