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Yorodumi- PDB-5xjn: cytochrome P450 CREJ in complex with (4-ethylphenyl) dihydrogen p... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5xjn | |||||||||||||||
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Title | cytochrome P450 CREJ in complex with (4-ethylphenyl) dihydrogen phosphate | |||||||||||||||
Components | Cytochrome P450 | |||||||||||||||
Keywords | ELECTRON TRANSPORT / cytochrome P450 / Complex | |||||||||||||||
Function / homology | Function and homology information cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / iron ion binding / heme binding Similarity search - Function | |||||||||||||||
Biological species | Corynebacterium glutamicum (bacteria) | |||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.7 Å | |||||||||||||||
Authors | Dong, S. / Du, L. / Li, S. / Feng, Y. | |||||||||||||||
Funding support | China, 4items
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Citation | Journal: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / Year: 2017 Title: Selective oxidation of aliphatic C-H bonds in alkylphenols by a chemomimetic biocatalytic system Authors: Du, L. / Dong, S. / Zhang, X. / Jiang, C. / Chen, J. / Yao, L. / Wang, X. / Wan, X. / Liu, X. / Wang, X. / Huang, S. / Cui, Q. / Feng, Y. / Liu, S.J. / Li, S. | |||||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5xjn.cif.gz | 260.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5xjn.ent.gz | 210.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5xjn.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5xjn_validation.pdf.gz | 802 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5xjn_full_validation.pdf.gz | 802.6 KB | Display | |
Data in XML | 5xjn_validation.xml.gz | 22 KB | Display | |
Data in CIF | 5xjn_validation.cif.gz | 34.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xj/5xjn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xj/5xjn | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5gweSC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 51214.465 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 25-430 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Corynebacterium glutamicum (strain ATCC 13032 / DSM 20300 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025) (bacteria) Strain: ATCC 13032 / DSM 20300 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025 Gene: Cgl0553 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q8NSW2 |
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#2: Chemical | ChemComp-88L / ( |
#3: Chemical | ChemComp-HEM / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.26 Å3/Da / Density % sol: 45.6 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion / pH: 7 / Details: PEG 3350, sodium iodide |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 173 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U1 / Wavelength: 0.979 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Apr 24, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.7→41.68 Å / Num. obs: 52282 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 16.41 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.094 / Net I/σ(I): 20.1 |
Reflection shell | Resolution: 1.7→1.73 Å / Redundancy: 13.3 % / Rmerge(I) obs: 0.505 / Num. unique obs: 2731 / CC1/2: 0.958 / Rpim(I) all: 0.143 / Rrim(I) all: 0.525 / % possible all: 100 |
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5GWE Resolution: 1.7→35.449 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 19.72 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 105.84 Å2 / Biso mean: 25.4763 Å2 / Biso min: 1.34 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.7→35.449 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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