[日本語] English
万見
- PDB-6ssp: Structure of the pentameric ligand-gated ion channel ELIC in comp... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ssp
タイトルStructure of the pentameric ligand-gated ion channel ELIC in complex with a NAM nanobody
要素
  • Cys-loop ligand-gated ion channel
  • NANOBODY 21
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ELIC / CYS-LOOP RECEPTOR / NANOBODY / PENTAMERIC LIGAND GATED ION CHANNEL
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Cys-loop ligand-gated ion channel
類似検索 - 構成要素
生物種Dickeya chrysanthemi (バクテリア)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Ulens, C. / Brams, M. / Evans, G.L. / Spurny, R. / Govaerts, C. / Pardon, E. / Steyaert, J.
資金援助 ベルギー, 5件
組織認可番号国
Research Foundation - Flanders1200261 ベルギー
Research Foundation - FlandersG.0762.13 ベルギー
KU LeuvenOT/13/095 ベルギー
KU LeuvenC32/16/035 ベルギー
KU LeuvenC14/17/093 ベルギー
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Modulation of the Erwinia ligand-gated ion channel (ELIC) and the 5-HT 3 receptor via a common vestibule site.
著者: Brams, M. / Govaerts, C. / Kambara, K. / Price, K.L. / Spurny, R. / Gharpure, A. / Pardon, E. / Evans, G.L. / Bertrand, D. / Lummis, S.C. / Hibbs, R.E. / Steyaert, J. / Ulens, C.
履歴
登録2019年9月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.22020年9月30日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / struct_conn
Item: _citation.title / _struct_conn.pdbx_dist_value ..._citation.title / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cys-loop ligand-gated ion channel
B: Cys-loop ligand-gated ion channel
C: Cys-loop ligand-gated ion channel
D: Cys-loop ligand-gated ion channel
E: Cys-loop ligand-gated ion channel
F: Cys-loop ligand-gated ion channel
G: Cys-loop ligand-gated ion channel
H: Cys-loop ligand-gated ion channel
I: Cys-loop ligand-gated ion channel
J: Cys-loop ligand-gated ion channel
K: NANOBODY 21
L: NANOBODY 21
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)400,44430
ポリマ－395,15712
非ポリマー5,28718
水00
1
A: Cys-loop ligand-gated ion channel
B: Cys-loop ligand-gated ion channel
C: Cys-loop ligand-gated ion channel
D: Cys-loop ligand-gated ion channel
E: Cys-loop ligand-gated ion channel
K: NANOBODY 21
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)200,22215
ポリマ－197,5796
非ポリマー2,6439
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
F: Cys-loop ligand-gated ion channel
G: Cys-loop ligand-gated ion channel
H: Cys-loop ligand-gated ion channel
I: Cys-loop ligand-gated ion channel
J: Cys-loop ligand-gated ion channel
L: NANOBODY 21
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)200,22215
ポリマ－197,5796
非ポリマー2,6439
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)121.804, 122.354, 128.221
Angle α, β, γ (deg.)71.020, 64.190, 61.660
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Cys-loop ligand-gated ion channel / ELIC


分子量: 36465.578 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dickeya chrysanthemi (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0C7B7
#2: 抗体 NANOBODY 21


分子量: 15250.717 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-UMQ / UNDECYL-MALTOSIDE / UNDECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE / ウンデシルβ-マルトシド


分子量: 496.589 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H44O11 / コメント: 可溶化剤*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Na2SO4, 0.1 M bis-trispropane, 10% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年11月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.25→48.32 Å / Num. obs: 82177 / % possible obs: 89.8 % / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 105.94 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 5.6 / Num. measured all: 146197
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3.25-3.421.70.8071360080450.4830.8071.1410.760.3
10.27-48.321.90.017535728120.9910.0170.02418.597.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSMar 15, 2019データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.16-3549精密化
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2vl0, 3p0g

2vl0

3p0g


解像度: 3.25→48.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.87 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.86 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.474
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 4085 4.97 %RANDOM
Rwork0.248 ---
obs0.249 82174 89.9 %-
原子変位パラメータBiso max: 241.96 Å2 / Biso mean: 104.73 Å2 / Biso min: 46.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.3709 Å21.5816 Å23.2684 Å2
2--2.4382 Å20.8879 Å2
3----0.0673 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.56 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.25→48.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25905 0 328 0 26233
Biso mean--138.67 --
残基数----3260
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d8899SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes4482HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it26939HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion3650SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact30430SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d26939HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg36771HARMONIC20.97
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.42
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.29
LS精密化 シェル解像度: 3.25→3.29 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2537 67 4.08 %
Rwork0.2502 1577 -
all0.2503 1644 -
obs--50.46 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る