PDB-5uh0: 1.95 Angstrom Resolution Crystal Structure of Fragment (35-274) o...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5uh0

タイトル

1.95 Angstrom Resolution Crystal Structure of Fragment (35-274) of Membrane-bound Lytic Murein Transglycosylase F from Yersinia pestis.

要素

Membrane-bound lytic murein transglycosylase F

キーワード

HYDROLASE / OXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Membrane-bound Lytic Murein Transglycosylase F

機能・相同性

機能・相同性情報

: / peptidoglycan lytic transglycosylase activity / peptidoglycan catabolic process / cell outer membrane / cell wall organization / cell wall macromolecule catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Yersinia pestis (ペスト菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Minasov, G. / Shuvalova, L. / Flores, K. / Kiryukhina, O. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: 1.95 Angstrom Resolution Crystal Structure of Fragment (35-274) of Membrane-bound Lytic Murein Transglycosylase F from Yersinia pestis.
著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Flores, K. / Kiryukhina, O. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2017年1月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年1月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.2	2023年11月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ref Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5uh0.cif.gz	206.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5uh0.ent.gz	165.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5uh0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uh/5uh0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uh/5uh0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4owdS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2fap-d 1nsg-d 3vvd-2 4h5f-3 3ir1-6 2glu-1 3gxa-6 2glu-2 4rxl-d 5t0w-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP00173

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Membrane-bound lytic murein transglycosylase F

B: Membrane-bound lytic murein transglycosylase F

ヘテロ分子

54.9 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Membrane-bound lytic murein transglycosylase F

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
27.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Membrane-bound lytic murein transglycosylase F

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
27.5 kDa, 1 ポリマー
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3

A: Membrane-bound lytic murein transglycosylase F

ヘテロ分子

B: Membrane-bound lytic murein transglycosylase F

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
54.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.086, 66.507, 96.427
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 33 - 265 / Label seq-ID: 2 - 234

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	Membrane-bound lytic murein transglycosylase F / Murein lyase F 分子量: 27431.184 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 35-274 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 遺伝子: mltF, YPO2922, y1308, YP_2535 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) magic (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) magic 参照: UniProt: Q74SQ6, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; 多糖に作用する
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.6 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: Protein: 17.3 mg/ml, 0.01M Tris HCl (pH 8.3); Screen: JCSG+ (H8), 0.2M Sodium chloride, 0.1 Bis-Tris (pH 5.5), 25% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月25日 / 詳細: C(111)
放射	モノクロメーター: beryllium lenses / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→30 Å / Num. obs: 30781 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.2 % / B_iso Wilson estimate: 27.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.11 / R_pim(I) all: 0.045 / R_sym value: 0.11 / Net I/σ(I): 29.5
反射シェル	解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 1503 / CC_1/2: 0.895 / R_pim(I) all: 0.277 / R_sym value: 0.7 / Χ²: 0.995 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4OWD

4owd

解像度: 1.95→29.52 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / SU B: 10.225 / SU ML: 0.149 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.234 / ESU R Free: 0.197 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26735	1513	4.9 %	RANDOM
R_work	0.21327	-	-	-
obs	0.216	29200	99.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.574 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.78 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.23 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.45 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.95→29.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3658	0	2	198	3858

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	3909
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3583
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.504	1.98	5323
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.87	3	8341
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.446	5	497
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.49	24.468	188
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.58	15	661
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.493	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	589
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.023	0.02	4460
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.02	0.02	798
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.449	2.264	1940
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.443	2.263	1939
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.528	3.374	2453
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.529	3.376	2454
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.391	2.693	1969
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.39	2.695	1970
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.114	3.899	2871
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.952	28.035	4457
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.894	27.815	4414
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 15010 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.11 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.278	102	-
R_work	0.256	2131	-
obs	-	-	99.55 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2539	-0.2743	-0.4902	3.0781	-0.0205	1.3374	0.0548	0.0524	-0.0026	0.2651	-0.0271	0.2887	-0.0243	-0.1536	-0.0277	0.0293	-0.0023	0.0245	0.0334	-0.0092	0.042	32.016	2.6084	27.6942
2	1.4075	-0.467	1.4972	1.4641	-1.0279	3.7048	0.1265	0.2399	-0.0801	-0.3319	-0.0721	-0.044	0.1781	0.2732	-0.0544	0.0905	0.0242	0.0285	0.0585	-0.0096	0.0432	31.7496	6.9495	9.4535
3	1.6245	0.2688	-0.4584	1.9946	1.1869	3.705	-0.13	0.2509	0.0192	-0.369	0.1213	-0.0966	-0.3583	-0.041	0.0087	0.1726	0.0149	0.0132	0.068	0.0026	0.0489	29.4813	17.519	5.876
4	3.4554	1.7949	-1.6394	3.4054	-1.4879	5.0438	-0.0892	-0.03	0.0105	-0.3735	0.0366	0.2292	0.4687	-0.1497	0.0526	0.1523	0.0242	-0.0361	0.078	-0.0268	0.0339	23.0832	6.1327	5.498
5	1.9363	-0.2024	-1.0052	1.9545	-0.0339	0.6888	0.0161	0.2028	-0.108	-0.1099	-0.1305	-0.0086	0.1055	-0.164	0.1144	0.1078	-0.0145	0.008	0.1003	-0.0251	0.0894	40.5069	-3.4271	22.9749
6	1.6594	-0.0572	0.4963	4.0163	-0.0899	1.3429	0.0283	-0.0052	0.0446	-0.4082	-0.0353	0.4162	-0.0344	-0.1604	0.007	0.0515	0.005	-0.039	0.0754	-0.0011	0.046	31.9313	-1.5924	-30.3937
7	1.0226	0.1026	-0.7688	2.3274	-0.2637	2.1934	0.0638	-0.1054	0.0109	0.1226	-0.1032	0.0038	-0.0129	0.0352	0.0394	0.0328	-0.0418	-0.0249	0.0755	0.0108	0.0604	33.5322	-11.8517	-16.6259
8	1.9189	0.7072	1.046	2.3446	0.2995	5.5099	-0.0245	-0.1989	-0.1159	0.2857	-0.0009	-0.0614	0.172	0.0734	0.0254	0.1101	-0.0213	0.0036	0.0589	0.0159	0.0241	29.9259	-21.4672	-5.1111
9	0.2928	-0.0096	-0.0217	1.2197	0.2064	1.4493	0.0598	-0.0715	-0.0415	0.1982	-0.1248	0.1362	-0.1519	-0.1274	0.0649	0.074	-0.0205	0.0007	0.0741	-0.0151	0.0345	28.5703	-8.7617	-12.0815
10	2.5801	0.7953	-1.7955	1.67	-0.6227	4.7435	-0.0273	-0.2345	0.1255	0.3595	-0.1972	-0.1918	-0.25	-0.3263	0.2245	0.1716	0.0451	-0.0369	0.1873	-0.0421	0.1305	39.6118	6.857	-20.971

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	33 - 116
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	117 - 140
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	141 - 187
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	188 - 224
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	225 - 265
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	33 - 87
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	88 - 141
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	142 - 182
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	183 - 241
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	242 - 265

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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