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- PDB-6gii: The crystal structure of Tepidiphilus thermophilus P450 heme domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gii
タイトルThe crystal structure of Tepidiphilus thermophilus P450 heme domain
要素Cytochrome P450
キーワードOXIDOREDUCTASE / Cytochrome P450 Class VII
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / iron ion binding / nucleotide binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
: / Dimethylamine monooxygenase subunit DmmA-like, N-terminal domain / 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type ...: / Dimethylamine monooxygenase subunit DmmA-like, N-terminal domain / 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome P450
類似検索 - 構成要素
生物種Tepidiphilus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Levy, C.W.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
European Union613849 英国
European Union635734 英国
引用ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2018
タイトル: The crystal structure of P450-TT heme-domain provides the first structural insights into the versatile class VII P450s.
著者: Tavanti, M. / Porter, J.L. / Levy, C.W. / Gomez Castellanos, J.R. / Flitsch, S.L. / Turner, N.J.
履歴
登録2018年5月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,5622
ポリマ－54,9461
非ポリマー6161
水9,242513
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1280 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area17620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.292, 74.384, 105.013
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome P450


分子量: 54945.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Tepidiphilus thermophilus (バクテリア)
遺伝子: Ga0061068_103196 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0K6ITW2
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 513 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.69 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1 M MES 6.5 22 % v/v PEG Smear Broad / Temp details: Cold room

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9159 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→43.32 Å / Num. obs: 33286 / % possible obs: 97.91 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 13.2 Å2 / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.1256 / Rpim(I) all: 0.065 / Rrim(I) all: 0.142 / Net I/σ(I): 7.79
反射 シェル解像度: 1.9→1.968 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 2.71 / Num. unique obs: 3242 / CC1/2: 0.69 / Rpim(I) all: 0.265 / Rrim(I) all: 0.542 / % possible all: 95.01

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5GWE

5gwe


解像度: 1.9→43.32 Å / SU ML: 0.2103 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.7533
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2282 1638 4.98 %Random
Rwork0.1785 ---
obs0.181 32912 97.91 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 18.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→43.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3414 0 43 513 3970
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00533731
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.70125102
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0423519
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0038686
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.91242232
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.960.32751400.31882463X-RAY DIFFRACTION95.14
1.96-2.020.30841470.26342518X-RAY DIFFRACTION96.8
2.02-2.090.24321320.23542587X-RAY DIFFRACTION98.51
2.09-2.170.25241280.19072597X-RAY DIFFRACTION98.34
2.17-2.270.27571170.19592586X-RAY DIFFRACTION98.26
2.27-2.390.23941450.18042593X-RAY DIFFRACTION98.07
2.39-2.540.21731560.16992604X-RAY DIFFRACTION99
2.54-2.740.21121370.16882625X-RAY DIFFRACTION99.1
2.74-3.020.22211200.16852651X-RAY DIFFRACTION98.68
3.02-3.450.24771240.16072639X-RAY DIFFRACTION98.47
3.45-4.350.18031360.13042670X-RAY DIFFRACTION97.84
4.35-47.540.18841560.16032741X-RAY DIFFRACTION96.79
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 15.9555552981 Å / Origin y: 31.1192533373 Å / Origin z: 31.4085868729 Å
111213212223313233
T0.0542152591317 Å20.00151277674918 Å20.00563347265904 Å2-0.0557080405825 Å2-0.00182302329117 Å2--0.0575684116018 Å2
L0.349620886346 °20.0631487232479 °2-0.0564396114175 °2-0.298784103132 °2-0.121338285395 °2--0.331154614718 °2
S-0.0306558164944 Å °-0.0173425276227 Å °0.0166942477512 Å °-0.00290657498872 Å °0.0227834767614 Å °0.0219018178919 Å °0.0035206457381 Å °-0.0209333969077 Å °0.000197534748088 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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