PDB-6qod: Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6qod

タイトル

Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from Mycobacterium abscessus in complex with Fragment 7 (2-Amino-6-fluorobenzothiazole)

要素

tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / TrmD / tRNA methyltransferase / SPOUT methyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase / tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase activity / tRNA N1-guanine methylation / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium abscessus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.852 Å

データ登録者

Thomas, S.E. / Whitehouse, A.J. / Coyne, A.G. / Abell, C. / Mendes, V. / Blundell, T.L.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Fragment-based discovery of a new class of inhibitors targeting mycobacterial tRNA modification.
著者: Thomas, S.E. / Whitehouse, A.J. / Brown, K. / Burbaud, S. / Belardinelli, J.M. / Sangen, J. / Lahiri, R. / Libardo, M.D.J. / Gupta, P. / Malhotra, S. / Boshoff, H.I.M. / Jackson, M. / Abell, ...

履歴

登録	2019年2月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年3月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年8月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2020年8月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6qod.cif.gz	180.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6qod.ent.gz	142.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6qod.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6qod_validation.pdf.gz	448.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6qod_full_validation.pdf.gz	450.5 KB	表示
XML形式データ	6qod_validation.xml.gz	18.8 KB	表示
CIF形式データ	6qod_validation.cif.gz	26.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/6qod ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/6qod	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6nvrC 6nw6C 6nw7C 6qo2C 6qo3C 6qo4C 6qo6C 6qoaC 6qocC 6qoeC 6qofC 6qogC 6qohC 6qoiC 6qojC 6qokC 6qolC 6qomC 6qonC 6qooC 6qopC 6qoqC 6qorC 6qosC 6qotC 6qouC 6qovC 6qowC 6qoxC 6qqsC 6qqxC 6qqyC 6qr5C 6qr6C 6qr8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6qo4-d 6nw6-d 6qow-d 6qog-d 6qox-d 6qou-d 6qqu-d 6qoq-d 6qrg-d 6qo2-d 6qo3-d 6qqt-d 6qqy-d 6qof-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

B: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

ヘテロ分子

53.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.143, 78.379, 86.540
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase / M1G-methyltransferase / tRNA [GM37] methyltransferase 分子量: 26434.670 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium abscessus (バクテリア) 遺伝子: trmD, MAB_3226c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: B1MDI3, tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-FBB / 6-fluoro-1,3-benzothiazol-2-amine / 6-フルオロベンゾチアゾ-ル-2-アミン分子量: 168.191 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₅FN₂S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.28 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.08M Sodium cacodylate pH 6.5 -7.0, 1-2 M Ammonium sulphate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9686 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.85→86.54 Å / Num. obs: 43636 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.5 % / B_iso Wilson estimate: 29.65 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.08 / R_pim(I) all: 0.031 / R_rim(I) all: 0.086 / Net I/σ(I): 15.8 / Num. measured all: 329136 / Scaling rejects: 210

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
1.85-1.95	7.6	0.974	6276	0.702	0.378	1.046	99.9
5.86-86.54	6.5	0.043	1537	0.998	0.018	0.046	99.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換
Phasing MR	Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.5.15	データスケーリング
PHASER	2.5.7	位相決定
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.852→56.305 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.85

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2116	2243	5.15 %
R_work	0.1843	-	-
obs	0.1858	43566	99.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 93.98 Å² / B_iso mean: 37.7858 Å² / B_iso min: 17.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.852→56.305 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3185	0	22	185	3392
B_iso mean	-	-	51.92	42.38	-
残基数	-	-	-	-	422

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3320
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.014	4551
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	514
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	591
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.322	1196

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 16 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.8518-1.8921	0.3605	137	0.3073	2525	2662
1.8921-1.9361	0.3243	122	0.2746	2555	2677
1.9361-1.9845	0.2894	117	0.2356	2566	2683
1.9845-2.0382	0.2499	129	0.2111	2585	2714
2.0382-2.0981	0.2594	130	0.2007	2542	2672
2.0981-2.1659	0.2455	140	0.2059	2568	2708
2.1659-2.2433	0.2264	128	0.1796	2569	2697
2.2433-2.3331	0.2253	122	0.1829	2568	2690
2.3331-2.4393	0.2276	141	0.183	2558	2699
2.4393-2.5679	0.1981	165	0.185	2555	2720
2.5679-2.7288	0.227	119	0.1998	2602	2721
2.7288-2.9394	0.2696	152	0.2037	2582	2734
2.9394-3.2352	0.2273	152	0.1976	2590	2742
3.2352-3.7033	0.1957	134	0.1754	2622	2756
3.7033-4.6654	0.1754	160	0.1446	2619	2779
4.6654-56.3306	0.1806	195	0.174	2717	2912

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6064	-0.6589	-1.0377	1.1663	2.1407	4.1738	0.0837	0.6019	-0.1976	-0.2864	-0.0592	0.0992	0.1619	-0.4634	0.0125	0.2927	-0.0248	-0.0175	0.4767	-0.0546	0.285	-32.3903	11.0885	-24.1916
2	3.1103	-1.7949	-1.6539	5.7889	2.1431	3.069	-0.0242	0.2963	0.0927	-0.1718	0.0064	0.3153	-0.2765	-0.293	0.0292	0.2709	0.0351	-0.0163	0.3257	0.0515	0.2369	-40.3546	20.1997	-15.0448
3	2.0652	-0.1321	0.1064	2.7842	1.6112	4.2812	0.042	0.0331	0.4608	-0.1962	0.0087	-0.0679	-0.3879	-0.0016	-0.0713	0.1958	0.0375	0.0342	0.2557	0.0222	0.2971	-34.9976	22.1874	-4.9083
4	3.2472	-0.3063	-0.7919	0.2853	0.6477	2.9437	-0.1201	0.0704	-0.2657	-0.1235	0.1114	0.0189	0.1249	0.0554	0.0122	0.2187	-0.0153	0.0126	0.1714	-0.0043	0.2385	-26.36	8.3698	-11.6399
5	2.3102	-0.0809	-0.9482	0.2674	0.1138	2.0156	-0.0666	-0.0021	-0.0731	-0.0681	0.061	-0.0598	0.0459	0.0886	-0.0152	0.1963	-0.0006	-0.0055	0.1761	-0.0141	0.2082	-25.3889	11.23	-11.6077
6	3.7449	0.8508	-0.3757	0.8035	-0.8865	1.0967	0.0178	0.0819	-0.495	-0.2621	-0.3554	0.1159	-0.0157	0.0851	-0.442	0.3849	0.0283	-0.0777	0.2292	-0.1473	0.3247	-10.8786	0.7821	-25.0115
7	1.4871	-0.4733	0.2982	3.1573	-0.055	1.3857	0.1456	0.1358	0.2238	-0.6632	0.0458	-0.5316	-0.2267	0.2885	-0.0559	0.3511	-0.0481	0.0825	0.2705	-0.0293	0.2511	2.6929	4.4742	-41.2446
8	1.3888	-0.9034	-1.1261	3.4945	2.7561	2.3138	-0.0846	-0.2591	0.1577	0.2747	0.2082	-0.326	0.0724	0.3061	-0.1478	0.2927	0.0488	-0.0488	0.3293	-0.024	0.247	2.8836	2.2581	-23.7875
9	3.205	0.8185	-0.2889	3.5825	1.2409	3.239	0.1844	-0.0165	0.2298	0.1244	-0.3508	0.6952	-0.3701	-0.5999	0.1495	0.3181	0.0581	0.0018	0.3162	-0.0311	0.3039	-19.1336	22.0208	-32.5542
10	2.6405	-0.8651	-1.0449	0.9683	0.5866	2.3899	0.0381	0.1988	0.064	-0.4484	-0.0404	0.37	-0.3097	-0.4426	-0.0426	0.3245	0.0274	-0.0316	0.3292	-0.0102	0.2617	-14.4013	15.6175	-38.7119
11	1.3413	-0.3451	-0.6609	1.1793	1.133	2.6465	0.1007	0.1224	0.1821	-0.3085	0.037	-0.1085	-0.2099	0.0503	-0.0778	0.2397	-0.0187	0.0344	0.1637	-0.0035	0.1902	-5.7671	19.8612	-30.7649
12	1.4281	-0.4578	-0.9117	0.9753	-0.661	3.1612	0.0056	-0.0617	0.1203	-0.1109	-0.0938	-0.0187	-0.0873	-0.2013	0.1585	0.1813	-0.0054	-0.0126	0.2332	-0.0246	0.2538	-15.8376	19.3591	-18.49
13	2.5182	0.1284	-0.0465	1.7043	-0.0065	1.3804	0.0685	-0.5488	0.4471	0.2494	-0.0597	0.0414	0.1096	-0.1021	-0.0693	0.2577	0.0106	0.0262	0.3521	-0.0881	0.2966	-33.1122	22.6333	6.4495
14	2.2065	-0.6598	-0.8186	1.434	0.1241	0.8037	-0.1295	-0.5177	0.454	0.2198	0.1867	-0.3185	0.1207	-0.1482	-0.0556	0.2278	0.0222	-0.0617	0.4441	-0.1101	0.3419	-15.1389	16.8841	3.5756

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 29 )	A	0 - 29
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 30 through 48 )	A	30 - 48
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 49 through 73 )	A	49 - 73
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 74 through 115 )	A	74 - 115
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 116 through 155 )	A	116 - 155
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 156 through 182 )	A	156 - 182
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 183 through 203 )	A	183 - 203
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 204 through 228 )	A	204 - 228
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 0 through 16 )	B	0 - 16
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 17 through 62 )	B	17 - 62
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 63 through 131 )	B	63 - 131
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 132 through 182 )	B	132 - 182
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 183 through 203 )	B	183 - 203
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 204 through 231 )	B	204 - 231

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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