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- PDB-5t0w: Crystal structure of the ancestral amino acid-binding protein Anc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5t0w
タイトルCrystal structure of the ancestral amino acid-binding protein AncCDT-1, a precursor of cyclohexadienyl dehydratase
要素AncCDT-1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / solute-binding protein / periplasmic binding protein / transport / amino acid
機能・相同性ARGININE
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Clifton, B.E. / Carr, P.D. / Jackson, C.J.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: To be published
著者: Clifton, B.E. / Kaczmarski, J.A. / Carr, P.D. / Jackson, C.J.
履歴
登録2016年8月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: AncCDT-1
B: AncCDT-1
C: AncCDT-1
D: AncCDT-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,8208
ポリマ-111,1194
非ポリマー7014
37821
1
A: AncCDT-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9552
ポリマ-27,7801
非ポリマー1751
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: AncCDT-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9552
ポリマ-27,7801
非ポリマー1751
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: AncCDT-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9552
ポリマ-27,7801
非ポリマー1751
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: AncCDT-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9552
ポリマ-27,7801
非ポリマー1751
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.030, 68.880, 318.630
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 14 - 246 / Label seq-ID: 14 - 246

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14BB
24CC
15BB
25DD
16CC
26DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
詳細Monomer confirmed by size-exclusion chromatography

-
要素

#1: タンパク質
AncCDT-1


分子量: 27779.801 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pDOTS7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 化合物
ChemComp-ARG / ARGININE / L-アルギニン-ω′-カチオン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 175.209 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / : C6H15N4O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.9 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: A crystal grown in a hanging drop of 2 uL protein (18 mg/mL in 20 mM HEPES pH 7.5, 50 mM NaCl, 1 mM arginine) + 2 uL precipitant (0.2 M lithium sulfate, 0.1 M TRIS pH 8.2, 22% (w/v) PEG 3350) ...詳細: A crystal grown in a hanging drop of 2 uL protein (18 mg/mL in 20 mM HEPES pH 7.5, 50 mM NaCl, 1 mM arginine) + 2 uL precipitant (0.2 M lithium sulfate, 0.1 M TRIS pH 8.2, 22% (w/v) PEG 3350) was improved by three rounds of serial microseeding; the crystals were crushed and serially diluted in the precipitant, and new hanging drops were prepared by mixing 2 uL protein and 2 uL microseed suspension.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9501 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9501 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→33.66 Å / Num. obs: 33106 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 29.2 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.158 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 2.59→2.71 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.775 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / CC1/2: 0.755 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
iMOSFLM1.0.7データ削減
Aimless0.1.29データスケーリング
PHASER2.5.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZV2
解像度: 2.59→33.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.888 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.863 / SU B: 31.219 / SU ML: 0.311 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.971 / ESU R Free: 0.359 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28733 1686 5.1 %RANDOM
Rwork0.25348 ---
obs0.25518 31387 98.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 43.419 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.35 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.55 Å20 Å2
3----2.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.59→33.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6937 0 48 21 7006
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.027133
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.026702
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3721.9589687
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.195315392
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0385902
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.91124.966298
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.623151151
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.6991526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.21106
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0218063
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.021551
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0451.643644
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0461.643643
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.862.4514531
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.8592.4514532
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.8361.6713489
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.8361.6713489
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.52.4885156
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.10612.9348033
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.10312.9338033
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRms dev position (Å)
11A125320.11
12B125320.11
21A120310.11
22C120310.11
31A122370.11
32D122370.11
41B123290.09
42C123290.09
51B125590.1
52D125590.1
61C122120.08
62D122120.08
LS精密化 シェル解像度: 2.59→2.657 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.374 128 -
Rwork0.348 2254 -
obs--98.59 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2674-0.06540.28813.2775-0.98162.0225-0.06160.09980.0991-0.33250.0704-0.03120.3444-0.1992-0.00880.2094-0.0267-0.02080.2622-0.02220.2346-9.82054.0655-6.6871
22.7257-2.1284-0.333511.4797-1.65571.27420.25350.17150.13620.2029-0.0177-0.0233-0.4136-0.1181-0.23580.2015-0.0162-0.00640.26730.05730.2562-14.716625.6374-15.512
34.605-1.53281.29922.0267-2.87074.28940.14190.1562-0.4493-0.5036-0.090.08290.76250.0415-0.05190.20520.0094-0.07550.2256-0.11310.2647-9.395714.9908-21.6344
41.39290.9018-0.19512.0913-1.10432.542-0.13140.23630.1773-0.07880.0411-0.2087-0.0482-0.00080.09030.13820.03370.02160.2415-0.00990.2793-1.61856.8641-1.6557
53.51110.7703-2.30192.2613-0.68554.28830.2076-0.25290.1438-0.215-0.02490.023-0.20970.143-0.18260.2055-0.0128-0.06790.2117-0.04120.1478-36.105336.8769-73.8163
69.15560.9314-1.32121.0587-1.99467.084-0.0911-0.3331-0.3987-0.1490.18040.55320.1366-0.9906-0.08930.03670.0459-0.11860.3947-0.01520.687-58.846337.5758-61.7279
71.4302-1.2721-2.6326.87441.82825.2507-0.0191-0.1018-0.13380.0236-0.0353-0.08840.1323-0.11610.05440.1226-0.0465-0.12190.37630.0780.2703-48.08432.5284-57.3263
83.2057-0.144-2.14433.7134-0.15593.5747-0.0893-0.0519-0.1991-0.44570.03930.12390.4012-0.39130.05010.3091-0.0349-0.09510.2582-0.00680.1672-37.584428.4126-80.4919
92.8077-0.70962.01744.4953.09165.6879-0.21080.15870.0126-0.54650.6316-0.53680.11870.8514-0.42080.61480.01120.03120.1617-0.09020.1422-9.12385.2359-45.3885
104.2171.34483.68863.05764.34747.0779-0.07770.0061-0.23490.324-0.09720.20150.3246-0.19990.17490.6001-0.0436-0.01670.0838-0.02190.0638-21.7664-3.8516-45.5844
117.69974.3859-0.17925.93973.71768.07430.10160.6750.18720.6894-0.20610.57260.6403-0.6350.10460.6843-0.11890.03340.16-0.06050.1282-28.3989-13.8379-58.1054
121.50730.28321.1462.10663.46896.0539-0.2053-0.13460.22140.1594-0.19470.1880.2713-0.39960.40.5578-0.0611-0.05890.09320.00550.1453-23.31892.374-48.0627
132.05710.17771.81042.94330.67234.68410.19880.1261-0.1431-0.1029-0.1825-0.0038-0.0773-0.1647-0.01630.17510.002-0.01750.2480.02430.2136-32.998736.3928-34.5683
140.02250.4271-0.066220.3715-3.94450.80670.0279-0.07210.04970.1128-0.2416-0.2722-0.06260.00090.21370.2581-0.1592-0.17720.6315-0.11350.5917-16.057458.5738-16.913
152.0069-0.82092.13043.8371-0.21568.2883-0.15470.28120.37760.0259-0.3752-0.4222-0.59890.95350.52990.23-0.0967-0.04820.19650.14510.2409-20.43645.8184-19.6091
162.84490.00531.10373.45881.58474.7756-0.0550.14380.1825-0.3185-0.26460.193-0.6904-0.37290.31950.25480.1077-0.03090.24410.03750.137-37.269145.3331-36.6987
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A14 - 125
2X-RAY DIFFRACTION2A126 - 158
3X-RAY DIFFRACTION3A159 - 195
4X-RAY DIFFRACTION4A196 - 246
5X-RAY DIFFRACTION5B14 - 119
6X-RAY DIFFRACTION6B120 - 159
7X-RAY DIFFRACTION7B160 - 201
8X-RAY DIFFRACTION8B204 - 246
9X-RAY DIFFRACTION9C14 - 83
10X-RAY DIFFRACTION10C84 - 118
11X-RAY DIFFRACTION11C119 - 163
12X-RAY DIFFRACTION12C164 - 246
13X-RAY DIFFRACTION13D13 - 118
14X-RAY DIFFRACTION14D119 - 133
15X-RAY DIFFRACTION15D134 - 186
16X-RAY DIFFRACTION16D187 - 246

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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