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- PDB-6sf6: Crystal structure of the mAb 15A in complex with COMP-epitope P6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sf6
タイトルCrystal structure of the mAb 15A in complex with COMP-epitope P6
要素
  • (COMP-reactive monoclonal antibody 15A Fab fragment, ...) x 2
  • P6 epitope of cartilage oligomeric matrix protein (COMP)
キーワードIMMUNE SYSTEM / cartilage oligomeric matrix protein / autoantibody / arthrogenicity / ACPA
機能・相同性
機能・相同性情報


cartilage homeostasis / Integrin cell surface interactions / tendon development / negative regulation of hemostasis / ECM proteoglycans / musculoskeletal movement / vascular associated smooth muscle contraction / vascular associated smooth muscle cell development / bone growth / chondrocyte development ...cartilage homeostasis / Integrin cell surface interactions / tendon development / negative regulation of hemostasis / ECM proteoglycans / musculoskeletal movement / vascular associated smooth muscle contraction / vascular associated smooth muscle cell development / bone growth / chondrocyte development / BMP binding / chondrocyte proliferation / endochondral bone growth / growth plate cartilage development / vitamin D binding / positive regulation of chondrocyte proliferation / muscle cell development / regulation of bone mineralization / heparan sulfate proteoglycan binding / collagen fibril organization / bone morphogenesis / cartilage development / limb development / proteoglycan binding / neuromuscular process / artery morphogenesis / skin development / extracellular matrix structural constituent / bone mineralization / fibronectin binding / response to unfolded protein / protein secretion / BMP signaling pathway / collagen binding / ossification / skeletal system development / protein homooligomerization / multicellular organism growth / protein processing / platelet aggregation / cellular senescence / blood coagulation / integrin binding / heparin binding / regulation of gene expression / collagen-containing extracellular matrix / protease binding / apoptotic process / calcium ion binding / negative regulation of apoptotic process / protein-containing complex / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Thrombospondin/cartilage oligomeric matrix protein, coiled-coil domain / Thrombospondin-5, coiled coil region / Cartilage oligomeric matrix protein / Thrombospondin, C-terminal / Thrombospondin, type 3 repeat / Thrombospondin C-terminal region / Thrombospondin type-3 (TSP3) repeat profile. / Thrombospondin C-terminal domain profile. / Thrombospondin, type 3-like repeat ...: / Thrombospondin/cartilage oligomeric matrix protein, coiled-coil domain / Thrombospondin-5, coiled coil region / Cartilage oligomeric matrix protein / Thrombospondin, C-terminal / Thrombospondin, type 3 repeat / Thrombospondin C-terminal region / Thrombospondin type-3 (TSP3) repeat profile. / Thrombospondin C-terminal domain profile. / Thrombospondin, type 3-like repeat / Thrombospondin type 3 repeat / TSP type-3 repeat / : / Calcium-binding EGF domain / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cartilage oligomeric matrix protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Dobritzsch, D. / Ge, C. / Holmdahl, R.
資金援助 スウェーデン, 2件
組織認可番号国
Knut and Alice Wallenberg FoundationKAW 2010.0148 スウェーデン
Swedish Research CouncilK2011-52X-07931-25-5, K2009-75SX-21029-01-3, K2012-75SX-22072-01-3, 2015-02662 スウェーデン
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Antibodies to cartilage oligomeric matrix protein in vivo are pathogenic and clinically relevant in rheumatoid arthritis
著者: Ge, C. / Tong, D. / Loennblom, E. / Bibo, L. / Hagert, C. / Kastbom, A. / Gjertsson, I. / Dobritzsch, D. / Holmdahl, R.
履歴
登録2019年8月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: COMP-reactive monoclonal antibody 15A Fab fragment, heavy chain
L: COMP-reactive monoclonal antibody 15A Fab fragment, light chain
A: COMP-reactive monoclonal antibody 15A Fab fragment, heavy chain
B: COMP-reactive monoclonal antibody 15A Fab fragment, light chain
C: P6 epitope of cartilage oligomeric matrix protein (COMP)
D: P6 epitope of cartilage oligomeric matrix protein (COMP)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,23814
ポリマ－103,4936
非ポリマー7458
水10,881604
1
H: COMP-reactive monoclonal antibody 15A Fab fragment, heavy chain
L: COMP-reactive monoclonal antibody 15A Fab fragment, light chain
C: P6 epitope of cartilage oligomeric matrix protein (COMP)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,3079
ポリマ－51,7473
非ポリマー5616
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5690 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area19580 Å2
手法PISA
2
A: COMP-reactive monoclonal antibody 15A Fab fragment, heavy chain
B: COMP-reactive monoclonal antibody 15A Fab fragment, light chain
D: P6 epitope of cartilage oligomeric matrix protein (COMP)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9315
ポリマ－51,7473
非ポリマー1842
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5150 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area19720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.174, 84.421, 151.885
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 CD

#3: タンパク質・ペプチド P6 epitope of cartilage oligomeric matrix protein (COMP)


分子量: 2120.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: COMP protein P6 epitope / 由来: (合成) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P35444*PLUS

-
抗体 , 2種, 4分子 HALB

#1: 抗体 COMP-reactive monoclonal antibody 15A Fab fragment, heavy chain


分子量: 25390.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): B cell hybridomas / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 COMP-reactive monoclonal antibody 15A Fab fragment, light chain


分子量: 24235.908 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): B cell hybridomas / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)

-
非ポリマー , 3種, 612分子

#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 604 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 30% polyethylene glycol 8000, 0.2 M ammonium sulphate 10 mg/ml 15A Fab fragment + P6 peptide (molar ratio 1:1.2) in 20 mM Tris HCl pH 7.4, 50 mM NaCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→84.42 Å / Num. obs: 80712 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.9 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 12.6 / Num. measured all: 318137 / Scaling rejects: 125
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.539 / Num. unique obs: 4597 / CC1/2: 0.731 / Rpim(I) all: 0.292 / Rrim(I) all: 0.617 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.2.17データスケーリング
REFMAC5.8.0069精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1IQW, 2IPT

1iqw

2ipt


解像度: 1.9→84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 6.777 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.137 / ESU R Free: 0.124
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2031 3924 4.9 %RANDOM
Rwork0.1738 ---
obs0.1752 76757 98.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 115.56 Å2 / Biso mean: 37.924 Å2 / Biso min: 13.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.32 Å2-0 Å2-0 Å2
2---1.44 Å20 Å2
3---1.76 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6892 0 46 608 7546
Biso mean--53.68 40.86 -
残基数----888
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.027206
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.026517
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3011.9499847
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.95315111
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2035918
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.82724.324296
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.809151129
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0921526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.21105
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0218159
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021647
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.261 326 -
Rwork0.255 5623 -
all-5949 -
obs--99.12 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.53720.29790.72956.64791.36971.54150.03720.03250.0087-0.4418-0.03180.09730.0264-0.0538-0.00540.05190.00510.01780.030.02880.0685126.8531-24.575660.3259
20.86860.6020.76022.31971.24662.01710.07810.02750.0476-0.1192-0.1022-0.11390.0573-0.03660.02410.02560.01310.02010.01050.01290.0192125.3653-26.123262.3935
36.655-1.61481.72771.19460.521.63970.11720.54430.1509-0.2437-0.22430.0857-0.1236-0.02650.10710.28540.0368-0.05380.14860.06470.114109.0813-31.797441.8165
44.10630.07960.5541.3132-0.24210.7225-0.0281-0.06710.01920.02980.03220.0906-0.1123-0.1156-0.00410.03670.01370.01630.0199-0.00390.0208109.4409-16.111271.9789
50.7173-1.446-0.4375.74333.89964.54080.0703-0.0074-0.31370.1005-0.2060.54670.5814-0.19280.13570.21710.0166-0.08230.203-0.05140.239196.0803-39.327847.4041
60.916-1.4377-0.7646.54154.38034.06080.12250.09-0.2747-0.138-0.37130.57280.3146-0.52670.24880.28440.0085-0.08410.2333-0.04660.281894.5632-40.848944.7707
71.41270.54980.31474.86021.00991.0972-0.0127-0.0117-0.0625-0.1332-0.0327-0.03440.0960.00650.04550.02280.00670.0130.01050.01050.0151125.354117.174663.4704
84.2746-1.53831.15613.4858-0.22752.7910.06730.1334-0.124-0.3943-0.07020.35150.0819-0.35070.00290.25960.0043-0.04290.1516-0.04610.0518106.058710.670540.9821
94.57110.8449-0.48861.6667-0.30230.83270.0089-0.11420.29930.02890.03960.267-0.1443-0.1448-0.04850.05410.01820.01660.04050.00060.086107.191227.260272.4627
101.3670.1820.45111.42170.63393.1293-0.00350.1612-0.0311-0.3395-0.03720.36580.1202-0.64910.04070.1257-0.0356-0.06990.2010.02910.1483100.442114.855.7801
112.1045-1.4993-0.67526.13994.52035.9621-0.00690.0471-0.8271-0.0612-0.30640.74430.7827-1.09360.31330.4385-0.2084-0.08310.57660.02370.521590.791.907145.7469
126.92961.05910.69163.3109-0.9153.8865-0.1043-0.18690.17740.0431-0.0086-0.23-0.20060.09350.11290.10480.0118-0.00460.1202-0.01020.1279133.170529.467475.9101
1310.6417-0.70010.88315.85730.16069.0276-0.1389-0.27610.34950.2398-0.0112-0.3945-0.62940.49830.15010.0783-0.0112-0.01940.06040.00560.1406135.5627-12.062276.5247
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 43
2X-RAY DIFFRACTION2A44 - 145
3X-RAY DIFFRACTION3A146 - 222
4X-RAY DIFFRACTION4B1 - 109
5X-RAY DIFFRACTION5B110 - 167
6X-RAY DIFFRACTION6B168 - 218
7X-RAY DIFFRACTION7H1 - 124
8X-RAY DIFFRACTION8H125 - 222
9X-RAY DIFFRACTION9L1 - 81
10X-RAY DIFFRACTION10L82 - 144
11X-RAY DIFFRACTION11L145 - 216
12X-RAY DIFFRACTION12C242 - 252
13X-RAY DIFFRACTION13D242 - 252

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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