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- PDB-2hak: Catalytic and ubiqutin-associated domains of MARK1/PAR-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hak
タイトルCatalytic and ubiqutin-associated domains of MARK1/PAR-1
要素Serine/threonine-protein kinase MARK1
キーワードSIGNALING PROTEIN / TRANSFERASE / SERINE/THREONINE PROTEIN KINASE / MARK / PAR-1 / KIN1 / UBA DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


establishment of mitochondrion localization / regulation of dendrite development / phosphatidic acid binding / tau-protein kinase / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / tau-protein kinase activity / phosphatidylserine binding / regulation of neuron projection development / regulation of postsynapse assembly / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding ...establishment of mitochondrion localization / regulation of dendrite development / phosphatidic acid binding / tau-protein kinase / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / tau-protein kinase activity / phosphatidylserine binding / regulation of neuron projection development / regulation of postsynapse assembly / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / cytoskeleton organization / tau protein binding / microtubule cytoskeleton organization / Wnt signaling pathway / neuron migration / microtubule cytoskeleton / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / cytoskeleton / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / postsynapse / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / negative regulation of gene expression / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / dendrite / positive regulation of gene expression / glutamatergic synapse / magnesium ion binding / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Kinase associated domain 1 (KA1) / Kinase associated domain 1 / Kinase associated domain 1 (KA1) profile. / KA1 domain/Ssp2, C-terminal / Ubiquitin-associated (UBA) domain / UBA/TS-N domain / Ubiquitin associated domain / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. ...: / Kinase associated domain 1 (KA1) / Kinase associated domain 1 / Kinase associated domain 1 (KA1) profile. / KA1 domain/Ssp2, C-terminal / Ubiquitin-associated (UBA) domain / UBA/TS-N domain / Ubiquitin associated domain / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein kinase MARK1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Marx, A. / Nugoor, C. / Mueller, J. / Panneerselvam, S. / Mandelkow, E.-M. / Mandelkow, E.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Structural variations in the catalytic and ubiquitin-associated domains of microtubule-associated protein/microtubule affinity regulating kinase (MARK) 1 and MARK2
著者: Marx, A. / Nugoor, C. / Mueller, J. / Panneerselvam, S. / Timm, T. / Bilang, M. / Mylonas, E. / Svergun, D.I. / Mandelkow, E.-M. / Mandelkow, E.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 2006
タイトル: Structure of the catalytic and ubiquitin-associated domains of the protein kinase MARK/Par-1
著者: Panneerselvam, S. / Marx, A. / Mandelkow, E.-M. / Mandelkow, E.
履歴
登録2006年6月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase MARK1
B: Serine/threonine-protein kinase MARK1
C: Serine/threonine-protein kinase MARK1
D: Serine/threonine-protein kinase MARK1
E: Serine/threonine-protein kinase MARK1
F: Serine/threonine-protein kinase MARK1
G: Serine/threonine-protein kinase MARK1
H: Serine/threonine-protein kinase MARK1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)301,7008
ポリマ－301,7008
非ポリマー00
水3,783210
1
A: Serine/threonine-protein kinase MARK1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7131
ポリマ－37,7131
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Serine/threonine-protein kinase MARK1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7131
ポリマ－37,7131
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Serine/threonine-protein kinase MARK1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7131
ポリマ－37,7131
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Serine/threonine-protein kinase MARK1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7131
ポリマ－37,7131
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Serine/threonine-protein kinase MARK1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7131
ポリマ－37,7131
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Serine/threonine-protein kinase MARK1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7131
ポリマ－37,7131
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Serine/threonine-protein kinase MARK1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7131
ポリマ－37,7131
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: Serine/threonine-protein kinase MARK1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7131
ポリマ－37,7131
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
9
E: Serine/threonine-protein kinase MARK1
F: Serine/threonine-protein kinase MARK1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,4252
ポリマ－75,4252
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2170 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area28990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.682, 116.470, 285.748
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Serine/threonine-protein kinase MARK1 / MAP/microtubule affinity-regulating kinase 1


分子量: 37712.504 Da / 分子数: 8 / 断片: catalytic and UBA domains, residues 38-364 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MARK1 / プラスミド: pET16b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21AI
参照: UniProt: Q9P0L2, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.69 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10% PEG 3350, 0.2M ammonium citrate, 0.1M bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.803 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.803 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 112949 / Num. obs: 112949 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Χ2: 0.995 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.473 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 5506 / Χ2: 1.069 / % possible all: 98.5

-
位相決定

Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å10 Å
Translation3 Å10 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ZMU

1zmu


解像度: 2.6→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / SU B: 11.522 / SU ML: 0.247 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.453 / ESU R Free: 0.325 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29 2786 2.5 %RANDOM
Rwork0.212 ---
all0.214 110686 --
obs0.214 110686 99.31 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 48.596 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.56 Å20 Å20 Å2
2--0.75 Å20 Å2
3---0.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19369 0 0 210 19579
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0280.02219742
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4081.97226633
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.06752397
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.72224.079912
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.068153636
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.1415130
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.160.22971
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0214705
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2690.210025
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3390.213411
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1920.2964
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2350.2141
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2640.217
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2981.512418
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.189219388
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.28338382
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.9114.57245
LS精密化 シェル解像度: 2.604→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.41 194 -
Rwork0.289 7316 -
obs-7510 96.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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