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- PDB-6s3e: Crystal structure of helicase Pif1 from Thermus oshimai in apo form -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6s3e | ||||||
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Title | Crystal structure of helicase Pif1 from Thermus oshimai in apo form | ||||||
![]() | PIF1 helicase | ||||||
![]() | HYDROLASE / DNA helicase | ||||||
Function / homology | DNA helicase Pif1-like / PIF1-like helicase / DNA helicase activity / telomere maintenance / DNA repair / nucleotide binding / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / metal ion binding / PIF1 helicase![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Dai, Y.X. / Chen, W.F. / Teng, F.Y. / Liu, N.N. / Hou, X.M. / Dou, S.X. / Rety, S. / Xi, X.G. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural and functional studies of SF1B Pif1 from Thermus oshimai reveal dimerization-induced helicase inhibition. Authors: Dai, Y.X. / Chen, W.F. / Liu, N.N. / Teng, F.Y. / Guo, H.L. / Hou, X.M. / Dou, S.X. / Rety, S. / Xi, X.G. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 371.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 309.8 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 443.2 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 464.7 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 33.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 44.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6s3hC ![]() 6s3iC ![]() 6s3mC ![]() 6s3nC ![]() 6s3oC ![]() 6s3pC ![]() 6xztC ![]() 7adaC ![]() 7bilC ![]() 5ftdS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 50440.816 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.32 Å3/Da / Density % sol: 47 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: Sodium Hepes-MOPS 0.1M Ethylene glycol 1.25% PEG 4000 20% Glycerol 20% |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 3, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9791 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.78→36.71 Å / Num. obs: 10098 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Redundancy: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 133.44 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.1414 / Rpim(I) all: 0.0576 / Rrim(I) all: 0.153 / Net I/σ(I): 12.2 |
Reflection shell | Resolution: 3.78→3.92 Å / Redundancy: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 1.121 / Mean I/σ(I) obs: 2.45 / Num. unique obs: 738 / CC1/2: 0.81 / Rpim(I) all: 0.453 / Rrim(I) all: 1.21 / % possible all: 70.4 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5FTD Resolution: 3.787→36.71 Å / SU ML: 0.41 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / Phase error: 33.73
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 171.72 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.787→36.71 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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