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- PDB-6skp: OXA-10_IPM. Structural insight to the enhanced carbapenem efficie... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6skp | ||||||
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Title | OXA-10_IPM. Structural insight to the enhanced carbapenem efficiency of OXA-655 compared to OXA-10. | ||||||
![]() | Beta-lactamase | ||||||
![]() | ANTIBIOTIC / Class D beta-lactamase / crystal structures / Carbapenemases / Antibiotic resistance | ||||||
Function / homology | ![]() penicillin binding / antibiotic catabolic process / cell wall organization / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Leiros, H.-K.S. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural insights into the enhanced carbapenemase efficiency of OXA-655 compared to OXA-10. Authors: Leiros, H.S. / Thomassen, A.M. / Samuelsen, O. / Flach, C.F. / Kotsakis, S.D. / Larsson, D.G.J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 254.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.1 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 25.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 36.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6skqC ![]() 6skrC ![]() 4s2oS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 29581.719 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Lysie 70 is carboxulated / Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: blaoxa-10, blaOXA-10, oxa-10, BK373_28375, CQP61_30695, E4Z89_25540, FORC82_p097 Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-NA / | #4: Chemical | ChemComp-PGE / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.61 Å3/Da / Density % sol: 52.82 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 11.8 mg/ml 20-23% PEG 3350 0.2 M magnesium formate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 13, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9184 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.891→45.19 Å / Num. obs: 580336 / % possible obs: 99.03 % / Redundancy: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 28.58 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.1675 / Net I/σ(I): 12.33 |
Reflection shell | Resolution: 1.891→1.96 Å / Rmerge(I) obs: 1.731 / Mean I/σ(I) obs: 1.14 / Num. unique obs: 51160 / CC1/2: 0.553 / % possible all: 92.44 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4s2o Resolution: 1.891→45 Å / SU ML: 0.2452 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 24.7377
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 37.36 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.891→45 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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