PDB-6srx: Structure of the arginase-2-inhibitory human antigen-binding frag...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6srx

タイトル

Structure of the arginase-2-inhibitory human antigen-binding fragment Fab C0021158

要素

Fab C0021158 heavy chain (IgG1)
Fab C0021158 light chain (IgG1)

キーワード

PROTEIN BINDING / arginase-2 inhibitor / IgG / antigen-binding fragment

機能・相同性

ACETATE ION

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Burschowsky, D. / Addyman, A. / Fiedler, S. / Groves, M. / Haynes, S. / Seewooruthun, C. / Carr, M.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Mabs
タイトル: Structural and functional characterization of C0021158, a high-affinity monoclonal antibody that inhibits Arginase 2 function via a novel non-competitive mechanism of action.
著者: Austin, M. / Burschowsky, D. / Chan, D.T.Y. / Jenkinson, L. / Haynes, S. / Diamandakis, A. / Seewooruthun, C. / Addyman, A. / Fiedler, S. / Ryman, S. / Whitehouse, J. / Slater, L.H. / ...

履歴

登録	2019年9月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年6月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年9月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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PDB形式	pdb6srx.ent.gz		表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6srx_validation.pdf.gz	468.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6srx_full_validation.pdf.gz	476.8 KB	表示
XML形式データ	6srx_validation.xml.gz	33.7 KB	表示
CIF形式データ	6srx_validation.cif.gz	47.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sr/6srx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sr/6srx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6srvSC 6ss0C 6ss2C 6ss4C 6tulC 6ss5 6ss6 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3i9g-d 6ev2-2 3dgg-2 3ifn-d 6me1-1 3nz8-2 2ojz-1 6ev2-1 4evn-5 6x1s-3 3kym-7 1d5i-d 1bm3-d 3kym-5 6xrj-3 6rcs-d 1rmf-d 6w7y-2 4kkl-2 5ye4-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

HHH: Fab C0021158 heavy chain (IgG1)

LLL: Fab C0021158 light chain (IgG1)

III: Fab C0021158 heavy chain (IgG1)

MMM: Fab C0021158 light chain (IgG1)

ヘテロ分子

95.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

HHH: Fab C0021158 heavy chain (IgG1)

LLL: Fab C0021158 light chain (IgG1)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

III: Fab C0021158 heavy chain (IgG1)

MMM: Fab C0021158 light chain (IgG1)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.732, 122.670, 63.985
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 114.891, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	Chains H I
2	2	Chains L M

/ NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: 抗体	Fab C0021158 heavy chain (IgG1) 分子量: 24647.797 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Amino acids are numbered according to the Kabat numbering scheme. 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pEU1.3 fab / 細胞株 (発現宿主): CHO 発現宿主: Cricetulus griseus gen. sp. (モンゴルキヌゲネズミ) 株 (発現宿主): ExpiCHO
#2: 抗体	Fab C0021158 light chain (IgG1) 分子量: 23137.520 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Amino acids are numbered according to the Kabat numbering scheme. Residue 10 would not be present in the Kabat scheme, but due to problems with non-continuous numbering in L-peptides, we ...詳細: Amino acids are numbered according to the Kabat numbering scheme. Residue 10 would not be present in the Kabat scheme, but due to problems with non-continuous numbering in L-peptides, we included it. Therefore, residues 2-10 should be read as 1-9, per Kabat. 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pEU1.3 fab / 細胞株 (発現宿主): CHO 発現宿主: Cricetulus griseus gen. sp. (モンゴルキヌゲネズミ) 株 (発現宿主): ExpiCHO
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 282 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.49 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 100 mM NaAcO pH 5.0 20% PEG6000 200 mM LiCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97242 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97242 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→48.96 Å / Num. obs: 67778 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.4 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 6.4
反射シェル	解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 1.45 / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 4374 / CC_1/2: 0.53 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6SRV

6srv

解像度: 1.9→48.955 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / SU B: 13.373 / SU ML: 0.179 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.193 / ESU R Free: 0.164 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2609	3129	4.619 %
R_work	0.2337	-	-
all	0.235	-	-
obs	-	67745	98.195 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.864 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.237 Å²	0 Å²	1.324 Å²
2-	-	-0.705 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.231 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→48.955 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6449	0	18	282	6749

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	6685
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	6028
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.341	1.644	9133
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.176	1.568	14077
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.643	5	877
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.935	22.692	260
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.22	15	1028
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.591	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.047	0.2	890
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	7531
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1323
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.176	0.2	895
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.171	0.2	5401
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.152	0.2	3141
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.071	0.2	3176
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.146	0.2	290
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.179	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.104	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.151	0.2	66
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.26	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.147	3.201	3503
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.143	3.197	3498
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.008	4.787	4379
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.009	4.788	4380
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.943	3.243	3182
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.943	3.244	3183
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.629	4.818	4754
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.629	4.819	4755
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.974	36.507	6817
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.973	36.516	6818
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.07	0.05	6619
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.082	0.05	6177

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.9-1.949	0.354	269	0.351	4766	0.352	5113	0.486	0.485	98.4745	0.359
1.949-2.003	0.342	220	0.328	4628	0.329	4921	0.664	0.687	98.5166	0.333
2.003-2.061	0.385	197	0.321	4568	0.324	4835	0.695	0.731	98.5522	0.324
2.061-2.124	0.314	178	0.307	4384	0.307	4641	0.758	0.777	98.2978	0.307
2.124-2.193	0.355	196	0.315	4228	0.317	4562	0.754	0.788	96.975	0.312
2.193-2.27	0.368	215	0.313	4115	0.316	4389	0.755	0.787	98.6557	0.306
2.27-2.356	0.352	201	0.318	3942	0.32	4209	0.772	0.801	98.4319	0.307
2.356-2.452	0.392	189	0.298	3833	0.302	4082	0.794	0.827	98.5301	0.285
2.452-2.56	0.308	155	0.29	3681	0.291	3919	0.835	0.861	97.8821	0.274
2.56-2.685	0.317	170	0.268	3418	0.271	3732	0.83	0.869	96.1415	0.252
2.685-2.83	0.288	136	0.24	3396	0.242	3560	0.892	0.901	99.2135	0.227
2.83-3.001	0.274	149	0.241	3220	0.242	3393	0.891	0.907	99.2927	0.233
3.001-3.207	0.279	155	0.246	2966	0.248	3160	0.905	0.907	98.7658	0.239
3.207-3.463	0.222	98	0.236	2759	0.236	2958	0.946	0.935	96.5855	0.23
3.463-3.791	0.246	139	0.211	2547	0.213	2717	0.943	0.951	98.859	0.205
3.791-4.236	0.177	107	0.163	2341	0.164	2476	0.958	0.967	98.8691	0.16
4.236-4.885	0.191	110	0.138	2037	0.141	2183	0.971	0.977	98.3509	0.137
4.885-5.968	0.181	111	0.168	1673	0.168	1831	0.967	0.973	97.4331	0.165
5.968-8.378	0.206	115	0.188	1324	0.19	1452	0.958	0.96	99.1047	0.185
8.378-48.955	0.246	19	0.191	789	0.193	833	0.941	0.959	96.9988	0.194

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7171	-0.9897	-0.0855	1.8409	0.0884	0.2676	0.0338	0.0992	-0.0204	-0.0668	-0.0389	-0.0676	0.043	0.0288	0.0051	0.0817	-0.0027	0.0622	0.0482	-0.0306	0.0705	20.9358	-13.6668	-9.7537
2	1.2629	-1.8033	0.1286	2.5914	-0.1765	0.23	0.1363	0.0906	-0.2545	-0.1869	-0.128	0.3455	0.1003	-0.026	-0.0083	0.1183	-0.0261	0.0643	0.0799	-0.0428	0.1791	8.6294	-26.4079	-13.3804
3	0.3796	-0.6138	0.2422	2.1522	-0.9208	0.6185	0.0071	0.0788	0.0451	-0.0829	-0.082	-0.0843	0.0017	0.0819	0.0749	0.0805	-0.0279	0.0603	0.0349	0.0016	0.0735	-6.0088	37.745	-22.8106
4	0.5431	-0.7661	0.3196	1.7549	-0.8564	0.4401	-0.0618	0.0057	0.2266	0.271	-0.1686	-0.5225	-0.1613	0.1167	0.2304	0.1671	-0.053	-0.0086	0.1061	0.0085	0.2384	5.0831	50.257	-15.7058

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	HHH	1 - 214
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	LLL	3 - 211
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	III	1 - 214
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	MMM	1 - 210

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)