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- PDB-6s3h: Crystal structure of helicase Pif1 from Thermus oshimai in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6s3h
タイトルCrystal structure of helicase Pif1 from Thermus oshimai in complex with ADP-AlF4 and (dT)7ds11bp
要素
  • DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
  • PIF1 helicase
キーワードHYDROLASE / DNA helicase
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA helicase activity / telomere maintenance / DNA repair / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / DNA helicase Pif1-like / PIF1-like helicase / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / TETRAFLUOROALUMINATE ION / DNA / PIF1 helicase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus oshimai JL-2 (バクテリア)
Thermus oshimai (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.06 Å
データ登録者Dai, Y.X. / Chen, W.F. / Teng, F.Y. / Liu, N.N. / Hou, X.M. / Dou, S.X. / Rety, S. / Xi, X.G.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31370798,11304252,11574252,31301632 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: Structural and functional studies of SF1B Pif1 from Thermus oshimai reveal dimerization-induced helicase inhibition.
著者: Dai, Y.X. / Chen, W.F. / Liu, N.N. / Teng, F.Y. / Guo, H.L. / Hou, X.M. / Dou, S.X. / Rety, S. / Xi, X.G.
履歴
登録2019年6月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年4月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PIF1 helicase
B: PIF1 helicase
D: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
E: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,15910
ポリマ－105,0504
非ポリマー1,1096
水8,935496
1
A: PIF1 helicase
D: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,0805
ポリマ－52,5252
非ポリマー5543
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3170 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area19090 Å2
手法PISA
2
B: PIF1 helicase
E: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,0805
ポリマ－52,5252
非ポリマー5543
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2700 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area19780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.682, 200.130, 53.955
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.44, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 4分子 ABDE

#1: タンパク質 PIF1 helicase


分子量: 50440.816 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus oshimai JL-2 (バクテリア)
遺伝子: Theos_1468 / プラスミド: plasmid / 詳細 (発現宿主): pET15b-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Variant (発現宿主): C2566H / 参照: UniProt: K7RJ88
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')


分子量: 2084.392 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Thermus oshimai (バクテリア)

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非ポリマー , 4種, 502分子

#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-ALF / TETRAFLUOROALUMINATE ION / テトラフルオロアルミナ-ト


分子量: 102.975 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: AlF4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 496 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.1 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Sodium Hepes-MOPS 0.1M CaCl2 0.03M MgCl2 0.03M PEG 8000 10% Ethylene glycol 20%

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9779 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9779 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.057→53.86 Å / Num. obs: 66828 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 36.91 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.0682 / Rpim(I) all: 0.0338 / Rrim(I) all: 0.08108 / Net I/σ(I): 10.71
反射 シェル解像度: 2.057→2.131 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.3774 / Mean I/σ(I) obs: 2.01 / Num. unique obs: 5458 / CC1/2: 0.848 / Rpim(I) all: 0.2785 / Rrim(I) all: 0.4722 / % possible all: 79.35

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5FTD

5ftd


解像度: 2.06→29.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU R Cruickshank DPI: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.19 / SU Rfree Blow DPI: 0.157 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.158
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.227 1995 2.99 %RANDOM
Rwork0.201 ---
obs0.201 66813 97 %-
原子変位パラメータBiso mean: 56.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.2829 Å20 Å2-2.4749 Å2
2---2.7674 Å20 Å2
3----4.5155 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.06→29.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6768 220 66 496 7550
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.017230HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.069860HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2519SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1209HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7230HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd3SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.22
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.51
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion893SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8539SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.06→2.08 Å / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2361 -2.84 %
Rwork0.229 1299 -
all0.2292 1337 -
obs--75.11 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4436-0.1106-0.36730.4213-0.25521.5288-0.0378-0.0583-0.1110.0674-0.02050.02940.170.06740.0584-0.1187-0.03210.0105-0.11720.0014-0.165814.0185-36.118173.1031
20.0418-0.93560.70084.28151.06231.0474-0.1386-0.24870.2088-0.07740.05830.0625-0.171-0.09030.0802-0.32410.078-0.086-0.1479-0.19520.10665.4847-89.050654.0412
31.87093.0497-0.42542.4422-2.146-0.05790.00480.0671-0.44780.05090.092-0.07260.5576-0.0113-0.0968-0.01050.0126-0.0151-0.02270.0786-0.028818.198-46.298175.3755
4-0.3646-3.0993.02160.75252.8750.36460.0084-0.0779-0.03640.07280.0120.0325-0.0709-0.0109-0.0205-0.0761-0.0716-0.0683-0.2955-0.16770.2110.6168-81.981760.2766
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ D|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ E|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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