PDB-2myi: Solution Structure of Crc from P. syringae Lz4W

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2myi

タイトル

Solution Structure of Crc from P. syringae Lz4W

要素

Exodeoxyribonuclease III

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / Crc / Catabolite Repression Control Protein

機能・相同性

:

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas sp. Lz4W (バクテリア)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Deshmukh, M.V. / Sharma, R.

引用

ジャーナル: J.Magn.Reson. / 年: 2022
タイトル: Crc of Pseudomonas syringae Lz4W utilizes the dominant RNA binding site for mutually exclusive interactions with Hfq:mRNA and CrcY/Z RNA
著者: Sharma, R. / Paul, J. / Paturi, S. / Ray, M.K. / Deshmukh, M.V.

履歴

登録	2015年1月25日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年1月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.2	2023年7月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2myi.cif.gz	815.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2myi.ent.gz	687.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2myi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/2myi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/2myi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6y7b-5 2psf-2 6tkj-d 3fbw-d 6zcc-d 2zgb-d 1bn6-d 1bez-d 6s6e-2 4h7d-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 19558Backbone and stereospecific Methyl Ile(d1), Leu and Val chemical shift assignment of Crc

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Exodeoxyribonuclease III

29.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質	Exodeoxyribonuclease III 分子量: 29929.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas sp. Lz4W (バクテリア) 遺伝子: B195_00495 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: M5QNE2

-
実験

実験	手法: 溶液NMR
NMR実験	タイプ: 2D 1H-15N HSQC

-
試料調製

詳細	内容: 400 uM [U-100% 15N] Crc, 90% H2O/10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 400 uM / 構成要素: Crc-1 / Isotopic labeling: [U-100% 15N]
試料状態	イオン強度: 0.215 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
X-PLOR NIH	Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore	構造決定
X-PLOR NIH	Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

NMR constraints

NOE constraints total: 1036 / NOE intraresidue total count: 74 / NOE long range total count: 522 / NOE medium range total count: 514 / NOE sequential total count: 368 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10 / Maximum lower distance constraint violation: 0 Å / Maximum upper distance constraint violation: 0 Å

NMR ensemble rms

Distance rms dev: 0 Å / Distance rms dev error: 0 Å

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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