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Yorodumi- PDB-5ewq: The crystal structure of an amidase family protein from Bacillus ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5ewq | ||||||
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Title | The crystal structure of an amidase family protein from Bacillus anthracis str. Ames | ||||||
Components | Amidase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / structural genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
Function / homology | Function and homology information Amidase signature (AS) enzymes / Amidase signature (AS) domain / Amidase signature domain / Amidase signature (AS) superfamily / Amidase / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta Similarity search - Domain/homology | ||||||
Biological species | Bacillus anthracis (anthrax bacterium) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 2.57 Å | ||||||
Authors | Tan, K. / Zhou, M. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: The crystal structure of an amidase family protein from Bacillus anthracis str. Ames Authors: Tan, K. / Zhou, M. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5ewq.cif.gz | 581.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5ewq.ent.gz | 496.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5ewq.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5ewq_validation.pdf.gz | 459.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5ewq_full_validation.pdf.gz | 473.2 KB | Display | |
Data in XML | 5ewq_validation.xml.gz | 51.4 KB | Display | |
Data in CIF | 5ewq_validation.cif.gz | 69.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/5ewq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/5ewq | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 57561.289 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus anthracis (anthrax bacterium) / Strain: Ames Gene: gatA, GBAA_1921, AB163_14105, AB164_01390, AB165_02780, AB166_15195, AB167_02705, AB168_09340, AB169_26530, AB170_25470, AB171_03690, ADT20_23120, ADT21_23730, BASH2_03935 Plasmid: pMCSG7 / Cell line (production host): BL21(DE3)magic / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q81RW6, UniProt: A0A6L8P6E2*PLUS, amidase #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.92 Å3/Da / Density % sol: 57.84 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 24% (w/v) PEG1500, 20% (v/v) glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97937, 0.97951 | |||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jul 12, 2012 | |||||||||
Radiation | Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 2.57→30.5 Å / Num. obs: 59854 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 39.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.015 / Net I/σ(I): 27.3 | |||||||||
Reflection shell | Resolution: 2.57→2.61 Å / Redundancy: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.729 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 97.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 2.57→30.347 Å / SU ML: 0.35 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / Phase error: 29.36 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.57→30.347 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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