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- PDB-6u8c: Crystal structure of an engineered ultra-high affinity Fab-Protei... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6u8c
タイトルCrystal structure of an engineered ultra-high affinity Fab-Protein G complex
要素
  • Antibody heavy chain Fab
  • Antibody light chain Fab
  • Protein G
キーワードIMMUNE SYSTEM / engineered Fab / protein G / high affinity
機能・相同性
機能・相同性情報


IgG binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
IgG-binding B / B domain / M protein-type anchor domain / Ubiquitin-like (UB roll) - #10 / GA-like domain / GA-like domain / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. ...IgG-binding B / B domain / M protein-type anchor domain / Ubiquitin-like (UB roll) - #10 / GA-like domain / GA-like domain / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Immunoglobulins / Roll / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin G-binding protein G
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus sp. 'group G' (バクテリア)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.61 Å
データ登録者Slezak, T. / Filippova, E.V. / Davydova, E.K. / Kossiakoff, A.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Dental and Craniofacial Research (NIH/NIDCR)GM117372 米国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2020
タイトル: An engineered ultra-high affinity Fab-Protein G pair enables a modular antibody platform with multifunctional capability.
著者: Slezak, T. / Bailey, L.J. / Jaskolowski, M. / Nahotko, D.A. / Filippova, E.V. / Davydova, E.K. / Kossiakoff, A.A.
履歴
登録2019年9月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年1月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein G
B: Protein G
C: Antibody light chain Fab
D: Antibody heavy chain Fab
L: Antibody light chain Fab
H: Antibody heavy chain Fab


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,0446
ポリマ－112,0446
非ポリマー00
水2,288127
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)75.130, 75.130, 340.050
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11L-330-

HOH

21H-322-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21(chain B and resid 5 through 61)
12(chain C and (resid 8 through 24 or resid 26...
22(chain L and (resid 8 through 24 or resid 26 through 56 or resid 58 through 214))
13(chain D and (resid 4 through 102 or resid 116 through 231))
23(chain H and (resid 4 through 102 or resid 116 through 144 or resid 151 through 231))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111VALVALGLUGLUchain AAA5 - 614 - 60
211VALVALGLUGLU(chain B and resid 5 through 61)BB5 - 614 - 60
112SERSERCYSCYS(chain C and (resid 8 through 24 or resid 26...CC8 - 248 - 24
122ALAALATYRTYR(chain C and (resid 8 through 24 or resid 26...CC26 - 5626 - 56
132GLYGLYGLYGLY(chain C and (resid 8 through 24 or resid 26...CC58 - 6558 - 65
142GLYGLYCYSCYS(chain C and (resid 8 through 24 or resid 26...CC69 - 21469 - 214
212SERSERCYSCYS(chain L and (resid 8 through 24 or resid 26 through 56 or resid 58 through 214))LE8 - 248 - 24
222ALAALATYRTYR(chain L and (resid 8 through 24 or resid 26 through 56 or resid 58 through 214))LE26 - 5626 - 56
232GLYGLYCYSCYS(chain L and (resid 8 through 24 or resid 26 through 56 or resid 58 through 214))LE58 - 21458 - 214
113GLUGLUGLUGLU(chain D and (resid 4 through 102 or resid 116 through 231))DD4 - 1024 - 102
123GLYGLYLYSLYS(chain D and (resid 4 through 102 or resid 116 through 231))DD116 - 231116 - 231
213GLUGLUGLUGLU(chain H and (resid 4 through 102 or resid 116 through 144 or resid 151 through 231))HF4 - 1024 - 102
223GLYGLYSERSER(chain H and (resid 4 through 102 or resid 116 through 144 or resid 151 through 231))HF116 - 144116 - 144
233GLYGLYLYSLYS(chain H and (resid 4 through 102 or resid 116 through 144 or resid 151 through 231))HF151 - 231151 - 231

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

#1: タンパク質 Protein G


分子量: 7359.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus sp. 'group G' (バクテリア)
遺伝子: spg / プラスミド: pHFT2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P19909*PLUS
#2: 抗体 Antibody light chain Fab


分子量: 23180.799 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pSFV4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
#3: 抗体 Antibody heavy chain Fab


分子量: 25482.318 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pSFV4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.1 M Magnesium Chloride, 0.1 M Sodium Acetate, 15% PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03322 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月3日 / 詳細: 3.0 undulator
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03322 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: -h,-k,l / Fraction: 0.5
反射解像度: 2.61→48.58 Å / Num. obs: 33384 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 7.6 % / CC1/2: 0.99 / Rpim(I) all: 0.089 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 2.61→2.73 Å / 冗長度: 6.4 % / Num. unique obs: 3910 / Rpim(I) all: 0.72 / % possible all: 93.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2HFF,1IGD

2hff

1igd


解像度: 2.61→47.014 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2501 1877 5.64 %
Rwork0.1917 --
obs0.2018 33295 95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 281.39 Å2 / Biso mean: 49.8039 Å2 / Biso min: 20.06 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.61→47.014 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7147 0 0 131 7278
Biso mean---35.05 -
残基数----944
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A338X-RAY DIFFRACTION5.267TORSIONAL
12B338X-RAY DIFFRACTION5.267TORSIONAL
21C1170X-RAY DIFFRACTION5.267TORSIONAL
22L1170X-RAY DIFFRACTION5.267TORSIONAL
31D1242X-RAY DIFFRACTION5.267TORSIONAL
32H1242X-RAY DIFFRACTION5.267TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.6111-2.68170.36071260.3028234188
2.6817-2.76050.32081210.285231589
2.7605-2.84950.34651250.2767226085
2.8495-2.95130.31691110.2463235289
2.9513-3.06930.34591440.2314234489
3.0693-3.20880.30771480.2054236388
3.2088-3.37770.2811610.197236889
3.3777-3.58890.24731320.1848242991
3.5889-3.86540.24041470.1906241090
3.8654-4.25310.24511570.1745242190
4.2531-4.86580.2121510.1509248791
4.8658-6.11970.20871290.1651256392
6.1197-27.92380.25821680.2263275594
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 4.3916 Å / Origin y: 7.9103 Å / Origin z: -29.6957 Å
111213212223313233
T0.2164 Å2-0.0073 Å20.0122 Å2-0.2781 Å2-0.0242 Å2--0.2738 Å2
L0.5822 °20.2865 °20.0696 °2-0.1464 °20.0206 °2--0.2493 °2
S-0.0347 Å °0.0119 Å °-0.0758 Å °0.023 Å °0.0354 Å °-0.0426 Å °-0.0238 Å °0.0382 Å °0.0008 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA5 - 61
2X-RAY DIFFRACTION1allB4 - 61
3X-RAY DIFFRACTION1allC8 - 214
4X-RAY DIFFRACTION1allD4 - 231
5X-RAY DIFFRACTION1allL6 - 214
6X-RAY DIFFRACTION1allH4 - 231
7X-RAY DIFFRACTION1allW1 - 131

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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