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万見
- PDB-4y8w: Crystal Structure of Human Cytochrome P450 21A2 Progesterone Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4y8w
タイトルCrystal Structure of Human Cytochrome P450 21A2 Progesterone Complex
要素Cytochrome P450 21-hydroxylase
キーワードOXIDOREDUCTASE / steroid hydroxylation / monooxygenases / adrenal steroidogenesis / congenital adrenal hyperplasia / Addison's disease / kinetic isotope effects
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective CYP21A2 causes AH3 / steroid 21-monooxygenase / steroid 21-monooxygenase activity / 17-hydroxyprogesterone 21-hydroxylase activity / progesterone 21-hydroxylase activity / mineralocorticoid biosynthetic process / Mineralocorticoid biosynthesis / glucocorticoid biosynthetic process / Glucocorticoid biosynthesis / sterol metabolic process ...Defective CYP21A2 causes AH3 / steroid 21-monooxygenase / steroid 21-monooxygenase activity / 17-hydroxyprogesterone 21-hydroxylase activity / progesterone 21-hydroxylase activity / mineralocorticoid biosynthetic process / Mineralocorticoid biosynthesis / glucocorticoid biosynthetic process / Glucocorticoid biosynthesis / sterol metabolic process / steroid biosynthetic process / steroid hydroxylase activity / steroid metabolic process / Endogenous sterols / steroid binding / iron ion binding / heme binding / endoplasmic reticulum membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, E-class, group I / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / PROGESTERONE / Steroid 21-hydroxylase / Steroid 21-hydroxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.64 Å
データ登録者Pallan, P.S. / Lei, L. / Egli, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM103937 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Human Cytochrome P450 21A2, the Major Steroid 21-Hydroxylase: STRUCTURE OF THE ENZYMEPROGESTERONE SUBSTRATE COMPLEX AND RATE-LIMITING C-H BOND CLEAVAGE.
著者: Pallan, P.S. / Wang, C. / Lei, L. / Yoshimoto, F.K. / Auchus, R.J. / Waterman, M.R. / Guengerich, F.P. / Egli, M.
履歴
登録2015年2月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月22日Group: Database references
改定 1.22015年6月3日Group: Database references
改定 1.32017年9月20日Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_symm_contact
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 21-hydroxylase
B: Cytochrome P450 21-hydroxylase
C: Cytochrome P450 21-hydroxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,79513
ポリマ－163,6173
非ポリマー3,17710
水1,38777
1
A: Cytochrome P450 21-hydroxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,6625
ポリマ－54,5391
非ポリマー1,1234
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2350 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area18970 Å2
手法PISA
2
B: Cytochrome P450 21-hydroxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,5664
ポリマ－54,5391
非ポリマー1,0273
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2140 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area19240 Å2
手法PISA
3
C: Cytochrome P450 21-hydroxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,5664
ポリマ－54,5391
非ポリマー1,0273
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2140 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area19490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)150.383, 86.860, 108.923
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.11, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome P450 21-hydroxylase / Cytochrome P450 / family 21 / subfamily A / polypeptide 2 / isoform CRA_b / DJ34F7.3 (Cytochrome ...Cytochrome P450 / family 21 / subfamily A / polypeptide 2 / isoform CRA_b / DJ34F7.3 (Cytochrome P450 / subfamily XXIA (Steroid 21-hydroxylase / congenital adrenal hyperplasia) / polypeptide 2 (CYP21 / P450c21B)) / Steroid 21-hydroxylase / cDNA / FLJ95495 / Homo sapiens cytochrome P450 / polypeptide 2(CYP21A2) / mRNA


分子量: 54539.160 Da / 分子数: 3 / 断片: residues 30-495 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: Adrenal cortex / 遺伝子: P450-CYP21B, CYP21A2, hCG_1999926 / 器官: Kidneys / プラスミド: pET17b / Cell (発現宿主): BL21-Gold DE(3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16874, UniProt: P08686*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物 ChemComp-STR / PROGESTERONE / プロゲステロン


分子量: 314.462 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C21H30O2 / コメント: ホルモン*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.13 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 12 mg/mL protein, 0.05 M 4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonate (HEPES), 0.1 M ammonium sulfate and 12.5% (w/v) polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9782 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9782 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.64→30 Å / Num. obs: 40299 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 7.5 % / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 2.64→3.42 Å / 冗長度: 7.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID: 3QZ1 (One molecule of the protein alone)

3qz1


解像度: 2.64→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.916 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.874 / SU B: 18.477 / SU ML: 0.372 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.411 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28084 3087 7.7 %RANDOM
Rwork0.23103 ---
obs0.23485 37210 99.47 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.618 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.19 Å2-0 Å2-0.32 Å2
2---0.73 Å2-0 Å2
3---0.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.64→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10735 0 20 77 10832
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01911049
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5212.00915099
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.93651311
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.7123.062467
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.016151840
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.4591587
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.21698
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0218295
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.014.2475277
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8186.3646576
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.9084.2845771
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.03535.04616521
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.64→2.707 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.346 206 -
Rwork0.347 2549 -
obs--93.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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