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- PDB-6tz8: Crystal structure of Cryptococcus neoformans Calceineurin A, Calc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tz8
タイトルCrystal structure of Cryptococcus neoformans Calceineurin A, Calcineurin B, and FKBP12 with FK-506
要素
  • Calcineurin subunit B
  • FK506-binding protein 1
  • Serine/threonine-protein phosphatase 2B catalytic subunit A1
キーワードHydrolase/Isomerase/Calcium Binding / Calcineurin A / CnA / CnB / FKBP12 / FK-506 / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / Hydrolase-Isomerase-Calcium Binding complex
機能・相同性
機能・相同性情報


mitotic actomyosin contractile ring, intermediate layer / positive regulation of mitotic division septum assembly / fungal-type cell wall organization or biogenesis / positive regulation of mitotic actomyosin contractile ring contraction / myosin phosphatase activity / calcium-dependent protein serine/threonine phosphatase regulator activity / negative regulation of calcium ion import across plasma membrane / calmodulin-dependent protein phosphatase activity / calcineurin complex / regulation of cell morphogenesis ...mitotic actomyosin contractile ring, intermediate layer / positive regulation of mitotic division septum assembly / fungal-type cell wall organization or biogenesis / positive regulation of mitotic actomyosin contractile ring contraction / myosin phosphatase activity / calcium-dependent protein serine/threonine phosphatase regulator activity / negative regulation of calcium ion import across plasma membrane / calmodulin-dependent protein phosphatase activity / calcineurin complex / regulation of cell morphogenesis / protein-serine/threonine phosphatase / calcineurin-mediated signaling / ferric iron binding / cellular response to calcium ion / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / positive regulation of protein localization to nucleus / calmodulin binding / intracellular signal transduction / calcium ion binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Calcineurin B protein / PP2B, metallophosphatase domain / PP2B / Serine/threonine specific protein phosphatases signature. / Protein phosphatase 2A homologues, catalytic domain. / Serine/threonine-specific protein phosphatase/bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase / Metallo-dependent phosphatases / Chitinase A; domain 3 - #40 / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / : ...Calcineurin B protein / PP2B, metallophosphatase domain / PP2B / Serine/threonine specific protein phosphatases signature. / Protein phosphatase 2A homologues, catalytic domain. / Serine/threonine-specific protein phosphatase/bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase / Metallo-dependent phosphatases / Chitinase A; domain 3 - #40 / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / : / Chitinase A; domain 3 / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / EF-hand / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / 4-Layer Sandwich / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 8-DEETHYL-8-[BUT-3-ENYL]-ASCOMYCIN / Calcineurin subunit B / Serine/threonine-protein phosphatase 2B catalytic subunit A1 / FK506-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Harnessing calcineurin-FK506-FKBP12 crystal structures from invasive fungal pathogens to develop antifungal agents.
著者: Juvvadi, P.R. / Fox 3rd, D. / Bobay, B.G. / Hoy, M.J. / Gobeil, S.M.C. / Venters, R.A. / Chang, Z. / Lin, J.J. / Averette, A.F. / Cole, D.C. / Barrington, B.C. / Wheaton, J.D. / Ciofani, M. / ...著者: Juvvadi, P.R. / Fox 3rd, D. / Bobay, B.G. / Hoy, M.J. / Gobeil, S.M.C. / Venters, R.A. / Chang, Z. / Lin, J.J. / Averette, A.F. / Cole, D.C. / Barrington, B.C. / Wheaton, J.D. / Ciofani, M. / Trzoss, M. / Li, X. / Lee, S.C. / Chen, Y.L. / Mutz, M. / Spicer, L.D. / Schumacher, M.A. / Heitman, J. / Steinbach, W.J.
#1: ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Harnessing calcineurin-FK506-FKBP12 crystal structures from invasive fungal pathogens to develop antifungal agents
著者: Juvvadi, P.R. / Fox III, D. / Bobay, B.G. / Hoy, M.J. / Gobeil, S.M. / Venters, R.A. / Chang, Z. / Lin, J.J. / Averette, A.F. / Cole, D.C. / Barrington, B.C. / Wheaton, J.D. / Ciofani, M. / ...著者: Juvvadi, P.R. / Fox III, D. / Bobay, B.G. / Hoy, M.J. / Gobeil, S.M. / Venters, R.A. / Chang, Z. / Lin, J.J. / Averette, A.F. / Cole, D.C. / Barrington, B.C. / Wheaton, J.D. / Ciofani, M. / Trzoss, M. / Li, X. / Lee, S.C. / Chen, Y. / Mutz, M. / Spicer, L.D. / Schumacher, M.A. / Heitman, J. / Steinbach, W.J.
履歴
登録2019年8月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein phosphatase 2B catalytic subunit A1
B: Calcineurin subunit B
C: FK506-binding protein 1
D: Serine/threonine-protein phosphatase 2B catalytic subunit A1
E: Calcineurin subunit B
F: FK506-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,03323
ポリマ－156,5736
非ポリマー2,45917
水1629
1
A: Serine/threonine-protein phosphatase 2B catalytic subunit A1
B: Calcineurin subunit B
C: FK506-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,56412
ポリマ－78,2873
非ポリマー1,2789
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8810 Å2
ΔGint-199 kcal/mol
Surface area26860 Å2
手法PISA
2
D: Serine/threonine-protein phosphatase 2B catalytic subunit A1
E: Calcineurin subunit B
F: FK506-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,46811
ポリマ－78,2873
非ポリマー1,1828
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8670 Å2
ΔGint-196 kcal/mol
Surface area27180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.720, 120.700, 134.960
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 3種, 6分子 ADBECF

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein phosphatase 2B catalytic subunit A1 / Calcineurin A1


分子量: 45253.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (strain H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487) (菌類)
株: H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487 / 遺伝子: CNA1, CNAG_04796 / プラスミド: pEMB44 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Tni
参照: UniProt: O42773, protein-serine/threonine phosphatase
#2: タンパク質 Calcineurin subunit B


分子量: 19700.260 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (strain H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487) (菌類)
株: H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487 / 遺伝子: CNAG_00888 / プラスミド: pEMB44 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Tni / 参照: UniProt: J9VL81
#3: タンパク質 FK506-binding protein 1 / FKBP / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / PPIase / Rapamycin-binding protein


分子量: 13333.070 Da / 分子数: 2 / Mutation: S9K, K14V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (strain H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487) (菌類)
株: H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487 / 遺伝子: FRR1, CNAG_03682 / プラスミド: pEMB44 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Tni / 参照: UniProt: O94746, peptidylprolyl isomerase

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非ポリマー , 6種, 26分子

#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#6: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物 ChemComp-FK5 / 8-DEETHYL-8-[BUT-3-ENYL]-ASCOMYCIN / K506


分子量: 804.018 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H69NO12 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤*YM
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: CRYPTOCOCCUS NEOFORMANS CALCINEURIN A (CRNEC.00174.A.EX14), CALCINEURIN B (CRNEC.01011.A.FX11), AND FKBP12 (CRNEC.18272.A.DB13) WITH FK-506 IN 25MM MES PH6.4, 150MM NACL, 0.5MM TCEP, 5MM ...詳細: CRYPTOCOCCUS NEOFORMANS CALCINEURIN A (CRNEC.00174.A.EX14), CALCINEURIN B (CRNEC.01011.A.FX11), AND FKBP12 (CRNEC.18272.A.DB13) WITH FK-506 IN 25MM MES PH6.4, 150MM NACL, 0.5MM TCEP, 5MM CACL2, 5UM FK506 WAS CRYSTALLIZED AT 9.38MG/ML AGAINST MORPHEUS II CONDITION A3 CONTAINING 30MM LITHIUM SULFATE, 30MM SODIUM SULFATE, 30MM POTASSIUM SULFATE, 0.1M MOPSO/0.1M BIS-TRIS PH6.5, 10% W/V PEG8000 AND 20% W/V 1, 5 PENTANEDIOL. CRYSTALS WERE DIRECTLY CRYO-PROTECTED IN 20% ETHYLENE GLYCOL
PH範囲: 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月9日 / 詳細: BERYLLIUM LENSES
放射モノクロメーター: DIAMOND [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 29795 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.2 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.196 / Rrim(I) all: 0.215 / Net I/σ(I): 8.62
反射 シェル解像度: 3.3→3.39 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.587 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique obs: 2188 / CC1/2: 0.918 / Rrim(I) all: 0.642 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX(DEV_2919: ???)精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1TCO

1tco


解像度: 3.3→44.57 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.62
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2434 1479 4.98 %
Rwork0.1992 --
obs0.2013 29717 99.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→44.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10119 0 141 9 10269
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00410510
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.65114299
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8546195
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0421567
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041874
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.3-3.40650.31621332521100
3.4065-3.52820.33341362530100
3.5282-3.66940.32771322536100
3.6694-3.83630.31871322538100
3.8363-4.03840.24381302540100
4.0384-4.29130.21911290.17572560100
4.2913-4.62230.19621380.15992547100
4.6223-5.08690.18441340.16112561100
5.0869-5.82160.23271382579100
5.8216-7.32930.24511352622100
7.32930.18611420.1688270499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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