PDB-6ss4: Structure of arginase-2 in complex with the inhibitory human anti...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ss4

タイトル

Structure of arginase-2 in complex with the inhibitory human antigen-binding fragment Fab C0021181

要素

Arginase-2, mitochondrial
Fab C0021181 heavy chain (IgG1)
Fab C0021181 light chain (IgG1)

キーワード

PROTEIN BINDING / arginase-2 inhibitor / IgG / antigen-binding fragment

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of chemokine (C-C motif) ligand 4 production / negative regulation of activated CD8-positive, alpha-beta T cell apoptotic process / negative regulation of defense response to bacterium / negative regulation of macrophage inflammatory protein 1 alpha production / negative regulation of type 2 immune response / negative regulation of interleukin-13 production / negative regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / regulation of interleukin-1 beta production / Urea cycle / arginase ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Burschowsky, D. / Addyman, A. / Fiedler, S. / Groves, M. / Haynes, S. / Seewooruthun, C. / Carr, M.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Mabs
タイトル: Structural and functional characterization of C0021158, a high-affinity monoclonal antibody that inhibits Arginase 2 function via a novel non-competitive mechanism of action.
著者: Austin, M. / Burschowsky, D. / Chan, D.T.Y. / Jenkinson, L. / Haynes, S. / Diamandakis, A. / Seewooruthun, C. / Addyman, A. / Fiedler, S. / Ryman, S. / Whitehouse, J. / Slater, L.H. / ...

履歴

登録	2019年9月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年6月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年9月16日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / citation_author / struct_conn Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ss4.cif.gz	504.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ss4.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ss4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ss4_validation.pdf.gz	441.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ss4_full_validation.pdf.gz	464.8 KB	表示
XML形式データ	6ss4_validation.xml.gz	19.4 KB	表示
CIF形式データ	6ss4_validation.cif.gz	28.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ss/6ss4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ss/6ss4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6srvC 6srxC 6ss0SC 6ss2C 6tulC 4hzeS 6ss5 6ss6 C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3zni-d 4dej-d 5zqd-d 4142 4141 2hqd-1 3202 1oy8-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Arginase-2, mitochondrial

HHH: Fab C0021181 heavy chain (IgG1)

LLL: Fab C0021181 light chain (IgG1)

ヘテロ分子

85.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Arginase-2, mitochondrial

HHH: Fab C0021181 heavy chain (IgG1)

LLL: Fab C0021181 light chain (IgG1)

ヘテロ分子

AAA: Arginase-2, mitochondrial

HHH: Fab C0021181 heavy chain (IgG1)

LLL: Fab C0021181 light chain (IgG1)

ヘテロ分子

AAA: Arginase-2, mitochondrial

HHH: Fab C0021181 heavy chain (IgG1)

LLL: Fab C0021181 light chain (IgG1)

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
256 kDa, 9 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	150.380, 150.380, 110.740
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	150
Space group name H-M	P321

#1: タンパク質	Arginase-2, mitochondrial / Arginase II / Kidney-type arginase / Non-hepatic arginase / Type II arginase 分子量: 37084.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARG2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P78540, arginase
#2: 抗体	Fab C0021181 heavy chain (IgG1) 分子量: 24819.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Amino acids are numbered according to the Kabat numbering scheme. 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pEU1.3 fab / 細胞株 (発現宿主): CHO 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) Variant (発現宿主): ExpiCHO
#3: 抗体	Fab C0021181 light chain (IgG1) 分子量: 23124.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Amino acids are numbered according to the Kabat numbering scheme. Residue 10 would not be present in the Kabat scheme, but due to problems with non-continuous numbering in L-peptides, we ...詳細: Amino acids are numbered according to the Kabat numbering scheme. Residue 10 would not be present in the Kabat scheme, but due to problems with non-continuous numbering in L-peptides, we included it. Therefore, residues 2-10 should be read as 1-9, per Kabat. 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pEU1.3 fab / 細胞株 (発現宿主): CHO 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) Variant (発現宿主): ExpiCHO
#4: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.07 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 100 mM MMT pH 5.0 (malic acid, MES, tris) 20% glycerol 10% PEG4000 15 mM NaNO3 15 mM Na2HPO4 15 mM (NH4)2SO4

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

Reflection twin

タイプ	Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
pseudo-merohedral	1	1	H, K, L	1	0.5053
pseudo-merohedral	2	2	-h,-k,l	2	0.4947

反射

解像度: 2.9→44.98 Å / Num. obs: 32384 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.2 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.35 / Net I/σ(I): 11

反射シェル

解像度: 2.9→3.06 Å / 冗長度: 20.8 % / R_merge(I) obs: 5.19 / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 4672 / CC_1/2: 0.32 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4HZE,6SS0

4hze

6ss0

解像度: 2.9→44.98 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.923 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.892 / WR_factor R_free: 0.219 / WR_factor R_work: 0.176 / SU B: 25.779 / SU ML: 0.224 / Average fsc free: 0.9648 / Average fsc work: 0.981 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.137 / ESU R Free: 0.085 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3181	1602	4.947 %
R_work	0.2655	30779	-
all	0.268	-	-
obs	-	32381	99.975 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 79.623 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-14.109 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-14.109 Å²	0 Å²
3-	-	-	28.219 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→44.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5619	0	7	0	5626

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	5773
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	5246
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.012	1.639	7853
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.379	1.57	12210
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.237	5	743
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.323	22.275	255
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	22.781	15	906
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.645	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	763
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	6476
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1164
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	1310
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.225	0.2	5416
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.185	0.2	2716
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.09	0.2	2968
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.218	0.2	181
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.081	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.274	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.27	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.338	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.386	3.808	2981
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.384	3.808	2980
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.846	5.706	3721
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.845	5.707	3722
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.396	3.897	2792
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.341	3.89	2788
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.347	5.82	4132
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.267	5.811	4127
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.432	72.068	23552
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.432	72.045	23540

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.9-2.975	1.051	118	1.23	2229	X-RAY DIFFRACTION	99.7874
2.975-3.056	1.137	106	0.969	2192	X-RAY DIFFRACTION	100
3.056-3.144	0.744	92	0.796	2133	X-RAY DIFFRACTION	99.8653
3.144-3.241	0.621	109	0.527	2061	X-RAY DIFFRACTION	100
3.241-3.346	0.434	119	0.419	2021	X-RAY DIFFRACTION	100
3.346-3.463	0.434	118	0.325	1908	X-RAY DIFFRACTION	100
3.463-3.593	0.408	109	0.265	1868	X-RAY DIFFRACTION	100
3.593-3.739	0.332	78	0.224	1814	X-RAY DIFFRACTION	100
3.739-3.904	0.261	88	0.201	1730	X-RAY DIFFRACTION	100
3.904-4.093	0.248	93	0.178	1660	X-RAY DIFFRACTION	100
4.093-4.312	0.19	106	0.164	1575	X-RAY DIFFRACTION	100
4.312-4.571	0.169	77	0.151	1512	X-RAY DIFFRACTION	100
4.571-4.883	0.175	72	0.14	1409	X-RAY DIFFRACTION	100
4.883-5.269	0.207	83	0.145	1318	X-RAY DIFFRACTION	100
5.269-5.764	0.201	47	0.17	1244	X-RAY DIFFRACTION	100
5.764-6.432	0.29	44	0.17	1140	X-RAY DIFFRACTION	100
6.432-7.401	0.223	36	0.173	1002	X-RAY DIFFRACTION	100
7.401-9.004	0.254	49	0.181	848	X-RAY DIFFRACTION	100
9.004-12.486	0.219	42	0.194	681	X-RAY DIFFRACTION	100
12.486-44.98	0.291	16	0.267	434	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2375	-0.6675	-0.2464	1.9311	0.4862	1.246	0.0414	0.0098	0.0575	-0.025	-0.047	-0.178	-0.1105	-0.0092	0.0056	0.4937	-0.0262	-0.0083	0.4756	0.0274	0.0198	73.3003	-19.5498	32.48
2	0.3435	-0.1077	0.09	0.4949	-0.4411	0.5535	0.0248	-0.3241	-0.1631	0.3041	-0.0159	0.0314	0.1016	0.0788	-0.0088	1.0907	-0.0235	0.0139	0.8073	0.0957	0.0895	68.3672	-21.5597	86.9014
3	0.1432	0.1405	-0.0358	0.325	-0.1202	0.0908	0.0199	-0.2555	0.0113	0.2692	0.0113	0.0117	0.0595	-0.1461	-0.0312	1.103	-0.0768	0.0042	1.0233	-0.0151	0.3439	50.2571	-22.117	86.5367

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	0 - 999
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	HHH	0 - 999
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	LLL	0 - 999

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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