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万見
- PDB-1y7p: 1.9 A Crystal Structure of a Protein of Unknown Function AF1403 f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1y7p
タイトル1.9 A Crystal Structure of a Protein of Unknown Function AF1403 from Archaeoglobus fulgidus, Probable Metabolic Regulator
要素Hypothetical protein AF1403
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Protein structure initiative / PSI / Archaeoglobus fulgidus / alpha-beta-alpha sandwich / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


Hypothetical protein af1403; domain 2 / Uncharacterised conserved protein UCP006363, ACT-type / Domain of unknown function DUF5612 / Domain of unknown function (DUF5612) / : / AHAS small subunit-like ACT domain / ACT domain / ACT domain / ACT domain profile. / ACT domain ...Hypothetical protein af1403; domain 2 / Uncharacterised conserved protein UCP006363, ACT-type / Domain of unknown function DUF5612 / Domain of unknown function (DUF5612) / : / AHAS small subunit-like ACT domain / ACT domain / ACT domain / ACT domain profile. / ACT domain / ACT-like domain / CheY-like superfamily / Alpha-Beta Plaits / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-ribopyranose / Uncharacterized protein AF_1403
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Zhang, R. / Skarina, T. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: 1.9A crystal structure of a hypothetical protein AF1403 from Archaeoglobus fulgidus
著者: Zhang, R. / Skarina, T. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
履歴
登録2004年12月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein AF1403
B: Hypothetical protein AF1403
C: Hypothetical protein AF1403
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,0109
ポリマ－73,3633
非ポリマー6476
水4,216234
1
A: Hypothetical protein AF1403
C: Hypothetical protein AF1403
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3406
ポリマ－48,9092
非ポリマー4314
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6510 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area17350 Å2
手法PISA
2
B: Hypothetical protein AF1403
ヘテロ分子

B: Hypothetical protein AF1403
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3406
ポリマ－48,9092
非ポリマー4314
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
3
B: Hypothetical protein AF1403
ヘテロ分子

B: Hypothetical protein AF1403
ヘテロ分子

A: Hypothetical protein AF1403
C: Hypothetical protein AF1403
ヘテロ分子

A: Hypothetical protein AF1403
C: Hypothetical protein AF1403
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,02018
ポリマ－146,7266
非ポリマー1,29312
水1086
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation3_555-y+1/2,x+1/2,z+1/41
crystal symmetry operation5_555-x+1/2,y+1/2,-z+1/41
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area27430 Å2
ΔGint-343 kcal/mol
Surface area43660 Å2
手法PISA
4
C: Hypothetical protein AF1403
ヘテロ分子

B: Hypothetical protein AF1403
ヘテロ分子

A: Hypothetical protein AF1403
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,0109
ポリマ－73,3633
非ポリマー6476
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-y+1/2,x+1/2,z+1/41
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area4300 Å2
ΔGint-137 kcal/mol
Surface area31240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.709, 95.709, 167.551
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
詳細This protein existed as dimer. The deposited coords. of MolA and MolD form the biological dimer.

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein AF1403


分子量: 24454.412 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 株: VC-16-DSM4304-ATCC49558 / 遺伝子: AF1403 / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: O28869
#2: 糖 ChemComp-RIP / beta-D-ribopyranose / beta-D-ribose / D-ribose / ribose / RIBOSE(PYRANOSE FORM)


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H10O5
識別子タイププログラム
DRibpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-ribopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-RibpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
RibSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.958 Å3/Da / 溶媒含有率: 35 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2 M K/Na Tartr., 20% PEG3350, 0.05M Tris buffer, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9798 Å
検出器タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月7日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→40 Å / Num. all: 117308 / Num. obs: 102527 / % possible obs: 87.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 15.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 22.6
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.495 / Mean I/σ(I) obs: 1.534 / % possible all: 85.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→36.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 392525.79 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 5082 5 %RANDOM
Rwork0.211 ---
obs0.211 102527 87.4 %-
all-117308 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 65.6118 Å2 / ksol: 0.374876 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.75 Å20 Å20 Å2
2--4.75 Å20 Å2
3----9.5 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.27 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.25 Å0.27 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→36.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4898 0 33 234 5165
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.333 754 5.3 %
Rwork0.311 13601 -
obs--73.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMRIP.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4RIP.PAR

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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