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- PDB-5xtz: Crystal structure of GAS41 YEATS bound to H3K27ac peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xtz
タイトルCrystal structure of GAS41 YEATS bound to H3K27ac peptide
要素
  • THR-LYS-ALA-ALA-ARG-ALY-SER-ALA-PRO-ALA
  • YEATS domain-containing protein 4
キーワードPROTEIN BINDING / epigenetic / histone acetylation
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3K18ac reader activity / histone H3K27ac reader activity / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / regulation of double-strand break repair / NuA4 histone acetyltransferase complex / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / Chromatin modifying enzymes / telomere organization / Interleukin-7 signaling / RNA Polymerase I Promoter Opening ...histone H3K18ac reader activity / histone H3K27ac reader activity / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / regulation of double-strand break repair / NuA4 histone acetyltransferase complex / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / Chromatin modifying enzymes / telomere organization / Interleukin-7 signaling / RNA Polymerase I Promoter Opening / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / epigenetic regulation of gene expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / HCMV Late Events / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / HDMs demethylate histones / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / NoRC negatively regulates rRNA expression / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / PKMTs methylate histone lysines / structural constituent of cytoskeleton / Meiotic recombination / Pre-NOTCH Transcription and Translation / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / nuclear matrix / Transcriptional regulation of granulopoiesis / HCMV Early Events / structural constituent of chromatin / nucleosome / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / mitotic cell cycle / nucleosome assembly / HATs acetylate histones / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / chromatin organization / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / Oxidative Stress Induced Senescence / histone binding / regulation of apoptotic process / nuclear membrane / gene expression / Estrogen-dependent gene expression / regulation of cell cycle / chromatin remodeling / cadherin binding / Amyloid fiber formation / protein heterodimerization activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex / DNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / membrane
類似検索 - 分子機能
YEATS domain / YEATS / : / YEATS superfamily / YEATS family / YEATS domain profile. / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A ...YEATS domain / YEATS / : / YEATS superfamily / YEATS family / YEATS domain profile. / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / YEATS domain-containing protein 4 / Histone H3.1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.105 Å
データ登録者Li, H.T. / Zhao, D.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号
Natural Science Foundation of China91519304 中国
Natural Science Foundation of China81602476 中国
引用ジャーナル: Cell Discov / : 2018
タイトル: Gas41 links histone acetylation to H2A.Z deposition and maintenance of embryonic stem cell identity.
著者: Hsu, C.C. / Zhao, D. / Shi, J. / Peng, D. / Guan, H. / Li, Y. / Huang, Y. / Wen, H. / Li, W. / Li, H. / Shi, X.
履歴
登録2017年6月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YEATS domain-containing protein 4
B: YEATS domain-containing protein 4
C: YEATS domain-containing protein 4
D: YEATS domain-containing protein 4
E: THR-LYS-ALA-ALA-ARG-ALY-SER-ALA-PRO-ALA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,3657
ポリマ-76,2475
非ポリマー1182
2,666148
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4730 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area32270 Å2
2
A: YEATS domain-containing protein 4
B: YEATS domain-containing protein 4
D: YEATS domain-containing protein 4
E: THR-LYS-ALA-ALA-ARG-ALY-SER-ALA-PRO-ALA
ヘテロ分子

C: YEATS domain-containing protein 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,3657
ポリマ-76,2475
非ポリマー1182
905
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_545-x,y-1/2,-z+1/21
Buried area6810 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area30190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.864, 80.663, 107.028
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
YEATS domain-containing protein 4 / Glioma-amplified sequence 41 / Gas41 / NuMA-binding protein 1 / NuBI1


分子量: 18800.621 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP RESIDUES 15-159 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YEATS4, GAS41 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: O95619
#2: タンパク質・ペプチド THR-LYS-ALA-ALA-ARG-ALY-SER-ALA-PRO-ALA


分子量: 1044.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68431*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.19 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1 M sodium acetate trihydrate, pH 4.6, 4.0 M ammonium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 38636 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 10.1 % / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4TMP
解像度: 2.105→49.103 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2327 1937 5.02 %
Rwork0.1935 --
obs0.1955 38622 99.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.105→49.103 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4706 0 8 148 4862
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084838
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1096545
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.3021804
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048708
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006823
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1046-2.15720.30541250.23172457X-RAY DIFFRACTION95
2.1572-2.21550.2581360.23512582X-RAY DIFFRACTION100
2.2155-2.28070.2851520.22712581X-RAY DIFFRACTION100
2.2807-2.35440.27041440.22622601X-RAY DIFFRACTION100
2.3544-2.43850.28121460.2292606X-RAY DIFFRACTION100
2.4385-2.53610.28711500.21742581X-RAY DIFFRACTION100
2.5361-2.65150.25931210.21172597X-RAY DIFFRACTION100
2.6515-2.79130.26511190.21482650X-RAY DIFFRACTION100
2.7913-2.96620.27071330.21682622X-RAY DIFFRACTION100
2.9662-3.19520.22971430.20022625X-RAY DIFFRACTION100
3.1952-3.51660.24491480.18642631X-RAY DIFFRACTION100
3.5166-4.02530.18351360.1792657X-RAY DIFFRACTION100
4.0253-5.07060.19041080.1482734X-RAY DIFFRACTION100
5.0706-49.11670.19391760.17572761X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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