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- PDB-6ssi: Structure of the pentameric ligand-gated ion channel ELIC in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ssi
タイトルStructure of the pentameric ligand-gated ion channel ELIC in complex with a PAM nanobody
要素
  • Cys-loop ligand-gated ion channel
  • NANOBODY 22
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ION CHANNEL / CYS-LOOP RECEPTOR / PENTAMERIC LIGAND GATED ION CHANNEL / LGIC / ELIC / NANOBODY
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID / ACETATE ION / Cys-loop ligand-gated ion channel
類似検索 - 構成要素
生物種Dickeya chrysanthemi (バクテリア)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Ulens, C. / Brams, M. / Evans, G.L. / Spurny, R. / Govaerts, C. / Pardon, E. / Steyaert, J.
資金援助 ベルギー, 5件
組織認可番号国
Research Foundation - Flanders1200261 ベルギー
Research Foundation - FlandersG.0762.13 ベルギー
KU LeuvenOT/13/095 ベルギー
KU LeuvenC32/16/035 ベルギー
KU LeuvenC14/17/093 ベルギー
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Modulation of the Erwinia ligand-gated ion channel (ELIC) and the 5-HT 3 receptor via a common vestibule site.
著者: Brams, M. / Govaerts, C. / Kambara, K. / Price, K.L. / Spurny, R. / Gharpure, A. / Pardon, E. / Evans, G.L. / Bertrand, D. / Lummis, S.C. / Hibbs, R.E. / Steyaert, J. / Ulens, C.
履歴
登録2019年9月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.22020年9月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Database references
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.12024年1月24日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 2.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cys-loop ligand-gated ion channel
B: Cys-loop ligand-gated ion channel
C: Cys-loop ligand-gated ion channel
D: Cys-loop ligand-gated ion channel
E: Cys-loop ligand-gated ion channel
F: NANOBODY 22
G: NANOBODY 22
H: NANOBODY 22
I: NANOBODY 22
J: NANOBODY 22
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)254,53442
ポリマ－248,91210
非ポリマー5,62332
水2,612145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area42980 Å2
ΔGint-212 kcal/mol
Surface area85600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.604, 146.563, 140.242
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 111.390, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / 抗体 , 2種, 10分子 ABCDEFGHIJ

#1: タンパク質
Cys-loop ligand-gated ion channel / ELIC


分子量: 36465.578 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dickeya chrysanthemi (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0C7B7
#2: 抗体
NANOBODY 22


分子量: 13316.725 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 8種, 177分子

#3: 化合物
ChemComp-ABU / GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID / GAMMA(AMINO)-BUTYRIC ACID / GABA


分子量: 103.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H9NO2
#4: 化合物
ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 化合物
ChemComp-UMQ / UNDECYL-MALTOSIDE / UNDECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE / ウンデシルβ-マルトシド


分子量: 496.589 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H44O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#9: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H3O2
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M GABA, 0.2 M Ca(OAc)2, 0.1 M MES buffer, 10% PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.58→49.35 Å / Num. obs: 123740 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 87.61 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 13.4 / Num. measured all: 594559
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.58-2.634.61.3942695757990.4580.7191.572195.2
14.16-49.354.30.02731777440.9990.0140.0314593.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
MxCuBEデータ収集
XDSMar 15, 2019データ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2vl0, 3p0g

2vl0

3p0g


解像度: 2.59→47.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU R Cruickshank DPI: 0.327 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.306 / SU Rfree Blow DPI: 0.226 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.235
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 6188 5 %RANDOM
Rwork0.23 ---
obs0.231 123710 99.8 %-
原子変位パラメータBiso max: 167.99 Å2 / Biso mean: 77.43 Å2 / Biso min: 36.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.9344 Å20 Å22.5217 Å2
2--9.4869 Å20 Å2
3----7.5524 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.41 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.59→47.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16423 0 356 145 16924
Biso mean--101.57 61.9 -
残基数----2081
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5834SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2868HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it17176HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2288SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact19025SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d17176HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg23331HARMONIC20.94
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.77
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.26
LS精密化 シェル解像度: 2.59→2.6 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3329 124 5.01 %
Rwork0.2784 2351 -
all0.2809 2475 -
obs--94.43 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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