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- PDB-6uxo: Crystal structure of BAK core domain BH3-groove-dimer in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6uxo
タイトルCrystal structure of BAK core domain BH3-groove-dimer in complex with DDM
要素Bcl-2 homologous antagonist/killer
キーワードAPOPTOSIS / Pore-forming Protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation and oligomerization of BAK protein / BH domain binding / B cell negative selection / BAK complex / negative regulation of endoplasmic reticulum calcium ion concentration / response to fungus / response to mycotoxin / Release of apoptotic factors from the mitochondria / limb morphogenesis / post-embryonic camera-type eye morphogenesis ...Activation and oligomerization of BAK protein / BH domain binding / B cell negative selection / BAK complex / negative regulation of endoplasmic reticulum calcium ion concentration / response to fungus / response to mycotoxin / Release of apoptotic factors from the mitochondria / limb morphogenesis / post-embryonic camera-type eye morphogenesis / apoptotic process involved in blood vessel morphogenesis / endocrine pancreas development / establishment or maintenance of transmembrane electrochemical gradient / B cell apoptotic process / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / positive regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / regulation of mitochondrial membrane permeability / calcium ion transport into cytosol / fibroblast apoptotic process / response to UV-C / mitochondrial fusion / Bcl-2 family protein complex / myeloid cell homeostasis / thymocyte apoptotic process / porin activity / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / pore complex / vagina development / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / B cell homeostasis / positive regulation of proteolysis / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / blood vessel remodeling / animal organ regeneration / cellular response to unfolded protein / Pyroptosis / heat shock protein binding / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / intrinsic apoptotic signaling pathway / release of cytochrome c from mitochondria / epithelial cell proliferation / regulation of mitochondrial membrane potential / response to gamma radiation / establishment of localization in cell / apoptotic signaling pathway / response to hydrogen peroxide / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of protein-containing complex assembly / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / cellular response to UV / protein-folding chaperone binding / channel activity / response to ethanol / transmembrane transporter binding / mitochondrial outer membrane / regulation of cell cycle / positive regulation of apoptotic process / response to xenobiotic stimulus / protein heterodimerization activity / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / apoptotic process / protein-containing complex binding / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / mitochondrion / metal ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions ...Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Bcl-2 homologous antagonist/killer
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.799 Å
データ登録者Cowan, A.D. / Colman, P.M. / Czabotar, P.E.
資金援助 オーストラリア, 3件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1079706 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1059290 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1113133 オーストラリア
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: BAK core dimers bind lipids and can be bridged by them.
著者: Cowan, A.D. / Smith, N.A. / Sandow, J.J. / Kapp, E.A. / Rustam, Y.H. / Murphy, J.M. / Brouwer, J.M. / Bernardini, J.P. / Roy, M.J. / Wardak, A.Z. / Tan, I.K. / Webb, A.I. / Gulbis, J.M. / ...著者: Cowan, A.D. / Smith, N.A. / Sandow, J.J. / Kapp, E.A. / Rustam, Y.H. / Murphy, J.M. / Brouwer, J.M. / Bernardini, J.P. / Roy, M.J. / Wardak, A.Z. / Tan, I.K. / Webb, A.I. / Gulbis, J.M. / Smith, B.J. / Reid, G.E. / Dewson, G. / Colman, P.M. / Czabotar, P.E.
履歴
登録2019年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年11月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bcl-2 homologous antagonist/killer
B: Bcl-2 homologous antagonist/killer
C: Bcl-2 homologous antagonist/killer
D: Bcl-2 homologous antagonist/killer
E: Bcl-2 homologous antagonist/killer
F: Bcl-2 homologous antagonist/killer
G: Bcl-2 homologous antagonist/killer
H: Bcl-2 homologous antagonist/killer
I: Bcl-2 homologous antagonist/killer
J: Bcl-2 homologous antagonist/killer
K: Bcl-2 homologous antagonist/killer
L: Bcl-2 homologous antagonist/killer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,531102
ポリマ－114,00812
非ポリマー17,52390
水5,873326
1
A: Bcl-2 homologous antagonist/killer
B: Bcl-2 homologous antagonist/killer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,54118
ポリマ－19,0012
非ポリマー2,54016
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7250 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area10910 Å2
手法PISA
2
C: Bcl-2 homologous antagonist/killer
D: Bcl-2 homologous antagonist/killer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,83715
ポリマ－19,0012
非ポリマー2,83613
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6650 Å2
ΔGint-116 kcal/mol
Surface area9320 Å2
手法PISA
3
E: Bcl-2 homologous antagonist/killer
F: Bcl-2 homologous antagonist/killer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,52820
ポリマ－19,0012
非ポリマー3,52718
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7280 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area10990 Å2
手法PISA
4
G: Bcl-2 homologous antagonist/killer
H: Bcl-2 homologous antagonist/killer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,96217
ポリマ－19,0012
非ポリマー2,96015
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6440 Å2
ΔGint-116 kcal/mol
Surface area9870 Å2
手法PISA
5
I: Bcl-2 homologous antagonist/killer
J: Bcl-2 homologous antagonist/killer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,43818
ポリマ－19,0012
非ポリマー3,43716
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6630 Å2
ΔGint-111 kcal/mol
Surface area11360 Å2
手法PISA
6
K: Bcl-2 homologous antagonist/killer
L: Bcl-2 homologous antagonist/killer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,22514
ポリマ－19,0012
非ポリマー2,22312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6530 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area9910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)158.941, 91.835, 95.716
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.520, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 36分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質
Bcl-2 homologous antagonist/killer / Apoptosis regulator BAK / Bcl-2-like protein 7 / Bcl2-L-7


分子量: 9500.688 Da / 分子数: 12 / 断片: Core/dimerisation domain, residues 68-148 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BAK1, BAK, BCL2L7, CDN1 / プラスミド: pGEX-6P-3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q16611
#2: 糖...
ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 4種, 392分子

#3: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 326 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: ammonium sulfate, n-Dodecyl-b-D-maltoside, sodium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.799→45.92 Å / Num. obs: 121101 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.092 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.8-1.833.62.9022038656760.21.7513.3960.595
9.85-45.923.30.01724297350.9990.0110.02151.593.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation1.8 Å39.45 Å
Translation1.8 Å39.45 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.3.6データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PHENIX1.14精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6UXM

6uxm


解像度: 1.799→39.454 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.48
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2499 1993 1.65 %
Rwork0.2123 --
obs0.2129 120589 99.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 165.36 Å2 / Biso mean: 45.523 Å2 / Biso min: 17.16 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.799→39.454 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7639 0 1089 326 9054
Biso mean--75.96 47.96 -
残基数----955
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.799-1.84360.36671300.3489774692
1.8436-1.89350.35741430.34038491100
1.8935-1.94920.36421440.33128485100
1.9492-2.01210.33371420.27978495100
2.0121-2.0840.28361430.25138513100
2.084-2.16740.25261420.22628481100
2.1674-2.26610.23451430.20988495100
2.2661-2.38550.24541430.20058511100
2.3855-2.5350.23451440.19868563100
2.535-2.73060.24961420.19418494100
2.7306-3.00530.2491440.20158571100
3.0053-3.440.25991430.19198526100
3.44-4.33320.21361450.18688589100
4.3332-39.4540.24311450.2157863699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.7808-0.54960.22353.80271.00812.9732-0.1034-0.2087-0.37670.32990.3327-0.34770.10890.3128-0.27050.26550.0240.01310.23730.00510.283234.769145.783543.8764
22.4782-0.9789-0.05172.68510.63277.1025-0.0191-0.31620.42150.04440.3333-0.7143-0.09250.2189-0.26530.22420.0656-0.06460.2768-0.10460.457740.933555.81747.587
38.1377-1.75013.53742.6142-0.833.6921-0.0390.18950.0339-0.10570.057-0.3307-0.23040.2552-0.02780.34390.0260.06550.27070.00260.292735.540550.41232.5896
42.7448-0.77892.27798.6667-3.47733.7657-0.246-0.0519-0.1007-0.0476-0.00680.037-0.11360.00620.20310.26360.0311-0.00590.1889-0.07120.237823.802253.09134.8019
54.52340.0031.14762.0563-0.41621.91410.2398-0.16520.13720.2297-0.07590.55490.1559-0.0597-0.10180.24360.00140.00930.3453-0.06760.217549.808733.450943.561
63.96850.91061.80862.83342.48289.71040.2671-0.3831-0.45160.2797-0.1717-0.16560.2893-0.2733-0.0510.1748-0.0471-0.03810.31340.02550.299455.199622.937448.0534
75.96672.0509-1.75083.7416-2.03292.88460.01310.6376-0.08790.0265-0.0431-0.07340.1190.15320.02030.28050.0122-0.04870.4134-0.06410.280853.574829.531732.7121
85.0941-1.6329-2.353.01861.37513.11260.05660.48740.551-0.0769-0.0801-0.2983-0.10380.0897-0.00370.1023-0.009-0.04450.37450.06090.227362.015538.321534.1573
95.0101-4.1721-4.00895.93375.09627.0516-0.20460.0260.15080.43310.2905-0.25040.37830.0343-0.14120.2832-0.05860.00080.29090.00420.320133.807125.767941.3574
101.88371.74311.33553.6611-0.22236.89040.0733-0.17050.08520.45130.03830.55980.0523-0.3539-0.09210.26750.00340.08360.18140.0070.268319.82527.055650.301
112.1742-0.3156-0.55275.21292.64482.2924-0.0720.29330.2798-0.41220.26890.3760.095-0.28980.11310.3161-0.0977-0.06780.22020.03780.185226.209525.134733.2333
123.65861.88583.47374.12961.94494.20810.03450.0819-0.2056-0.20180.02230.15790.3297-0.1709-0.08170.2754-0.0798-0.00710.22950.00780.245229.539713.599234.3919
133.9958-0.9107-0.13024.46951.35782.0720.26590.2325-0.034-0.1279-0.0921-0.5180.02820.1258-0.24590.2328-0.0101-0.0310.3490.03180.347515.489711.95511.4657
143.7536-0.16990.77931.6206-0.49254.29070.2530.178-0.7817-0.1629-0.06930.1512-0.08490.266-0.07210.11980.0577-0.07130.3042-0.06640.45379.85051.7836-2.7473
157.079-3.7767-2.88626.47953.05014.03560.0926-0.6614-0.35690.2619-0.0803-0.30710.11680.1256-0.01480.2321-0.0642-0.03660.36620.11960.347611.95988.106212.1683
166.4241.8537-3.13393.211-0.85054.30660.1722-0.2440.0010.2606-0.18330.2517-0.0519-0.34920.01380.1525-0.0398-0.03080.3464-0.00830.25923.559517.344310.8667
173.92360.3735-2.25274.2435-1.35324.8064-0.09770.12170.1181-0.47110.16820.1848-0.0071-0.2694-0.0940.21490.0019-0.05550.1938-0.02670.24833.54374.88461.7226
182.0034-1.2056-0.67013.75980.2827.6070.06230.02310.2185-0.3997-0.0724-0.36460.03160.00910.04470.23070.01470.0520.14030.00640.257345.39985.4776-2.416
192.36991.3144-1.04267.2622-1.8192.5288-0.0239-0.31530.06430.3564-0.0464-0.16350.02780.33390.00940.1980.0344-0.0290.2344-0.02870.193438.54943.648612.7982
203.6096-0.910.67215.6982-1.51924.6336-0.167-0.1885-0.24030.31210.09830.23920.21650.10530.02950.20810.06830.05510.1834-0.01430.176335.081-7.744610.9681
214.6291-0.38692.3743.5583-1.01654.18440.11260.4759-0.2207-0.09390.01320.31720.0178-0.1008-0.22330.2244-0.01360.03120.2457-0.03810.256230.496224.55761.6913
224.00922.0524-0.98714.591-0.08947.9734-0.11720.19760.2320.02190.1910.2978-0.005-0.0078-0.04420.1201-0.0451-0.00690.18450.02530.28424.338234.3386-2.6566
233.51521.75570.87092.49130.53881.49550.09310.09120.07770.4658-0.17760.2599-0.1044-0.09490.03880.2532-0.0640.05040.228-0.04570.199828.855229.424212.6005
243.95922.94172.11098.62733.72078.5128-0.13750.1624-0.04310.21360.1965-0.2912-0.10920.5771-0.04760.1544-0.0345-0.01360.2041-0.00290.224546.069529.07218.187
252.15462.01671.93849.57076.90478.5790.1678-0.4070.1230.5539-0.3221-0.1239-0.0885-0.57870.09980.2715-0.031-0.00770.24970.00850.247136.763635.145914.2872
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 68 through 106 )A68 - 106
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 107 through 147 )A107 - 147
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 69 through 106 )B69 - 106
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 107 through 146 )B107 - 146
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 67 through 106 )C67 - 106
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 107 through 147 )C107 - 147
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and (resid 69 through 106 )D69 - 106
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 107 through 147 )D107 - 147
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'E' and (resid 68 through 100 )E68 - 100
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'E' and (resid 101 through 147 )E101 - 147
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'F' and (resid 69 through 106 )F69 - 106
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'F' and (resid 107 through 147 )F107 - 147
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'G' and (resid 67 through 106 )G67 - 106
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'G' and (resid 107 through 147 )G107 - 147
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'H' and (resid 69 through 106 )H69 - 106
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'H' and (resid 107 through 146 )H107 - 146
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'I' and (resid 67 through 106 )I67 - 106
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'I' and (resid 107 through 147 )I107 - 147
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'J' and (resid 69 through 106 )J69 - 106
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'J' and (resid 107 through 146 )J107 - 146
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'K' and (resid 69 through 106 )K69 - 106
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'K' and (resid 107 through 147 )K107 - 147
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'L' and (resid 68 through 106 )L68 - 106
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'L' and (resid 107 through 124 )L107 - 124
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'L' and (resid 125 through 148 )L125 - 148

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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