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万見
- PDB-6srn: Structural basis for control of antibiotic production by bacteria... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6srn
タイトルStructural basis for control of antibiotic production by bacterial hormones
要素TetR family transcriptional regulator
キーワードANTIBIOTIC / streptomyces / tetR-family transcriptional regulator / signalling / microbial natural product
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / : / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
4-(Hydroxymethyl)-2-propylfuran-3-carboxylic acid / TetR family transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coelicolor (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Fulop, V.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Royal SocietyUF090255 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/M022765/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/M017982/1 英国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: Molecular basis for control of antibiotic production by a bacterial hormone.
著者: Shanshan Zhou / Hussain Bhukya / Nicolas Malet / Peter J Harrison / Dean Rea / Matthew J Belousoff / Hariprasad Venugopal / Paulina K Sydor / Kathryn M Styles / Lijiang Song / Max J Cryle / ...著者: Shanshan Zhou / Hussain Bhukya / Nicolas Malet / Peter J Harrison / Dean Rea / Matthew J Belousoff / Hariprasad Venugopal / Paulina K Sydor / Kathryn M Styles / Lijiang Song / Max J Cryle / Lona M Alkhalaf / Vilmos Fülöp / Gregory L Challis / Christophe Corre /
要旨: Actinobacteria produce numerous antibiotics and other specialized metabolites that have important applications in medicine and agriculture. Diffusible hormones frequently control the production of ...Actinobacteria produce numerous antibiotics and other specialized metabolites that have important applications in medicine and agriculture. Diffusible hormones frequently control the production of such metabolites by binding TetR family transcriptional repressors (TFTRs), but the molecular basis for this remains unclear. The production of methylenomycin antibiotics in Streptomyces coelicolor A3(2) is initiated by the binding of 2-alkyl-4-hydroxymethylfuran-3-carboxylic acid (AHFCA) hormones to the TFTR MmfR. Here we report the X-ray crystal structure of an MmfR-AHFCA complex, establishing the structural basis for hormone recognition. We also elucidate the mechanism for DNA release upon hormone binding through the single-particle cryo-electron microscopy structure of an MmfR-operator complex. DNA binding and release assays with MmfR mutants and synthetic AHFCA analogues define the role of individual amino acid residues and hormone functional groups in ligand recognition and DNA release. These findings will facilitate the exploitation of actinobacterial hormones and their associated TFTRs in synthetic biology and in the discovery of new antibiotics.
履歴
登録2019年9月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年3月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TetR family transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3023
ポリマ－24,0231
非ポリマー2782
水4,612256
1
A: TetR family transcriptional regulator
ヘテロ分子

A: TetR family transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6036
ポリマ－48,0462
非ポリマー5574
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area3530 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area16350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.210, 67.210, 92.820
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-302-

GOL

21A-576-

HOH

31A-655-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 TetR family transcriptional regulator


分子量: 24023.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (バクテリア)
遺伝子: mmfR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9JN89
#2: 化合物 ChemComp-LUB / 4-(Hydroxymethyl)-2-propylfuran-3-carboxylic acid


分子量: 186.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.5 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 10-15% PEG 3350 and 0.2-0.25 M magnesium formate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月17日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→42.34 Å / Num. obs: 34705 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.8 % / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル解像度: 1.5→1.58 Å / Num. unique obs: 1507 / Rsym value: 1.189 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.5→42.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 2.449 / SU ML: 0.048 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.068 / ESU R Free: 0.072
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2071 1417 4.1 %RANDOM
Rwork0.1738 ---
obs0.1751 33288 99.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 52.92 Å2 / Biso mean: 15.226 Å2 / Biso min: 4.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.32 Å2-0 Å20 Å2
2---0.32 Å20 Å2
3---0.64 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→42.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1480 0 19 256 1755
Biso mean--16.75 32.33 -
残基数----187
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0191530
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021461
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8621.9562068
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.96933338
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3695186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.82222.72777
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.07315251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.0621517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1510.2222
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0211749
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02373
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24 90 -
Rwork0.267 2379 -
all-2469 -
obs--99.08 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3134-0.99970.22534.73640.74171.5653-0.0553-0.00030.0010.36610.0726-0.05450.1010.0333-0.01740.11730.03150.00530.0466-0.01930.071318.33523.61129.597
21.2455-0.4943-0.15690.6589-0.04340.53710.01050.0992-0.0621-0.0283-0.00870.07840.159-0.0849-0.00180.0695-0.0081-0.00860.0578-0.01280.06764.5874323.253
30.46840.35550.25860.4981-0.26671.28940.0117-0.01850.03390.0234-0.03720.05370.0144-0.06060.02550.06120.01160.00070.0792-0.0120.08199.65152.83827.895
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A28 - 81
2X-RAY DIFFRACTION2A82 - 169
3X-RAY DIFFRACTION3A170 - 214

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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