+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3e2i | ||||||
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Title | Crystal structure of Thymidine Kinase from S. aureus | ||||||
Components | Thymidine kinase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / ZN-BINDING / ATP-binding / DNA synthesis / Kinase / Nucleotide-binding | ||||||
Function / homology | Function and homology information thymidine kinase / thymidine kinase activity / DNA biosynthetic process / zinc ion binding / ATP binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Staphylococcus aureus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.01 Å | ||||||
Authors | Lam, R. / Johns, K. / Battaile, K.P. / Romanov, V. / Lam, K. / Pai, E.F. / Chirgadze, N.Y. | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal structure of Thymidine Kinase from S. aureus Authors: Lam, R. / Johns, K. / Battaile, K.P. / Romanov, V. / Lam, K. / Pai, E.F. / Chirgadze, N.Y. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3e2i.cif.gz | 47.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3e2i.ent.gz | 35 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3e2i.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3e2i_validation.pdf.gz | 441 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3e2i_full_validation.pdf.gz | 443.2 KB | Display | |
Data in XML | 3e2i_validation.xml.gz | 9.6 KB | Display | |
Data in CIF | 3e2i_validation.cif.gz | 12.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e2/3e2i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e2/3e2i | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 24745.010 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Staphylococcus aureus (bacteria) / Gene: tdk / Plasmid: PET15B / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)CodonPlus RIPL / References: UniProt: Q0H0G9, thymidine kinase |
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#2: Chemical | ChemComp-ZN / |
#3: Chemical | ChemComp-GOL / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.49 Å3/Da / Density % sol: 50.63 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 0.1M succinic acid pH 7.0, 15% PEG3350, cryo-protected using 20% glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 17-ID / Wavelength: 0.979331 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Mar 17, 2007 / Details: Si(111) double-crystal monochromator | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) double-crystal monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979331 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.01→50 Å / Num. obs: 17226 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 24.5 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Χ2: 1.687 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: SAD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MAD set |
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Phasing MAD set shell |
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Phasing MAD set site |
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Phasing dm | Method: Solvent flattening and Histogram matching / Reflection: 17202 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.01→44.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / WRfactor Rfree: 0.241 / WRfactor Rwork: 0.203 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 6.633 / SU ML: 0.088 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.143 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 40.04 Å2 / Biso mean: 17.265 Å2 / Biso min: 6.41 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.01→44.81 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 35.937 Å / Origin y: 13.481 Å / Origin z: 12.536 Å
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