PDB-6skr: OXA-10_ETP. Structural insight to the enhanced carbapenem efficie...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6skr

タイトル

OXA-10_ETP. Structural insight to the enhanced carbapenem efficiency of OXA-655 compared to OXA-10.

要素

Beta-lactamase

キーワード

ANTIBIOTIC / Class D beta-lactamase / crystal structures / Carbapenemases / Antibiotic resistance.

機能・相同性

機能・相同性情報

penicillin binding / antibiotic catabolic process / cell wall organization / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Leiros, H.-K.S.

引用

ジャーナル: Febs Open Bio / 年: 2020
タイトル: Structural insights into the enhanced carbapenemase efficiency of OXA-655 compared to OXA-10.
著者: Leiros, H.S. / Thomassen, A.M. / Samuelsen, O. / Flach, C.F. / Kotsakis, S.D. / Larsson, D.G.J.

履歴

登録	2019年8月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年9月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月29日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
改定 1.2	2020年9月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6skr.cif.gz	375.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6skr.ent.gz	256.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6skr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6skr_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6skr_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	6skr_validation.xml.gz	27.7 KB	表示
CIF形式データ	6skr_validation.cif.gz	39.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sk/6skr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sk/6skr	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6skpC 6skqC 4s2oS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1e4d-1 1k57-2 1k55-2 4wz5-1 1k56-2 1k54-2 5moz-d 2hpb-d 5fq9-d 3nav-d 1e3u-1 1k4e-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Beta-lactamase

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

60.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.388, 94.776, 125.588
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Beta-lactamase 分子量: 29581.719 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 遺伝子: blaoxa-10, blaOXA-10, oxa-10, BK373_28375, CQP61_30695, E4Z89_25540, FORC82_p097 発現宿主: Escherichia coli #1/H766 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7BNC2, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-1RG / (4R,5S)-3-({(3S,5S)-5-[(3-carboxyphenyl)carbamoyl]pyrrolidin-3-yl}sulfanyl)-5-[(1S,2R)-1-formyl-2-hydroxypropyl]-4-methyl-4,5-dihydro-1H-pyrrole-2-carboxylic acid / ERTAPENEM, bound form PRE-ISOMERIZED 分子量: 477.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₇N₃O₇S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 444 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 11.8 mg/ml 20-23% PEG 3350 0.2 M magnesium formate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→25 Å / Num. obs: 50164 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.4 % / B_iso Wilson estimate: 23.02 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_rim(I) all: 0.168 / Net I/σ(I): 8.5
反射シェル	解像度: 1.85→1.89 Å / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 3035 / CC_1/2: 0.42 / R_rim(I) all: 1.705 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
PHENIX	1.14_3260	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4s2o

4s2o

解像度: 1.85→24.28 Å / SU ML: 0.2206 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.6186

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2267	2482	4.96 %
R_work	0.1786	-	-
obs	0.181	50074	99.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→24.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3876	0	74	444	4394

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0115	4120
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.3396	5578
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0612	609
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0083	712
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.9128	3348

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.89	0.3529	145	0.3122	2556	X-RAY DIFFRACTION	99.56
1.89-1.92	0.3086	143	0.2919	2619	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.92-1.97	0.2763	146	0.2639	2592	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.97-2.01	0.2897	118	0.2341	2643	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.01-2.06	0.2518	127	0.2178	2602	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.06-2.12	0.2141	153	0.2089	2609	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.12-2.18	0.2421	132	0.1994	2613	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.25	0.2538	134	0.1865	2627	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.25-2.33	0.2418	135	0.1904	2621	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.33-2.42	0.2527	142	0.1814	2652	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.42-2.53	0.2415	121	0.1806	2631	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.53-2.67	0.2034	139	0.1726	2627	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.67-2.83	0.2663	134	0.1731	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
2.83-3.05	0.2134	128	0.1691	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
3.05-3.36	0.2272	125	0.1678	2674	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.36-3.84	0.1973	142	0.1517	2689	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.84-4.84	0.1789	140	0.1336	2727	X-RAY DIFFRACTION	99.86
4.84-24.28	0.2191	178	0.1766	2786	X-RAY DIFFRACTION	99.3

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.3344378076	-3.41844505436	1.22881942065	2.7344412217	-0.855298768021	3.41856076571	-0.0347056523443	0.469446463072	0.811190365215	0.0163780559788	-0.22530601565	-0.539659334618	-0.487475065097	0.537025374252	0.237296049747	0.351399231235	-0.119234742121	0.0195656551022	0.322662131649	0.095310783338	0.273291470995	23.4004216557	3.42509236057	-17.600250626
2	1.3787987115	1.21831176689	-1.90424186038	2.52362970301	-1.64702486422	5.0026495359	-0.0414307193085	0.0915380594715	0.0587924871324	-0.133004471979	0.0737506200642	0.0648060717531	-0.2837118797	-0.23605286254	0.000955076618884	0.0929671933917	0.00128417511708	-0.0341113983617	0.129225237734	-0.000183768992091	0.129625351625	14.3168756136	-5.55311265825	-8.86406941175
3	7.52003205819	-3.38481331117	0.5802157925	1.71015526709	0.5031680937	3.07713277484	-0.447739133787	-0.823834256136	0.0163925757904	0.252701687735	0.342307247164	0.0206637500267	0.18712242915	-0.140119120558	0.111302454833	0.167932916601	0.025635740111	0.0603274303872	0.192813776531	0.00125922680014	0.20391287494	14.3064778617	-18.3644576533	14.2967153892
4	1.40475453633	-2.528068373	-0.957774357888	6.07140426579	-0.424375657121	3.91872220718	-0.0937048685126	-0.128655534543	0.179350146563	0.203371912694	0.217879362241	-0.522216748388	-0.160564353592	0.544033496975	-0.0929841044907	0.0914016193002	-0.0122292808453	-0.00660852047281	0.222323555451	-0.0482173045343	0.164899989017	21.3805603439	-13.5429447104	11.4430721825
5	0.474872317806	0.183203858822	-0.22442488047	1.94816449022	-0.167831907647	2.28277716263	-0.0395845630164	-0.0120161282971	0.032881541006	-0.0126076197768	0.0767261189184	0.169029416371	-0.11841685552	-0.216588216652	-0.0233230672769	0.051286145021	0.013322629265	-0.00752169756464	0.160662384157	-0.0037054291037	0.135685092729	8.44578056243	-12.3021515821	-0.79831457999
6	3.84922416907	-0.314431855219	-0.585584720941	1.27985636166	1.31293104695	4.21333791186	0.181959939902	-0.167670746456	0.318160249317	-0.197666678831	-0.190648089714	-0.0909555084201	-0.77870954537	-0.0143921864309	0.0170015701748	0.233887337441	-0.0561048256039	0.00252993964124	0.17691669912	-0.00678537845996	0.183060786268	18.8186108154	1.26220798815	2.57065004846
7	4.05939754636	-2.58214038539	-0.775328637498	5.72334262764	1.19831356932	4.55161918848	0.148229020901	0.218936263761	-0.0908576949061	-0.164363154869	-0.0638438217573	-0.168816977822	-0.0108313453414	0.370327034019	-0.089297437752	0.108823435776	-0.0300754848121	-0.0263330692825	0.178503501426	0.00937970291861	0.115036650532	23.2912383844	-10.0751997345	-8.69415808269
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 20 through 35 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 36 through 79 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 80 through 99 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 100 through 116 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 117 through 197 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 198 through 208 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 209 through 228 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 229 through 243 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 244 through 265 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 20 through 35 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 36 through 79 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 80 through 99 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 100 through 127 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 128 through 208 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 209 through 228 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 229 through 243 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 244 through 265 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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