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- PDB-2rh7: Crystal Structures of the Luciferase and Green Fluorescent Protei... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rh7
タイトルCrystal Structures of the Luciferase and Green Fluorescent Protein from Renilla Reniformis
要素Green fluorescent protein
キーワードFLUORESCENT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能
Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Green fluorescent protein
類似検索 - 構成要素
生物種Renilla reniformis (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Loening, A.M. / Fenn, T.D. / Gambhir, S.S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Crystal Structures of the Luciferase and Green Fluorescent Protein from Renilla reniformis.
著者: Loening, A.M. / Fenn, T.D. / Gambhir, S.S.
履歴
登録2007年10月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2007年10月23日ID: 2PSL
改定 1.02007年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_validate_polymer_linkage / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_entry_details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Green fluorescent protein
B: Green fluorescent protein
C: Green fluorescent protein
D: Green fluorescent protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,2434
ポリマ－108,2434
非ポリマー00
水9,674537
1
A: Green fluorescent protein
B: Green fluorescent protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,1222
ポリマ－54,1222
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3900 Å2
手法PISA
2
C: Green fluorescent protein
D: Green fluorescent protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,1222
ポリマ－54,1222
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.744, 85.405, 158.425
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質
Green fluorescent protein


分子量: 27060.859 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Renilla reniformis (無脊椎動物) / 遺伝子: GFP / プラスミド: pBAD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): LMG194 / 参照: UniProt: Q963I9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 537 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2.0M ammonium sulfate, 5% v/v isopropanol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2
検出器日付: 2005年9月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 123752 / Num. obs: 123752 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHASER位相決定
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: hybrid of pdb entries 1MOV, 1MOU, 1XSS and 1GGX

1mov

1mou

1xss

1ggx


解像度: 1.5→50 Å / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.325 6229 -random
Rwork0.291 ---
obs-123752 76.8 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6854 0 0 537 7391

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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