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万見
- PDB-3qp8: Crystal structure of CviR (Chromobacterium violaceum 12472) ligan... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qp8
タイトルCrystal structure of CviR (Chromobacterium violaceum 12472) ligand-binding domain bound to C10-HSL
要素CviR transcriptional regulator
キーワードTRANSCRIPTION / quorum sensing / agonist / antagonist / LuxR / acylated homoserine lactone / transcription factor / DNA binding protein / ligand binding domain / signal receptor / quorum sensing transcription receptor / N-decanoyl-L-Homoserine lactone
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain / Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain / Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain superfamily / Autoinducer binding domain / LuxR-type HTH domain signature. / LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / Signal transduction response regulator, C-terminal effector ...Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain / Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain / Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain superfamily / Autoinducer binding domain / LuxR-type HTH domain signature. / LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Beta-Lactamase / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-[(3S)-2-oxotetrahydrofuran-3-yl]decanamide / Transcriptional activator, LuxR/UhpA family of regulators
類似検索 - 構成要素
生物種Chromobacterium violaceum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Chen, G. / Swem, L. / Swem, D. / Stauff, D. / O'Loughlin, C. / Jeffrey, P. / Bassler, B. / Hughson, F.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2011
タイトル: A strategy for antagonizing quorum sensing.
著者: Chen, G. / Swem, L.R. / Swem, D.L. / Stauff, D.L. / O'Loughlin, C.T. / Jeffrey, P.D. / Bassler, B.L. / Hughson, F.M.
履歴
登録2011年2月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CviR transcriptional regulator
B: CviR transcriptional regulator
C: CviR transcriptional regulator
D: CviR transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,2818
ポリマ－81,2604
非ポリマー1,0214
水8,467470
1
A: CviR transcriptional regulator
B: CviR transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,1414
ポリマ－40,6302
非ポリマー5112
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2560 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area16620 Å2
手法PISA
2
C: CviR transcriptional regulator
D: CviR transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,1414
ポリマ－40,6302
非ポリマー5112
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2870 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area16480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.461, 71.613, 77.737
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.58, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
CviR transcriptional regulator / Transcriptional activator / LuxR/UhpA family of regulators


分子量: 20314.945 Da / 分子数: 4 / 断片: ligand binding domain (UNP residues 8-187) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chromobacterium violaceum (バクテリア)
株: 12472 / 遺伝子: cviR / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Plyss / 参照: UniProt: Q7NQP7
#2: 化合物
ChemComp-HL0 / N-[(3S)-2-oxotetrahydrofuran-3-yl]decanamide / N-decanoyl-L-homoserine lactone / N-デカノイル-L-ホモセリンラクトン


分子量: 255.353 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H25NO3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 470 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.36 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: 100 mM CHES, 1 M sodium citrate, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.0809
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月17日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0809 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→70.71 Å / Num. obs: 101162 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / Rsym value: 0.043 / Net I/σ(I): 16.678
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.397 / Mean I/σ(I) obs: 2.25 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3QP6

3qp6


解像度: 1.6→70.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 3.879 / SU ML: 0.068 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.095 / ESU R Free: 0.095 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2302 5043 5 %RANDOM
Rwork0.1975 95927 --
obs0.1991 100970 99.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 77.59 Å2 / Biso mean: 36.043 Å2 / Biso min: 12.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.56 Å20 Å2-1.67 Å2
2---0.48 Å20 Å2
3----0.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→70.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5648 0 72 470 6190
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0215834
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2771.9487883
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6145724
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.36324.377281
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.28215980
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.5081544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2850
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024464
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.22711
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.24005
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.130.2406
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2090.283
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1650.229
LS精密化 シェル解像度: 1.596→1.638 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 397 -
Rwork0.254 6827 -
all-7224 -
obs--96.73 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9792-0.0552-0.09630.8905-0.2231.3292-0.1176-0.07740.13940.04570.0085-0.1684-0.14280.27320.1090.0133-0.00580.0655-0.03530.0115-0.00219.81819.68141.064
21.31110.8260.8421.53150.6231.3818-0.07890.0263-0.0054-0.13190.09480.03070.0956-0.0917-0.0159-0.002-0.01930.106-0.08920.0128-0.0435-15.853.72725.072
31.4337-1.01120.2951.4808-0.58361.33350.0547-0.0187-0.02430.13410.03230.1959-0.3077-0.1476-0.0870.1141-0.04040.1216-0.03260.0504-0.0147-9.56339.6354.511
41.96581.21420.79391.330.56060.6668-0.27970.3087-0.2402-0.29130.3748-0.2789-0.12790.2204-0.09510.065-0.13070.140.0213-0.053-0.021322.47431.1514.509
50.18440.1215-0.2270.1054-0.0550.6331-0.01240.019-0.0375-0.03740.0746-0.0633-0.08210.0459-0.06210.1056-0.00040.1224-0.0162-0.02230.10733.34123.95218.746
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A9 - 187
2X-RAY DIFFRACTION2B4 - 187
3X-RAY DIFFRACTION3C7 - 187
4X-RAY DIFFRACTION4D4 - 187
5X-RAY DIFFRACTION5A1
6X-RAY DIFFRACTION5B2
7X-RAY DIFFRACTION5C3
8X-RAY DIFFRACTION5D188

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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