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- PDB-5bmq: Crystal structure of L,D-transpeptidase (Yku) from Stackebrandtia... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bmq
タイトルCrystal structure of L,D-transpeptidase (Yku) from Stackebrandtia nassauensis
要素ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein
キーワードHYDROLASE / L / D-transpeptidases / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan-protein cross-linking / peptidoglycan L,D-transpeptidase activity / cell wall organization / regulation of cell shape / transferase activity / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
: / L,D-transpeptidase (L,D-TPase) catalytic domain profile. / L,D-transpeptidase catalytic domain / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / L,D-transpeptidase catalytic domain / PGBD-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Stackebrandtia nassauensis
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Chang, C. / Bigelow, L. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structures of L,D-transpeptidases (Yku)
著者: Chang, C. / Bigelow, L. / Clancy, S. / Joachimiak, A.
履歴
登録2015年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4065
ポリマ－27,0341
非ポリマー3724
水4,432246
1
A: ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein
ヘテロ分子

A: ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein
ヘテロ分子

A: ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,21815
ポリマ－81,1013
非ポリマー1,11712
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_564-z+1/2,-x+1,y-1/21
crystal symmetry operation10_655-y+1,z+1/2,-x+1/21
Buried area4650 Å2
ΔGint-121 kcal/mol
Surface area29040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)143.356, 143.356, 143.356
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number199
Space group name H-MI213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-401-

SO4

21A-401-

SO4

31A-698-

HOH

41A-741-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein


分子量: 27033.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Stackebrandtia nassauensis (strain DSM 44728 / NRRL B-16338 / NBRC 102104 / LLR-40K-21) (バクテリア)
株: DSM 44728 / NRRL B-16338 / NBRC 102104 / LLR-40K-21 / 遺伝子: Snas_6095 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D3Q1D9, 加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-DIO / 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE


分子量: 88.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.05 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1.6 M ammonium sulfate, 0.1 M MES, pH 6.5, 10% dioxane

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97899 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月5日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97899 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 30882 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Χ2: 0.938 / Net I/av σ(I): 28.674 / Net I/σ(I): 12.7 / Num. measured all: 225239
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.05-2.097.30.8615471.019100
2.09-2.127.30.71515391.006100
2.12-2.167.30.62615171.026100
2.16-2.217.30.54115300.99100
2.21-2.267.40.4515171.019100
2.26-2.317.40.41515630.995100
2.31-2.377.40.32315270.948100
2.37-2.437.40.26615470.943100
2.43-2.57.40.23515330.938100
2.5-2.587.40.18115220.91100
2.58-2.687.40.16315760.899100
2.68-2.787.40.11515280.839100
2.78-2.917.40.0915380.8100
2.91-3.067.40.07115360.811100
3.06-3.257.40.05815450.848100
3.25-3.517.30.05615641.027100
3.51-3.867.30.05215661.141100
3.86-4.427.20.04515701.03999.9
4.42-5.5670.03815580.811100
5.56-506.60.03515590.72294.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000位相決定
SBC-Collectデータ収集
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.05→32.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 4.765 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.097
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1781 1521 5 %RANDOM
Rwork0.1536 ---
obs0.1549 28664 97.51 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 76.78 Å2 / Biso mean: 29.718 Å2 / Biso min: 14.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.05→32.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1607 0 22 246 1875
Biso mean--28.51 44.43 -
残基数----205
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0191718
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021586
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9491.9542333
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6573.0023672
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9535214
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.4242576
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.49715281
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.483155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0570.2246
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0211956
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02389
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.31133300
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free37.503582
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded8.99953421
LS精密化 シェル解像度: 2.047→2.1 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 87 -
Rwork0.172 1713 -
all-1800 -
obs--79.86 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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