PDB-6qoh: Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6qoh

タイトル

Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from Mycobacterium abscessus in complex with Fragment 11 (2-Amino-6-chloropurine)

要素

tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / TrmD / tRNA methyltransferase / SPOUT methyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase / tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase activity / tRNA N1-guanine methylation / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium abscessus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.66 Å

データ登録者

Thomas, S.E. / Whitehouse, A.J. / Coyne, A.G. / Abell, C. / Mendes, V. / Blundell, T.L.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Fragment-based discovery of a new class of inhibitors targeting mycobacterial tRNA modification.
著者: Thomas, S.E. / Whitehouse, A.J. / Brown, K. / Burbaud, S. / Belardinelli, J.M. / Sangen, J. / Lahiri, R. / Libardo, M.D.J. / Gupta, P. / Malhotra, S. / Boshoff, H.I.M. / Jackson, M. / Abell, ...

履歴

登録	2019年2月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年2月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年8月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2020年8月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb6qoh.ent.gz	145.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6qoh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6qoh_validation.pdf.gz	466.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6qoh_full_validation.pdf.gz	470.4 KB	表示
XML形式データ	6qoh_validation.xml.gz	20 KB	表示
CIF形式データ	6qoh_validation.cif.gz	28.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/6qoh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/6qoh	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6nvrC 6nw6C 6nw7C 6qo2C 6qo3C 6qo4C 6qo6C 6qoaC 6qocC 6qodC 6qoeC 6qofC 6qogC 6qoiC 6qojC 6qokC 6qolC 6qomC 6qonC 6qooC 6qopC 6qoqC 6qorC 6qosC 6qotC 6qouC 6qovC 6qowC 6qoxC 6qqsC 6qqxC 6qqyC 6qr5C 6qr6C 6qr8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6qom-d 6qot-d 6qow-d 6qo6-d 6qou-d 6qon-d 6qod-d 6qox-d 6qoq-d 6qo4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

B: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

ヘテロ分子

53.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.652, 79.108, 86.318
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase / M1G-methyltransferase / tRNA [GM37] methyltransferase 分子量: 26434.670 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium abscessus (バクテリア) 遺伝子: trmD, MAB_3226c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: B1MDI3, tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-6GU / 6-chloroguanine / 6-chloro-9H-purin-2-amine / 6-クロロ-9H-プリン-2-アミン分子量: 169.572 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₄ClN₅
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 277 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.28 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.08M Sodium cacodylate pH 6.5 -7.0, 1-2 M Ammonium sulphate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9686 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.66→86.32 Å / Num. obs: 60583 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.5 % / B_iso Wilson estimate: 26.86 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.077 / R_pim(I) all: 0.03 / R_rim(I) all: 0.083 / Net I/σ(I): 14.6 / Num. measured all: 456803 / Scaling rejects: 241

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
1.66-1.75	7.7	0.918	8747	0.782	0.353	0.985	100
5.24-86.32	6.6	0.063	2102	0.996	0.025	0.068	99.7

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換
Phasing MR	Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
Aimless	0.5.15	データスケーリング
PHASER	2.5.7	位相決定
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.66→58.32 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.23

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2246	3167	5.23 %
R_work	0.1889	-	-
obs	0.1908	60506	99.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 105.71 Å² / B_iso mean: 34.5888 Å² / B_iso min: 16.96 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.66→58.32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3201	0	27	277	3505
B_iso mean	-	-	38.09	41.65	-
残基数	-	-	-	-	419

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3335
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.044	4567
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	513
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	590
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.81	1206

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 23 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.6574-1.6821	0.2518	129	0.2415	2467	2596
1.6821-1.7084	0.3077	124	0.2551	2475	2599
1.7084-1.7364	0.3694	107	0.2677	2472	2579
1.7364-1.7664	0.2915	142	0.2568	2487	2629
1.7664-1.7985	0.2804	134	0.2453	2491	2625
1.7985-1.8331	0.281	138	0.2228	2435	2573
1.8331-1.8705	0.277	130	0.2132	2443	2573
1.8705-1.9112	0.2397	132	0.199	2460	2592
1.9112-1.9557	0.2221	142	0.1913	2499	2641
1.9557-2.0046	0.2578	130	0.192	2494	2624
2.0046-2.0588	0.2273	147	0.198	2445	2592
2.0588-2.1193	0.2248	136	0.197	2469	2605
2.1193-2.1878	0.2003	131	0.1916	2481	2612
2.1878-2.266	0.2273	139	0.192	2496	2635
2.266-2.3567	0.218	129	0.1918	2478	2607
2.3567-2.4639	0.2524	172	0.1928	2478	2650
2.4639-2.5938	0.1872	148	0.1915	2454	2602
2.5938-2.7564	0.2438	155	0.205	2499	2654
2.7564-2.9692	0.2243	131	0.1976	2515	2646
2.9692-3.2679	0.22	122	0.1913	2535	2657
3.2679-3.7408	0.2356	155	0.1775	2529	2684
3.7408-4.7126	0.1408	111	0.1559	2594	2705
4.7126-58.3566	0.2473	183	0.1849	2643	2826

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0832	1.7934	-0.8027	5.6775	-2.9409	6.477	0.2715	-0.9141	-0.2585	0.6019	-0.2503	-0.3606	0.1282	0.1948	-0.0225	0.2551	-0.0186	-0.0532	0.4976	0.0417	0.2761	32.3383	91.043	109.1225
2	5.9786	2.9896	-3.2505	6.0144	-3.8262	6.8975	0.2178	-0.582	0.0463	0.2598	-0.1797	-0.3435	-0.3202	0.5638	0.0668	0.2398	-0.0765	-0.0467	0.3569	-0.0635	0.1977	40.1696	99.3287	101.5234
3	3.5336	0.3221	0.5692	5.1218	-3.2362	6.8874	-0.0373	-0.1473	0.361	0.2015	0.2485	0.0436	-0.3944	-0.1728	-0.2182	0.1542	-0.0272	0.0168	0.2239	-0.0219	0.2202	34.7323	101.3669	91.3132
4	5.2669	1.1555	-1.4322	0.6018	0.165	2.5804	-0.2903	-0.0456	-0.576	0.047	0.0806	-0.2256	0.3396	-0.0117	0.1816	0.1944	0.0067	0.0176	0.1479	0.0375	0.2539	24.2575	84.0107	97.8906
5	5.04	1.1674	-1.594	0.596	0.4301	5.1801	0.0383	-0.2438	-0.0112	0.4616	0.1038	0.1735	-0.3814	-0.1882	-0.1036	0.1259	0.0015	0.0057	0.1901	0.0004	0.1981	29.3794	93.158	97.3826
6	3.797	0.424	-2.3543	0.6324	0.3258	2.4739	-0.0395	0.2608	-0.195	0.0902	0.0304	0.029	0.0244	-0.1578	0.0011	0.1663	0.0129	-0.0219	0.1671	0.0013	0.1949	26.2807	91.6178	92.8501
7	1.6089	-0.1956	-1.3174	0.8844	0.298	1.3415	0.3204	-0.6355	-0.4925	0.4649	-0.3111	-0.2611	0.1483	0.1941	0.0437	0.238	-0.0071	-0.0683	0.2342	0.0989	0.2174	18.3258	84.7114	109.1172
8	2.9729	0.9559	0.4078	6.6477	0.675	1.707	0.0196	-0.0886	0.3856	0.7267	0.1483	0.5748	-0.2524	-0.2516	-0.1339	0.3137	0.0511	0.0735	0.2261	0.0326	0.2202	-2.89	83.5954	127.5848
9	2.6624	0.909	-0.3772	6.0289	-3.8983	2.9904	-0.0494	0.2213	0.1431	-0.1631	0.1935	0.4637	-0.0344	-0.1634	-0.1497	0.2019	-0.0091	-0.0286	0.2527	-0.0066	0.2301	-3.2158	81.2752	110.196
10	6.0536	-3.0579	2.0422	4.3139	-5.3432	7.3542	0.283	0.3625	0.5577	-0.0012	-0.6793	-0.9612	-0.4626	0.9631	0.4434	0.35	-0.0761	0.0389	0.3261	0.0256	0.3176	18.9587	100.7574	118.7213
11	6.9976	1.7558	-1.6846	7.5853	-0.4969	8.815	0.5246	0.1037	-0.0664	0.3328	-0.364	-1.4944	-0.5095	1.101	0.1186	0.4011	-0.1148	0.0122	0.4232	0.0162	0.5756	24.1614	110.5898	111.1255
12	3.7199	0.9603	-2.0953	7.2474	-3.7504	6.6745	0.212	-0.8825	-0.1966	1.4252	-0.5558	-0.366	-0.5961	0.9091	0.3233	0.4064	-0.0964	-0.0543	0.4127	-0.012	0.2644	15.8812	96.9131	129.3987
13	1.0244	0.4235	-0.7368	2.5154	-2.4327	2.3337	0.0332	-0.1501	0.1686	0.3045	0.0578	0.1412	-0.2325	-0.0342	-0.0706	0.227	0.0085	0.0449	0.1799	-0.0093	0.2079	6.7612	95.5978	117.7408
14	3.8708	2.8885	-1.6322	2.3309	-1.7488	4.5898	0.1789	-0.0141	0.0059	0.3292	-0.014	0.072	-0.1221	0.0547	-0.1612	0.2699	0.0226	0.0398	0.183	-0.0073	0.2332	4.6169	97.1051	119.1091
15	1.8351	-0.3557	-0.3776	1.6183	1.6346	3.2321	0.0283	0.0448	0.1813	0.1346	-0.0014	0.1271	-0.1455	0.0035	-0.0151	0.1646	-0.0003	0.0084	0.1768	0.0307	0.2406	15.6943	98.4577	104.476
16	3.3558	0.7604	-1.2738	1.3113	-0.0671	0.5218	-0.1472	0.5695	0.3361	-0.3102	0.2304	0.2017	0.0516	-0.118	-0.0959	0.1982	-0.0368	-0.0431	0.3278	0.0835	0.2186	22.6805	98.5083	81.3773

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 29 )	A	0 - 29
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 30 through 48 )	A	30 - 48
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 49 through 73 )	A	49 - 73
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 74 through 100 )	A	74 - 100
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 101 through 115 )	A	101 - 115
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 116 through 141 )	A	116 - 141
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 142 through 182 )	A	142 - 182
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 183 through 203 )	A	183 - 203
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 204 through 228 )	A	204 - 228
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 0 through 16 )	B	0 - 16
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 17 through 29 )	B	17 - 29
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 30 through 48 )	B	30 - 48
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 49 through 100 )	B	49 - 100
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 101 through 131 )	B	101 - 131
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 132 through 182 )	B	132 - 182
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 183 through 231 )	B	183 - 231

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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