+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6vde | ||||||
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Title | Full-length M. smegmatis Pol1 | ||||||
Components | DNA polymerase I | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / mycobacteria / DNA polymerase / Flap endonuclease | ||||||
Function / homology | Function and homology information 5'-3' exonuclease activity / double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / 3'-5' exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mycolicibacterium smegmatis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.713 Å | ||||||
Authors | Shuman, S. / Goldgur, Y. / Ghosh, S. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2020 Title: Mycobacterial DNA polymerase I: activities and crystal structures of the POL domain as apoenzyme and in complex with a DNA primer-template and of the full-length FEN/EXO-POL enzyme. Authors: Ghosh, S. / Goldgur, Y. / Shuman, S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6vde.cif.gz | 686.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6vde.ent.gz | 573.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6vde.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6vde_validation.pdf.gz | 248.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6vde_full_validation.pdf.gz | 248.9 KB | Display | |
Data in XML | 6vde_validation.xml.gz | 1.7 KB | Display | |
Data in CIF | 6vde_validation.cif.gz | 16.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vd/6vde ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vd/6vde | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6vdcC 6vddSC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Auth seq-ID: 18 - 908 / Label seq-ID: 18 - 908
|
-Components
#1: Protein | Mass: 100011.484 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycolicibacterium smegmatis (bacteria) / Gene: polA, MSMEI_3749 Production host: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (bacteria) References: UniProt: I7G3P9, UniProt: A0QYZ2*PLUS, DNA-directed DNA polymerase #2: Chemical | ChemComp-MN / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.94 Å3/Da / Density % sol: 58.12 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: 1 M lithium chloride, 20% PEG6000, 0.1 M MES, 3% dextran sulfate sodium salt Temp details: ambient |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.97918 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 22, 2018 |
Radiation | Monochromator: double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.7→50.5 Å / Num. obs: 60140 / % possible obs: 98.3 % / Redundancy: 4.5 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 24 |
Reflection shell | Resolution: 2.7→2.75 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 2877 / CC1/2: 0.662 / Rpim(I) all: 0.496 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 6VDD Resolution: 2.713→50.366 Å / SU ML: 0.47 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / Phase error: 39.56 / Details: 2877
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 322.58 Å2 / Biso mean: 117.8703 Å2 / Biso min: 51.35 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.713→50.366 Å
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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