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- PDB-6s3n: Crystal structure of helicase Pif1 from Thermus oshimai in comple... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6s3n | ||||||
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Title | Crystal structure of helicase Pif1 from Thermus oshimai in complex with ssDNA (dT)18 and ADP-VO4 | ||||||
![]() |
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![]() | HYDROLASE / DNA helicase | ||||||
Function / homology | ![]() DNA helicase activity / telomere maintenance / DNA repair / nucleotide binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Dai, Y.X. / Chen, W.F. / Teng, F.Y. / Liu, N.N. / Hou, X.M. / Dou, S.X. / Rety, S. / Xi, X.G. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural and functional studies of SF1B Pif1 from Thermus oshimai reveal dimerization-induced helicase inhibition. Authors: Dai, Y.X. / Chen, W.F. / Liu, N.N. / Teng, F.Y. / Guo, H.L. / Hou, X.M. / Dou, S.X. / Rety, S. / Xi, X.G. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 378.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 308.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 2.5 MB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 2.5 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 32 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 43.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6s3eC ![]() 6s3hC ![]() 6s3iC ![]() 6s3mC ![]() 6s3oC ![]() 6s3pC ![]() 6xztC ![]() 7adaC ![]() 7bilC ![]() 5ftdS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 50440.816 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*T)- ... , 2 types, 2 molecules CD
#2: DNA chain | Mass: 5430.513 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() ![]() |
---|---|
#3: DNA chain | Mass: 5455.526 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() ![]() |
-Non-polymers , 4 types, 41 molecules ![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/VO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/VO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.32 Å3/Da / Density % sol: 47 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: Osdium Hepes-MOPS 0.1M NaF 0.03M NaI 0.03M NaBr 0.03M PEG 4K 20% Glycerol 20% |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 8, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9789 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.533→44.05 Å / Num. obs: 36510 / % possible obs: 95.51 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 55.47 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.1217 / Rpim(I) all: 0.0493 / Rrim(I) all: 0.1315 / Net I/σ(I): 10.44 |
Reflection shell | Resolution: 2.533→2.624 Å / Redundancy: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.7295 / Mean I/σ(I) obs: 2.26 / Num. unique obs: 3756 / CC1/2: 0.929 / Rpim(I) all: 0.2652 / Rrim(I) all: 0.7838 / Χ2: 0.929 / % possible all: 99.71 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5FTD Resolution: 2.533→44.047 Å / SU ML: 0.33 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 30.86
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.533→44.047 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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