+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5gwe | ||||||
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Title | cytochrome P450 CREJ | ||||||
Components | Cytochrome P450 | ||||||
Keywords | ELECTRON TRANSPORT / cytochrome P450 / Complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / iron ion binding / heme binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Corynebacterium glutamicum (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Dong, S. / liu, X. / Wang, X. / Feng, Y. | ||||||
Citation | Journal: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / Year: 2017 Title: Selective oxidation of aliphatic C-H bonds in alkylphenols by a chemomimetic biocatalytic system Authors: Du, L. / Dong, S. / Zhang, X. / Jiang, C. / Chen, J. / Yao, L. / Wang, X. / Wan, X. / Liu, X. / Wang, X. / Huang, S. / Cui, Q. / Feng, Y. / Liu, S.J. / Li, S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5gwe.cif.gz | 691.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5gwe.ent.gz | 571 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5gwe.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5gwe_validation.pdf.gz | 1.8 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5gwe_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | Display | |
Data in XML | 5gwe_validation.xml.gz | 77.4 KB | Display | |
Data in CIF | 5gwe_validation.cif.gz | 114.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gw/5gwe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gw/5gwe | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5xjnC 4rm4S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 45770.531 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: A96T, D382E, K422R, E433K, A452T Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Corynebacterium glutamicum (strain ATCC 13032 / DSM 20300 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025) (bacteria) Strain: ATCC 13032 / DSM 20300 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025 Gene: Cgl0553 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q8NSW2 #2: Chemical | ChemComp-HEM / #3: Chemical | ChemComp-GWM / ( #4: Chemical | ChemComp-SO4 / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.61 Å3/Da / Density % sol: 52.84 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion Details: ammonium sulfate, sodium cacodylate trihydrate, PEG8000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 173 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NFPSS / Beamline: BL17B / Wavelength: 0.979 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Mar 25, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→34.561 Å / Num. obs: 125652 / % possible obs: 99.29 % / Redundancy: 2 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 8.53 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.07 Å / Redundancy: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 96.48 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4RM4 Resolution: 2→34.561 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 19.32
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 119.92 Å2 / Biso mean: 34.05 Å2 / Biso min: 10.38 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2→34.561 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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