PDB-6nkq: The structure of bovine beta-lactoglobulin in novel crystals grow...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6nkq

タイトル

The structure of bovine beta-lactoglobulin in novel crystals grown at pH 3.8

要素

Beta-lactoglobulin

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / milk / twinning / space group / whey protein / molecular replacement / Tanford transition

機能・相同性

機能・相同性情報

retinol binding / long-chain fatty acid binding / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

McPherson, A.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2019
タイトル: The structure of bovine beta-lactoglobulin in crystals grown at pH 3.8 exhibiting novel threefold twinning.
著者: Yeates, T.O. / McPherson, A.

履歴

登録	2019年1月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年1月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6nkq.cif.gz	201.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6nkq.ent.gz	161.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6nkq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nk/6nkq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nk/6nkq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1bebS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1gx8-d 4y0s-d 4tu0-4 4y0r-d 5io5-d 4nli-d 6zsq-2 6gf9-d 3ph6-1 3d2c-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (5) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Beta-lactoglobulin

C: Beta-lactoglobulin

D: Beta-lactoglobulin

E: Beta-lactoglobulin

F: Beta-lactoglobulin

A: Beta-lactoglobulin

ヘテロ分子

119 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Beta-lactoglobulin

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
19.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Beta-lactoglobulin

ソフトウェアが定義した集合体
19.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

D: Beta-lactoglobulin

ソフトウェアが定義した集合体
19.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

E: Beta-lactoglobulin

ソフトウェアが定義した集合体
19.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

F: Beta-lactoglobulin

ソフトウェアが定義した集合体
19.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

6

A: Beta-lactoglobulin

ソフトウェアが定義した集合体
19.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.888, 114.121, 140.506
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-201- CA
2	1	B-309- HOH
3	1	A-202- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ILE	ILE	GLN	GLN	B	A	2 - 159	18 - 175
2	1	ILE	ILE	GLN	GLN	C	B	2 - 159	18 - 175
1	2	VAL	VAL	CYS	CYS	B	A	3 - 160	19 - 176
2	2	VAL	VAL	CYS	CYS	D	C	3 - 160	19 - 176
1	3	ILE	ILE	GLN	GLN	B	A	2 - 159	18 - 175
2	3	ILE	ILE	GLN	GLN	E	D	2 - 159	18 - 175
1	4	VAL	VAL	CYS	CYS	B	A	3 - 160	19 - 176
2	4	VAL	VAL	CYS	CYS	F	E	3 - 160	19 - 176
1	5	THR	THR	CYS	CYS	B	A	4 - 160	20 - 176
2	5	THR	THR	CYS	CYS	A	F	4 - 160	20 - 176
1	6	VAL	VAL	GLN	GLN	C	B	3 - 159	19 - 175
2	6	VAL	VAL	GLN	GLN	D	C	3 - 159	19 - 175
1	7	ILE	ILE	CYS	CYS	C	B	2 - 160	18 - 176
2	7	ILE	ILE	CYS	CYS	E	D	2 - 160	18 - 176
1	8	VAL	VAL	GLN	GLN	C	B	3 - 159	19 - 175
2	8	VAL	VAL	GLN	GLN	F	E	3 - 159	19 - 175
1	9	THR	THR	GLN	GLN	C	B	4 - 159	20 - 175
2	9	THR	THR	GLN	GLN	A	F	4 - 159	20 - 175
1	10	VAL	VAL	GLN	GLN	D	C	3 - 159	19 - 175
2	10	VAL	VAL	GLN	GLN	E	D	3 - 159	19 - 175
1	11	VAL	VAL	HIS	HIS	D	C	3 - 161	19 - 177
2	11	VAL	VAL	HIS	HIS	F	E	3 - 161	19 - 177
1	12	THR	THR	CYS	CYS	D	C	4 - 160	20 - 176
2	12	THR	THR	CYS	CYS	A	F	4 - 160	20 - 176
1	13	VAL	VAL	GLN	GLN	E	D	3 - 159	19 - 175
2	13	VAL	VAL	GLN	GLN	F	E	3 - 159	19 - 175
1	14	THR	THR	GLN	GLN	E	D	4 - 159	20 - 175
2	14	THR	THR	GLN	GLN	A	F	4 - 159	20 - 175
1	15	THR	THR	CYS	CYS	F	E	4 - 160	20 - 176
2	15	THR	THR	CYS	CYS	A	F	4 - 160	20 - 176

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質	Beta-lactoglobulin / Beta-LG 分子量: 19904.227 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / Plasmid details: Sigma Biochemicals / 組織: milk / 参照: UniProt: P02754
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.31 % / 解説: thick hexagonal prisms
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.8 詳細: Reservoir of 3 M NaCl buffered with sodium citrate at pH 3.8 - heavy white precipitate formed upon mixing of 30 mg/ml protein in water with reservoir solution. Precipitate was removed by ...詳細: Reservoir of 3 M NaCl buffered with sodium citrate at pH 3.8 - heavy white precipitate formed upon mixing of 30 mg/ml protein in water with reservoir solution. Precipitate was removed by centrifugation. The clear remaining 12ul droplet was equilibrated against the reservoir for 12 to 60 hours PH範囲: 3.8 - 4.2 / Temp details: range 4 to 37 degrees C

結晶

マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.31 % / 解説: thick hexagonal prisms

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.8
詳細: Reservoir of 3 M NaCl buffered with sodium citrate at pH 3.8 - heavy white precipitate formed upon mixing of 30 mg/ml protein in water with reservoir solution. Precipitate was removed by ...
PH範囲: 3.8 - 4.2 / Temp details: range 4 to 37 degrees C

-
データ収集

回折

平均測定温度: 173 K / Ambient temp details: flash frozen in cryostream / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.987 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.987 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.162
1	1	-h,-k,l	2	0.159
1	1	-1/2H-1/2K, 3/2H-1/2K, L	3	0.164
1	1	1/2H-1/2K, 3/2H+1/2K, L	4	0.175
1	1	1/2H+1/2K, -3/2H+1/2K, L	5	0.158
1	1	-1/2H+1/2K, -3/2H-1/2K, L	6	0.183

反射

解像度: 2.2→60 Å / Num. obs: 49538 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 45.2 % / B_iso Wilson estimate: 93 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.205 / R_pim(I) all: 0.031 / R_rim(I) all: 0.209 / R_sym value: 0.19 / Net I/av σ(I): 10.7 / Net I/σ(I): 10.7

反射シェル

解像度: 2.2→2.7 Å / 冗長度: 46.7 % / R_merge(I) obs: 1.62 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique obs: 2094 / CC_1/2: 0.976 / R_pim(I) all: 0.24 / R_rim(I) all: 1.66 / R_sym value: 1.62 / % possible all: 45.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1BEB

1beb

解像度: 2.3→57.06 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 5.264 / SU ML: 0.142 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.078 / ESU R Free: 0.054 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26097	2327	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20681	-	-	-
obs	0.20974	43606	99.46 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 92.982 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	110.93 Å²	0 Å²	-1.74 Å²
2-	-	18.76 Å²	0 Å²
3-	-	-	-129.69 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.3→57.06 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7519	0	1	67	7587

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	7691
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.017	7346
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.109	1.643	10426
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.022	1.577	17215
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.779	5	958
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.383	25.914	350
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.061	15	1475
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.919	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.028	0.2	1031
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	8355
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1308
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	8.172	13.246	3820
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	8.173	13.247	3819
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	11.171	14.922	4767
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	11.17	14.921	4768
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.792	13.428	3865
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.791	13.427	3866
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.357	15.037	5655
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	15.927	25	8415
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	15.926	25	8416
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	B	4750	0.12
1	2	C	4750	0.12
2	1	B	4810	0.12
2	2	D	4810	0.12
3	1	B	4725	0.12
3	2	E	4725	0.12
4	1	B	4716	0.13
4	2	F	4716	0.13
5	1	B	4796	0.12
5	2	A	4796	0.12
6	1	C	4765	0.12
6	2	D	4765	0.12
7	1	C	4825	0.11
7	2	E	4825	0.11
8	1	C	4744	0.12
8	2	F	4744	0.12
9	1	C	4776	0.11
9	2	A	4776	0.11
10	1	D	4741	0.12
10	2	E	4741	0.12
11	1	D	4804	0.13
11	2	F	4804	0.13
12	1	D	4843	0.1
12	2	A	4843	0.1
13	1	E	4720	0.12
13	2	F	4720	0.12
14	1	E	4731	0.11
14	2	A	4731	0.11
15	1	F	4797	0.11
15	2	A	4797	0.11

LS精密化シェル

解像度: 2.301→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.559	161	-
R_work	0.343	3096	-
obs	-	-	94.21 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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