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Yorodumi- PDB-2psj: Crystal Structures of the Luciferase and Green Fluorescent Protei... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2psj | ||||||
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Title | Crystal Structures of the Luciferase and Green Fluorescent Protein from Renilla Reniformis | ||||||
Components | Renilla-luciferin 2-monooxygenase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / alpha/beta-hydrolase / luciferase | ||||||
Function / homology | Function and homology information Renilla-type luciferase / Renilla-luciferin 2-monooxygenase activity / carboxy-lyase activity / bioluminescence Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Renilla reniformis (sea pansy) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.8 Å | ||||||
Authors | Loening, A.M. / Fenn, T.D. / Gambhir, S.S. | ||||||
Citation | Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2007 Title: Crystal Structures of the Luciferase and Green Fluorescent Protein from Renilla reniformis. Authors: Loening, A.M. / Fenn, T.D. / Gambhir, S.S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2psj.cif.gz | 144.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2psj.ent.gz | 114 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2psj.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/2psj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/2psj | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 3 - 310 / Label seq-ID: 3 - 310
|
-Components
#1: Protein | Mass: 37131.367 Da / Num. of mol.: 2 Mutation: T2A, A55T, C124A, S130A, K136R, A143M, M185V, M253L, S287L Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Renilla reniformis (sea pansy) / Gene: rluc / Plasmid: pBAD / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): LMG194 / References: UniProt: P27652, Renilla-type luciferase #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.23 Å3/Da / Density % sol: 44.91 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 0.1M HEPES, 10% v/v isopropanol with 6mg/ml coelenterazine, 15% w/v PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.2.2 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.8→50 Å / Num. obs: 55608 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
-Processing
Software | Name: REFMAC / Version: 5.2.0019 / Classification: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.8→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 5.418 / SU ML: 0.087 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.141 / ESU R Free: 0.126 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 21.443 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→50 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Number: 4303 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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