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- PDB-4y6o: Human SIRT2 in complex with myristoylated peptide (TNF-alphaK20myr) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4y6o
タイトルHuman SIRT2 in complex with myristoylated peptide (TNF-alphaK20myr)
要素
  • NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-2
  • peptide LEU-PRO-LYS-MYK-THR-GLY-GLY
キーワードHYDROLASE/PEPTIDE / sirtuin / SIRT / NAD-dependent deacetylase / myristoylated lysine / HYDROLASE-PEPTIDE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of L-glutamate import across plasma membrane / negative regulation of branching involved in lung morphogenesis / negative regulation of bile acid secretion / response to Gram-negative bacterium / positive regulation of interleukin-33 production / positive regulation of neutrophil activation / positive regulation of blood microparticle formation / negative regulation of signaling receptor activity / positive regulation of chronic inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of fractalkine production ...negative regulation of L-glutamate import across plasma membrane / negative regulation of branching involved in lung morphogenesis / negative regulation of bile acid secretion / response to Gram-negative bacterium / positive regulation of interleukin-33 production / positive regulation of neutrophil activation / positive regulation of blood microparticle formation / negative regulation of signaling receptor activity / positive regulation of chronic inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of fractalkine production / cellular response to caloric restriction / negative regulation of oligodendrocyte progenitor proliferation / positive regulation of leukocyte adhesion to arterial endothelial cell / positive regulation of vitamin D biosynthetic process / positive regulation of translational initiation by iron / response to macrophage colony-stimulating factor / regulation of membrane lipid metabolic process / regulation of endothelial cell apoptotic process / negative regulation of striated muscle tissue development / chronic inflammatory response to antigenic stimulus / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis / negative regulation of satellite cell differentiation / negative regulation of protein-containing complex disassembly / response to 3,3',5-triiodo-L-thyronine / positive regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / response to gold nanoparticle / positive regulation of humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / positive regulation of meiotic nuclear division / positive regulation of hair follicle development / negative regulation of myelination / NAD-dependent protein demyristoylase activity / NAD-dependent protein depalmitoylase activity / negative regulation of bicellular tight junction assembly / negative regulation of cytokine production involved in immune response / negative regulation of vascular wound healing / paranodal junction / peptidyl-lysine deacetylation / : / negative regulation of amyloid-beta clearance / tubulin deacetylation / response to isolation stress / positive regulation of action potential / inflammatory response to wounding / positive regulation of interleukin-18 production / lateral loop / death receptor agonist activity / positive regulation of protein transport / TNF signaling / NLRP3 inflammasome complex assembly / epithelial cell proliferation involved in salivary gland morphogenesis / negative regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / mitotic nuclear membrane reassembly / toll-like receptor 3 signaling pathway / embryonic digestive tract development / tubulin deacetylase activity / vascular endothelial growth factor production / leukocyte migration involved in inflammatory response / regulation of exit from mitosis / paranode region of axon / necroptotic signaling pathway / response to fructose / Schmidt-Lanterman incisure / positive regulation of neuroinflammatory response / positive regulation of synoviocyte proliferation / positive regulation of fatty acid biosynthetic process / NAD-dependent protein lysine deacetylase activity / positive regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / leukocyte tethering or rolling / protein acetyllysine N-acetyltransferase / histone H3K14 deacetylase activity, NAD-dependent / histone H3K9 deacetylase activity, NAD-dependent / histone H4K16 deacetylase activity, NAD-dependent / histone H3K18 deacetylase activity, NAD-dependent / histone H3K56 deacetylase activity, NAD-dependent / histone H3K4 deacetylase activity, NAD-dependent / negative regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / positive regulation of mononuclear cell migration / myelination in peripheral nervous system / positive regulation of fever generation / negative regulation of myoblast differentiation / rDNA heterochromatin formation / cellular response to toxic substance / regulation of establishment of endothelial barrier / histone deacetylase activity, NAD-dependent / regulation of phosphorylation / protein deacetylation / positive regulation of oocyte maturation / endothelial cell apoptotic process / negative regulation of D-glucose import / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / negative regulation of oxidative phosphorylation / juxtaparanode region of axon / positive regulation of protein localization to cell surface / macrophage activation involved in immune response / chromatin silencing complex / positive regulation of osteoclast differentiation / tumor necrosis factor receptor binding / positive regulation of protein-containing complex disassembly / negative regulation of systemic arterial blood pressure / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor alpha / Tumour necrosis factor / Sirtuin, class I / Tumour necrosis factor, conserved site / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) signature. / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / SIR2/SIRT2 'Small Domain' ...Tumour necrosis factor alpha / Tumour necrosis factor / Sirtuin, class I / Tumour necrosis factor, conserved site / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) signature. / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / Sirtuin, catalytic core small domain superfamily / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Sirtuin family / : / Sir2 family / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / TPP-binding domain / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor / NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Kudo, N. / Ito, A. / Yoshida, M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Kinetic and Structural Basis for Acyl-Group Selectivity and NAD(+) Dependence in Sirtuin-Catalyzed Deacylation.
著者: Feldman, J.L. / Dittenhafer-Reed, K.E. / Kudo, N. / Thelen, J.N. / Ito, A. / Yoshida, M. / Denu, J.M.
履歴
登録2015年2月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年1月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月5日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-2
B: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-2
C: peptide LEU-PRO-LYS-MYK-THR-GLY-GLY
D: peptide LEU-PRO-LYS-MYK-THR-GLY-GLY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,3566
ポリマ－68,2254
非ポリマー1312
水7,638424
1
A: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-2
C: peptide LEU-PRO-LYS-MYK-THR-GLY-GLY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1783
ポリマ－34,1122
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1590 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area13420 Å2
手法PISA
2
B: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-2
D: peptide LEU-PRO-LYS-MYK-THR-GLY-GLY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1783
ポリマ－34,1122
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1610 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area13180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.136, 48.785, 96.960
Angle α, β, γ (deg.)101.07, 91.33, 112.27
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-2 / Regulatory protein SIR2 homolog 2 / SIR2-like protein 2


分子量: 33201.223 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 52-291, 304-356 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SIRT2, SIR2L, SIR2L2 / プラスミド: pGEX-4T3 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q8IXJ6, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用
#2: タンパク質・ペプチド peptide LEU-PRO-LYS-MYK-THR-GLY-GLY


分子量: 911.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01375*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 424 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 77514 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 1.9 % / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 14.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1J8F, 3ZGO

1j8f

3zgo


解像度: 1.6→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 1.827 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.101 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23457 3770 4.9 %RANDOM
Rwork0.20631 ---
obs0.20769 73362 95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.931 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å2-0.02 Å2-0.01 Å2
2---0.04 Å2-0.13 Å2
3---0.13 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4551 0 2 424 4977
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0194659
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2151.9916255
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4215557
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.11323.498203
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.30415831
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.5511530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2678
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0213430
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6291.5672260
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.1292.3372805
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.6621.7012399
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.82313.5537529
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 251 -
Rwork0.247 4896 -
obs--85.48 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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