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Yorodumi- PDB-6tkj: Tsetse thrombin inhibitor in complex with human alpha-thrombin - ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6tkj | |||||||||
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Title | Tsetse thrombin inhibitor in complex with human alpha-thrombin - tetragonal form at 7keV | |||||||||
Components |
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Keywords | BLOOD CLOTTING / anticoagulant tyrosine sulfation posttranslational modification complex | |||||||||
Function / homology | Function and homology information positive regulation of lipid kinase activity / positive regulation of phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cytolysis by host of symbiont cells / thrombospondin receptor activity / Defective factor XII causes hereditary angioedema / thrombin / regulation of blood coagulation / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / ligand-gated ion channel signaling pathway / Defective F8 cleavage by thrombin ...positive regulation of lipid kinase activity / positive regulation of phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cytolysis by host of symbiont cells / thrombospondin receptor activity / Defective factor XII causes hereditary angioedema / thrombin / regulation of blood coagulation / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / ligand-gated ion channel signaling pathway / Defective F8 cleavage by thrombin / Platelet Aggregation (Plug Formation) / negative regulation of astrocyte differentiation / negative regulation of platelet activation / positive regulation of collagen biosynthetic process / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of blood coagulation / negative regulation of fibrinolysis / Gamma-carboxylation of protein precursors / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / fibrinolysis / regulation of cytosolic calcium ion concentration / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Peptide ligand-binding receptors / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / acute-phase response / Regulation of Complement cascade / negative regulation of proteolysis / Cell surface interactions at the vascular wall / lipopolysaccharide binding / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / growth factor activity / serine-type endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of insulin secretion / platelet activation / response to wounding / positive regulation of protein localization to nucleus / Golgi lumen / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / blood coagulation / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / heparin binding / regulation of cell shape / positive regulation of cell growth / G alpha (q) signalling events / collagen-containing extracellular matrix / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cell surface receptor signaling pathway / blood microparticle / positive regulation of protein phosphorylation / G protein-coupled receptor signaling pathway / endoplasmic reticulum lumen / serine-type endopeptidase activity / signaling receptor binding / calcium ion binding / positive regulation of cell population proliferation / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) Glossina morsitans morsitans (fry) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.81 Å | |||||||||
Authors | Calisto, B.M. / Ripoll-Rozada, J. / de Sanctis, D. / Pereira, P.J.B. | |||||||||
Funding support | Australia, Portugal, 2items
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Citation | Journal: Cell Chem Biol / Year: 2021 Title: Sulfotyrosine-Mediated Recognition of Human Thrombin by a Tsetse Fly Anticoagulant Mimics Physiological Substrates. Authors: Calisto, B.M. / Ripoll-Rozada, J. / Dowman, L.J. / Franck, C. / Agten, S.M. / Parker, B.L. / Veloso, R.C. / Vale, N. / Gomes, P. / de Sanctis, D. / Payne, R.J. / Pereira, P.J.B. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6tkj.cif.gz | 167.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6tkj.ent.gz | 110 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6tkj.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6tkj_validation.pdf.gz | 324.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6tkj_full_validation.pdf.gz | 325.9 KB | Display | |
Data in XML | 6tkj_validation.xml.gz | 12.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tk/6tkj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tk/6tkj | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6tkgC 6tkhC 6tkiC 6tklC 3u69S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Experimental dataset #1 | Data reference: 10.15785/SBGRID/740 / Data set type: diffraction image data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein/peptide | Mass: 4096.534 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Homo sapiens (human) / References: UniProt: P00734, thrombin |
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#2: Protein | Mass: 29780.219 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Homo sapiens (human) / References: UniProt: P00734, thrombin |
#3: Protein | Mass: 5962.750 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Glossina morsitans morsitans (fry) / References: UniProt: O97373 |
#4: Sugar | ChemComp-NAG / |
#5: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.06 Å3/Da / Density % sol: 59.9 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.05 M sodium cacodylate pH 6.5, 0.01 M magnesium sulfate, 2 M ammonium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-1 / Wavelength: 1.771 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Sep 2, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.771 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.81→81.3 Å / Num. obs: 10690 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 24.3 % / Biso Wilson estimate: 77.29 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 28.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.81→2.96 Å / Redundancy: 23.4 % / Rmerge(I) obs: 1.138 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique obs: 1479 / CC1/2: 0.905 / % possible all: 96.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3U69 Resolution: 2.81→49.56 Å / SU ML: 0.3056 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 26.436
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 81.42 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.81→49.56 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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