PDB-5fyg: Structure of CYP153A from Marinobacter aquaeolei in complex with ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5fyg

タイトル

Structure of CYP153A from Marinobacter aquaeolei in complex with hydroxydodecanoic acid

要素

CYTOCHROME P450

キーワード

OXIDOREDUCTASE / P450 / HYDROXYLATION / BIOCATALYST / HEME

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能

生物種

MARINOBACTER HYDROCARBONOCLASTICUS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.22 Å

データ登録者

Danesh-Azari, H.-R. / Spandolf, C. / Hoffman, S.M. / Weissenborn, M. / Hauer, B. / Grogan, G.

引用

ジャーナル: Chemcatchem / 年: 2016
タイトル: Structure-Guided Redesign of CYP153AM.aqfor the Improved Terminal Hydroxylation of Fatty Acids
著者: Hoffman, S.M. / Danesh Azari, H.-R. / Spandolf, C. / Weissenborn, M. / Grogan, G. / Hauer, B.

履歴

登録	2016年3月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年1月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5fyg.cif.gz	186.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5fyg.ent.gz	147.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5fyg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5fyg_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5fyg_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	5fyg_validation.xml.gz	35.1 KB	表示
CIF形式データ	5fyg_validation.cif.gz	49.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fy/5fyg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fy/5fyg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5fyfC 3rwlS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6hqd-3 6zi3-6 1n4g-d 5fyf-2 6rqd-d 5ibd-d 2bvj-2 5ibj-d 5it1-1 5y5l-1 1ehe-d 6rq5-d 2y98-d 3zsn-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CYTOCHROME P450

B: CYTOCHROME P450

ヘテロ分子

110 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CYTOCHROME P450

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: CYTOCHROME P450

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.020, 71.310, 213.820
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.9559, 0.2133, -0.202), (0.2109, 0.01951, -0.9773), (-0.2045, -0.9768, -0.06363)
ベクター: 42.84, 99.15, 112.4)

#1: タンパク質	CYTOCHROME P450 分子量: 54019.652 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) MARINOBACTER HYDROCARBONOCLASTICUS (バクテリア) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA PLYSS / 参照: UniProt: A1TY82
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-12H / 12-HYDROXYDODECANOIC ACID 分子量: 216.317 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₄O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 286 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.3 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 5.5 詳細: 0.1 M BIS-TRIS PROPANE PH 5.5; 25% PEG 3350 (W/V); 30 MG PER ML PROTEIN; SOAK WITH 10 MM HYDROXYDODECANOIC ACID

-
データ収集

回折	平均測定温度: 120 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97949
検出器	タイプ: PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年1月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.22→56.89 Å / Num. obs: 47442 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 10
反射シェル	解像度: 2.22→2.29 Å / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.63 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3RWL

3rwl

解像度: 2.22→56.89 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / SU B: 6.415 / SU ML: 0.157 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.287 / ESU R Free: 0.217 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23937	2239	4.9 %	RANDOM
R_work	0.1873	-	-	-
obs	0.18977	43348	99.97 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.211 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.03 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.55 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.22→56.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6612	0	116	286	7014

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.019	6897
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.02	6392
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.8	1.974	9367
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.576	3.002	14644
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.085	5	839
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.972	23.463	335
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.96	15	1112
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.018	15	65
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.113	0.2	987
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	7894
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	1647
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.806	3.593	3362
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.804	3.593	3361
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.016	5.377	4199
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.296	3.774	3535
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.22→2.278 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.298	155	-
R_work	0.24	3156	-
obs	-	-	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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