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- PDB-6rgx: TETR(D) N82A MUTANT IN COMPLEX WITH DOXYCYCLINE AND MAGNESIUM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rgx
タイトルTETR(D) N82A MUTANT IN COMPLEX WITH DOXYCYCLINE AND MAGNESIUM
要素Tetracycline repressor protein class D
キーワードTRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Tetracycline transcriptional regulator, TetR / Tetracycline repressor TetR, C-terminal / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family ...Tetracycline transcriptional regulator, TetR / Tetracycline repressor TetR, C-terminal / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DXT / TRIETHYLENE GLYCOL / Tetracycline repressor protein class D
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Hinrichs, W. / Palm, G.J. / Berndt, L. / Girbardt, B.
引用
ジャーナル: Biochim Biophys Acta Proteins Proteom / 年: 2020
タイトル: Thermodynamics, cooperativity and stability of the tetracycline repressor (TetR) upon tetracycline binding.
著者: Palm, G.J. / Buchholz, I. / Werten, S. / Girbardt, B. / Berndt, L. / Delcea, M. / Hinrichs, W.
#1: ジャーナル: FEBS J. / 年: 2016
タイトル: Modular organisation of inducer recognition and allostery in the tetracycline repressor.
著者: Werten, S. / Schneider, J. / Palm, G.J. / Hinrichs, W.
履歴
登録2019年4月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tetracycline repressor protein class D
B: Tetracycline repressor protein class D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,65816
ポリマ－46,4912
非ポリマー1,16814
水4,720262
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis, not exactly a homodimer, due to one empty ligand binding pocket
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7960 Å2
ΔGint-113 kcal/mol
Surface area19430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.378, 68.378, 180.008
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-307-

CL

21A-457-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 208 / Label seq-ID: 1 - 207

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Tetracycline repressor protein class D


分子量: 23245.309 Da / 分子数: 2 / 変異: A2S, N82A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: RA1 plasmid / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: tetR / プラスミド: pWH1950 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ACT4

-
非ポリマー , 6種, 276分子

#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物 ChemComp-DXT / (4S,4AR,5S,5AR,6R,12AS)-4-(DIMETHYLAMINO)-3,5,10,12,12A-PENTAHYDROXY-6-METHYL-1,11-DIOXO-1,4,4A,5,5A,6,11,12A-OCTAHYDROTETRACENE-2-CARBOXAMIDE / DOXYTETRACYCLINE / DOXYCYCLINE / ドキシサイクリン


分子量: 444.435 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H24N2O8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 262 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.65 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: precipitant: 0.1 M HEPES pH 7.5, 1.75M (NH4)2SO4, 5% PEG 400, 0.2M NaCl, protein: 0.1mL protein, 0.3mL 2mM doxyTc, 0.001mL 3M MgCl2, 100mM NaCl, 50mM Tris, pH 8.0, Protein/precipitant 2/2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 70 / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月5日
放射モノクロメーター: mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→32.94 Å / Num. obs: 40487 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.8 % / Biso Wilson estimate: 24.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.142 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.149 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.935 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 5722 / Rpim(I) all: 0.467 / Rrim(I) all: 1.052 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
CrystalClearデータ削減
SCALAデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5FKK

5fkk


解像度: 1.8→31.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 7.527 / SU ML: 0.102 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.147 / ESU R Free: 0.135 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24309 2039 5.1 %RANDOM
Rwork0.20905 ---
obs0.21075 38282 99.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 27.671 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3 Å20 Å20 Å2
2--0.3 Å2-0 Å2
3----0.61 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.8→31.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3192 0 66 262 3520
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0133312
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173114
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7971.6434486
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5071.5737185
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0385403
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.63321.237194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.95615567
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.9531530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2426
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.023720
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02706
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7982.1171618
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7982.1171617
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0053.1662019
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.0043.1662020
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0132.371693
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.0172.3731685
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.2883.4652468
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.52725.4643915
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.50625.3893885
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 6110 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.12 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 148 -
Rwork0.308 2688 -
obs--97.46 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.59350.32642.21490.07070.43473.18180.0588-0.0253-0.00220.01630.00390.00920.0736-0.0613-0.06270.0584-0.0001-0.02120.08080.0140.046632.152711.657476.6763
20.3248-0.1717-0.12750.09610.03551.21980.0971-0.0575-0.0506-0.04880.04950.0264-0.1190.1482-0.14660.0797-0.03620.01510.1046-0.03170.043525.332815.70850.2717
32.17590.7907-0.92331.26870.06560.5563-0.0102-0.0173-0.21710.3273-0.1658-0.01320.1782-0.07860.1760.2092-0.05210.02420.0574-0.01120.03181.2063.988853.9531
40.59110.0515-0.88490.15020.1031.6712-0.0143-0.1142-0.021-0.0483-0.03180.0253-0.02460.05170.04610.0420.0066-0.00260.1365-0.01110.02731.925423.5275.786
50.3546-0.059-0.06090.30710.25460.58530.0201-0.0122-0.0202-0.0440.02430.0275-0.0547-0.0101-0.04430.0963-0.0203-0.01280.059-0.00790.03077.439218.870249.7929
610.647-5.1503-0.00242.53480.2391.3291-0.1393-0.4158-0.14690.00180.23130.0641-0.37150.19-0.0920.1136-0.05630.03450.0618-0.04490.113331.780332.167152.1484
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 63
2X-RAY DIFFRACTION2A64 - 156
3X-RAY DIFFRACTION2A182 - 208
4X-RAY DIFFRACTION3A165 - 181
5X-RAY DIFFRACTION4B2 - 63
6X-RAY DIFFRACTION5B64 - 156
7X-RAY DIFFRACTION5B182 - 208
8X-RAY DIFFRACTION5B301 - 302
9X-RAY DIFFRACTION6B165 - 181

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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