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- PDB-4r6v: Crystal Structure of FGF Receptor (FGFR) 4 Kinase Harboring the V... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r6v
タイトルCrystal Structure of FGF Receptor (FGFR) 4 Kinase Harboring the V550L Gate-Keeper Mutation in Complex with FIIN-3, an Irreversible Tyrosine Kinase Inhibitor Capable of Overcoming FGFR kinase Gate-Keeper Mutations
要素Fibroblast growth factor receptor 4
キーワードTransferase/transferase inhibitor / Kinase Domain Fold / Cell Signaling / Phosphotransferase / Plasmamembrane / Transferase-transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


FGFR4 mutant receptor activation / betaKlotho-mediated ligand binding / regulation of extracellular matrix disassembly / positive regulation of catalytic activity / phosphate ion homeostasis / regulation of bile acid biosynthetic process / FGFR4 ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR4 / positive regulation of DNA biosynthetic process / PI-3K cascade:FGFR4 ...FGFR4 mutant receptor activation / betaKlotho-mediated ligand binding / regulation of extracellular matrix disassembly / positive regulation of catalytic activity / phosphate ion homeostasis / regulation of bile acid biosynthetic process / FGFR4 ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR4 / positive regulation of DNA biosynthetic process / PI-3K cascade:FGFR4 / fibroblast growth factor binding / positive regulation of proteolysis / regulation of lipid metabolic process / PI3K Cascade / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / SHC-mediated cascade:FGFR4 / Signaling by FGFR4 in disease / transport vesicle / FRS-mediated FGFR4 signaling / cholesterol homeostasis / Negative regulation of FGFR4 signaling / placental growth factor receptor activity / insulin receptor activity / vascular endothelial growth factor receptor activity / hepatocyte growth factor receptor activity / macrophage colony-stimulating factor receptor activity / platelet-derived growth factor alpha-receptor activity / platelet-derived growth factor beta-receptor activity / stem cell factor receptor activity / boss receptor activity / protein tyrosine kinase collagen receptor activity / brain-derived neurotrophic factor receptor activity / transmembrane-ephrin receptor activity / GPI-linked ephrin receptor activity / epidermal growth factor receptor activity / fibroblast growth factor receptor activity / insulin-like growth factor receptor activity / receptor protein-tyrosine kinase / peptidyl-tyrosine phosphorylation / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / glucose homeostasis / cell migration / PIP3 activates AKT signaling / heparin binding / RAF/MAP kinase cascade / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / protein autophosphorylation / receptor complex / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / endosome / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / extracellular region / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Fibroblast growth factor receptor family / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. ...Fibroblast growth factor receptor family / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Immunoglobulin-like domain superfamily / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FI3 / Fibroblast growth factor receptor 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.353 Å
データ登録者Huang, Z. / Mohammadi, M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Development of covalent inhibitors that can overcome resistance to first-generation FGFR kinase inhibitors.
著者: Tan, L. / Wang, J. / Tanizaki, J. / Huang, Z. / Aref, A.R. / Rusan, M. / Zhu, S.J. / Zhang, Y. / Ercan, D. / Liao, R.G. / Capelletti, M. / Zhou, W. / Hur, W. / Kim, N. / Sim, T. / Gaudet, S. ...著者: Tan, L. / Wang, J. / Tanizaki, J. / Huang, Z. / Aref, A.R. / Rusan, M. / Zhu, S.J. / Zhang, Y. / Ercan, D. / Liao, R.G. / Capelletti, M. / Zhou, W. / Hur, W. / Kim, N. / Sim, T. / Gaudet, S. / Barbie, D.A. / Yeh, J.R. / Yun, C.H. / Hammerman, P.S. / Mohammadi, M. / Janne, P.A. / Gray, N.S.
履歴
登録2014年8月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月26日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fibroblast growth factor receptor 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0594
ポリマ－36,1741
非ポリマー8863
水77543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)139.381, 139.381, 50.090
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Fibroblast growth factor receptor 4 / FGFR-4


分子量: 36173.598 Da / 分子数: 1 / 断片: Tyrosine Kinase Domain of FGF receptor 4 / 変異: R664E, V550L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FGFR4, JTK2, TKF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22455, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-FI3 / N-[4-({[(2,6-dichloro-3,5-dimethoxyphenyl)carbamoyl](6-{[4-(4-methylpiperazin-1-yl)phenyl]amino}pyrimidin-4-yl)amino}methyl)phenyl]propanamide


分子量: 693.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H38Cl2N8O4
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.48 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES, 1.0-1.2 M (NH4)2SO4, 10 mM Yitrium (III) Chloride hexahydrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.97916 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月21日
放射モノクロメーター: Si 111 Channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97916 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→50 Å / Num. all: 14984 / Num. obs: 14984 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
2.35-2.39198.2
2.39-2.43199.7
2.43-2.48199.9
2.48-2.531100
2.53-2.59199.9
2.59-2.65199.7
2.65-2.71199.9
2.71-2.791100
2.79-2.87199.9
2.87-2.961100
2.96-3.07199.9
3.07-3.191100
3.19-3.33199.9
3.33-3.51199.9
3.51-3.73199.7
3.73-4.02199.3
4.02-4.42198.7
4.42-5.06199.5
5.06-6.37199.5
6.37-50197.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 4QQC

4qqc


解像度: 2.353→38.544 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 22.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2274 1504 10.04 %
Rwork0.1744 --
obs0.1795 14982 99.57 %
all-14982 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.353→38.544 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2126 0 58 43 2227
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082236
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1463037
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.448827
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045331
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005387
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.353-2.4290.28531350.22791214X-RAY DIFFRACTION99
2.429-2.51580.24611380.21521240X-RAY DIFFRACTION100
2.5158-2.61650.26511350.21521206X-RAY DIFFRACTION100
2.6165-2.73550.25181390.20331249X-RAY DIFFRACTION100
2.7355-2.87970.27251360.20251211X-RAY DIFFRACTION100
2.8797-3.06010.27781380.19871231X-RAY DIFFRACTION100
3.0601-3.29620.26911420.18631253X-RAY DIFFRACTION100
3.2962-3.62770.20831350.17231220X-RAY DIFFRACTION100
3.6277-4.15210.21671320.14671226X-RAY DIFFRACTION99
4.1521-5.22910.17831360.14371215X-RAY DIFFRACTION99
5.2291-38.54960.18971380.15261213X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -61.4228 Å / Origin y: 142.1326 Å / Origin z: 10.6781 Å
111213212223313233
T0.1127 Å2-0.0365 Å20.0067 Å2-0.0844 Å20.0253 Å2--0.1034 Å2
L0.1707 °2-0.1444 °20.1614 °2-0.4423 °20.4124 °2--0.5584 °2
S0.0339 Å °-0.0157 Å °-0.0074 Å °-0.1021 Å °-0.0111 Å °-0.0578 Å °-0.1596 Å °-0.0528 Å °0.0108 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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