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Yorodumi- PDB-2psf: Crystal Structures of the Luciferase and Green Fluorescent Protei... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2psf | ||||||
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Title | Crystal Structures of the Luciferase and Green Fluorescent Protein from Renilla Reniformis | ||||||
Components | Renilla-luciferin 2-monooxygenase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / alpha/beta-hydrolase / luciferase | ||||||
Function / homology | Function and homology information Renilla-type luciferase / Renilla-luciferin 2-monooxygenase activity / carboxy-lyase activity / bioluminescence Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Renilla reniformis (sea pansy) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.4 Å | ||||||
Authors | Loening, A.M. / Fenn, T.D. / Gambhir, S.S. | ||||||
Citation | Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2007 Title: Crystal Structures of the Luciferase and Green Fluorescent Protein from Renilla reniformis. Authors: Loening, A.M. / Fenn, T.D. / Gambhir, S.S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2psf.cif.gz | 148.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2psf.ent.gz | 116.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2psf.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/2psf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/2psf | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 35943.059 Da / Num. of mol.: 2 Mutation: A55T, C124A, S130A, K136R, A143M, M185V, M253L, S287L Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Renilla reniformis (sea pansy) / Gene: rluc / Plasmid: pBAD / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): LMG194 / References: UniProt: P27652, Renilla-type luciferase #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.1 Å3/Da / Density % sol: 41.38 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.4 Details: 0.4M sodium acetate, 20% w/v PEG 3350, 1.8mM n-Decyl-beta-D-thiomaltoside, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.2.2 |
Detector | Date: Sep 17, 2005 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.4→50 Å / Num. obs: 111557 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
-Processing
Software | Name: REFMAC / Version: 5.2.0019 / Classification: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.4→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 1.98 / SU ML: 0.04 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.063 / ESU R Free: 0.063 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 15.561 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.4→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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