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- PDB-6u9q: Crystal Structure Analysis of DNA-BCL11A Znf domain complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6u9q
タイトルCrystal Structure Analysis of DNA-BCL11A Znf domain complex
要素
  • B-cell lymphoma/leukemia 11A
  • DNA3
  • DNA5
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / Transcription factor / DNA-binding / Zn finger / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of neuron remodeling / negative regulation of branching morphogenesis of a nerve / transcription regulatory region nucleic acid binding / negative regulation of dendrite extension / negative regulation of protein homooligomerization / negative regulation of collateral sprouting / regulation of dendrite development / negative regulation of dendrite development / negative regulation of axon extension / positive regulation of collateral sprouting ...negative regulation of neuron remodeling / negative regulation of branching morphogenesis of a nerve / transcription regulatory region nucleic acid binding / negative regulation of dendrite extension / negative regulation of protein homooligomerization / negative regulation of collateral sprouting / regulation of dendrite development / negative regulation of dendrite development / negative regulation of axon extension / positive regulation of collateral sprouting / cellular response to L-glutamate / ALK mutants bind TKIs / paraspeckles / SWI/SNF complex / protein sumoylation / transcription coregulator activity / positive regulation of neuron projection development / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear matrix / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / negative regulation of neuron projection development / DNA-binding transcription factor binding / postsynapse / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein heterodimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / C2H2 zinc finger / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / DNA / DNA (> 10) / B-cell lymphoma/leukemia 11A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Seo, H.-S. / Dhe-Paganon, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Structural insights into the DNA-binding mechanism of BCL11A: The integral role of ZnF6
著者: Viennet, T. / Yin, M. / Jayaraj, A. / Kim, W. / Sun, Z.Y.J. / Fujiwara, Y. / Zhang, K. / Seruggia, D. / Seo, H.S. / Dhe-Paganon, S. / Orkin, S.H. / Arthanari, H.
履歴
登録2019年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月23日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: B-cell lymphoma/leukemia 11A
B: DNA5
C: DNA3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1059
ポリマ－20,6953
非ポリマー4106
水1,964109
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3570 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area9540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.000, 60.160, 75.790
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 129.730, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-1309-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 B-cell lymphoma/leukemia 11A / BCL-11A / B-cell CLL/lymphoma 11A / COUP-TF-interacting protein 1 / Ecotropic viral integration ...BCL-11A / B-cell CLL/lymphoma 11A / COUP-TF-interacting protein 1 / Ecotropic viral integration site 9 protein homolog / EVI-9 / Zinc finger protein 856


分子量: 12751.690 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL11A, CTIP1, EVI9, KIAA1809, ZNF856 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H165

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DNA鎖 , 2種, 2分子 BC

#2: DNA鎖 DNA5


分子量: 3991.610 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA3


分子量: 3951.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 4種, 115分子

#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: NaMalate~8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→47.563 Å / Num. obs: 30114 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 41.746 Å2 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.048 / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル解像度: 1.83→1.86 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. measured all: 5071 / Num. unique obs: 1498 / Rpim(I) all: 0.67 / Rrim(I) all: 1.25 / % possible all: 98.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.16_3549精密化
XDSデータ削減
Aimless0.5.23データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.83→47.563 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.31
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1946 1424 4.73 %
Rwork0.1747 --
obs0.1756 30107 97.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 114.42 Å2 / Biso mean: 52.4378 Å2 / Biso min: 30.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.83→47.563 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数694 512 14 109 1329
Biso mean--72.15 51.43 -
残基数----115
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.8301-1.89550.35721550.3428286798
1.8955-1.97140.31191560.2948284798
1.9714-2.06110.28571410.2554288998
2.0611-2.16980.22741680.2103285299
2.1698-2.30570.23431390.1986291299
2.3057-2.48370.24621270.1909285697
2.4837-2.73370.20321260.207291898
2.7337-3.12920.2251370.1953284596
3.1292-3.94210.15931210.1646279994
3.9421-47.5630.16811540.1369289896
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.08680.60950.36281.80781.0820.64170.0283-0.29560.09850.29060.03240.4106-0.2652-0.2627-0.00180.49780.04730.04970.5777-0.00610.512414.810554.843815.2525
21.84810.3567-1.01661.7099-0.38571.6157-0.1802-0.3062-0.03030.19660.12180.5225-0.5427-0.5043-0.00130.51580.0395-0.00890.5302-0.03680.641713.92655.283612.0533
33.36790.493-1.55391.8842-1.94152.46160.0299-0.13840.40610.37430.06270.0232-0.66020.21250.00080.5819-0.0052-0.02060.44490.00420.461127.829363.34469.638
42.0822-0.77441.16012.55141.69662.91180.0675-0.2869-0.53160.4694-0.03270.08090.2584-0.35860.00030.40340.010.03640.43130.03580.445816.153241.35226.6023
50.7038-0.0789-0.21491.10140.54960.46750.26670.9501-0.1148-0.9035-0.15420.7149-0.178-1.2347-0.00130.51360.0929-0.08310.68080.0070.59219.98436.9577-4.0976
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 1 through 13 )B1 - 13
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'C' and (resid 1 through 13 )C1 - 13
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 737 through 770 )A737 - 770
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 771 through 802 )A771 - 802
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 803 through 825 )A803 - 825

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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