PDB-6nw6: Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6nw6

タイトル

Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from Mycobacterium abscessus in complex with S-Adenosyl methionine

要素

tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / TrmD / tRNA methyltransferase / SPOUT methyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase / tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase activity / tRNA N1-guanine methylation / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium abscessus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.67 Å

データ登録者

Thomas, S.E. / Whitehouse, A.J. / Coyne, A.G. / Abell, C. / Mendes, V. / Blundell, T.L.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Fragment-based discovery of a new class of inhibitors targeting mycobacterial tRNA modification.
著者: Thomas, S.E. / Whitehouse, A.J. / Brown, K. / Burbaud, S. / Belardinelli, J.M. / Sangen, J. / Lahiri, R. / Libardo, M.D.J. / Gupta, P. / Malhotra, S. / Boshoff, H.I.M. / Jackson, M. / Abell, ...

履歴

登録	2019年2月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年2月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年8月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2020年8月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6nw6.cif.gz	187.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6nw6.ent.gz	148.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6nw6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nw/6nw6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nw/6nw6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6nvrSC 6nw7C 6qo2C 6qo3C 6qo4C 6qo6C 6qoaC 6qocC 6qodC 6qoeC 6qofC 6qogC 6qohC 6qoiC 6qojC 6qokC 6qolC 6qomC 6qonC 6qooC 6qopC 6qoqC 6qorC 6qosC 6qotC 6qouC 6qovC 6qowC 6qoxC 6qqsC 6qqxC 6qqyC 6qr5C 6qr6C 6qr8C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6qqu-d 6qou-d 6qo4-d 6qog-d 6qrg-d 6qoq-d 6qod-d 6qox-d 6qo3-d 6qof-d 6qor-d 6qqz-d 6qqy-d 6nw7-d 6qok-d 6qr4-d 6nvr-d 6qqt-d 6qr1-d 6qr3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

B: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

ヘテロ分子

53.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.034, 79.240, 87.313
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase / M1G-methyltransferase / tRNA [GM37] methyltransferase 分子量: 26434.670 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium abscessus (バクテリア) 遺伝子: trmD, MAB_3226c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: B1MDI3, tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE 分子量: 398.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 287 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.89 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.08M Sodium cacodylate pH 6.5 -7.0, 1-2 M Ammonium sulphate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04 / 波長: 0.9282 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月2日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9282 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.67→75.03 Å / Num. obs: 61408 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.8 % / B_iso Wilson estimate: 26.21 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.068 / R_pim(I) all: 0.027 / R_rim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 16.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
1.67-1.76	8	0.927	8851	0.764	0.35	0.992	100
5.27-75.03	7	0.061	2126	0.995	0.025	0.066	99.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換
Phasing MR	Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
Aimless	0.5.12	データスケーリング
PHASER	2.5.7	位相決定
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6NVR

6nvr

解像度: 1.67→56.907 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.51

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2051	2999	4.89 %
R_work	0.1805	-	-
obs	0.1817	61334	99.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 109.06 Å² / B_iso mean: 34.0723 Å² / B_iso min: 16.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.67→56.907 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3253	0	59	287	3599
B_iso mean	-	-	39.35	43.86	-
残基数	-	-	-	-	425

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3447
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.142	4730
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	538
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	607
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.714	1273

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 21 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.6671-1.6944	0.2893	122	0.2571	2753	2875
1.6944-1.7237	0.2825	137	0.2443	2765	2902
1.7237-1.755	0.2551	145	0.2286	2733	2878
1.755-1.7888	0.2565	128	0.2158	2775	2903
1.7888-1.8253	0.2637	116	0.2075	2756	2872
1.8253-1.865	0.216	128	0.2027	2766	2894
1.865-1.9083	0.2164	138	0.1915	2725	2863
1.9083-1.9561	0.1957	135	0.1895	2762	2897
1.9561-2.009	0.2177	158	0.1773	2724	2882
2.009-2.0681	0.2157	147	0.1866	2769	2916
2.0681-2.1348	0.2136	132	0.1833	2791	2923
2.1348-2.2111	0.1961	143	0.184	2738	2881
2.2111-2.2997	0.2212	155	0.1873	2750	2905
2.2997-2.4043	0.2046	156	0.1846	2769	2925
2.4043-2.5311	0.1841	138	0.1827	2763	2901
2.5311-2.6897	0.1938	143	0.1884	2804	2947
2.6897-2.8973	0.2334	146	0.1958	2781	2927
2.8973-3.1889	0.2171	165	0.1904	2779	2944
3.1889-3.6503	0.1875	156	0.1794	2807	2963
3.6503-4.5986	0.1849	168	0.1492	2833	3001
4.5986-56.9406	0.2038	143	0.1711	2992	3135

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7353	0.0838	0.8411	2.8613	0.2068	2.8381	-0.0314	-0.7191	0.0618	0.9156	-0.093	0.169	-0.1209	-0.1614	0.0788	0.3075	-0.011	0.0188	0.343	-0.0066	0.2266	-32.7258	-13.3112	23.085
2	2.6807	0.3875	0.6875	2.8182	1.2167	2.3572	-0.0639	-0.2543	0.2897	0.1555	0.0494	0.2939	-0.1088	-0.2403	-0.0252	0.2656	0.0153	0.0524	0.2706	0.021	0.2411	-39.0352	-14.5839	19.8189
3	1.9271	0.348	0.4969	1.7022	0.7024	1.8296	0.0133	0.0159	-0.0841	0.1243	0.0208	0.0129	0.1102	-0.0324	-0.0314	0.1812	-0.0059	0.0035	0.2111	0.0034	0.2087	-34.6682	-17.4571	6.4811
4	2.2575	-0.0707	0.7996	0.0093	0.0338	1.4486	-0.0377	0.0316	0.0672	0.0093	0.0332	-0.0114	-0.0588	0.0423	0.0055	0.1878	0.0024	0.0064	0.173	-0.0054	0.203	-25.3337	-10.2076	12.1078
5	3.0659	-1.4439	1.2822	1.1929	-0.4167	0.6111	0.0201	-0.3056	0.6059	0.3296	-0.2999	0.2387	-0.1283	-0.1475	0.2025	0.376	-0.02	0.0452	0.2772	-0.1576	0.3509	-15.4823	-0.49	25.4894
6	1.2669	0.4156	-0.0084	2.018	-0.3312	0.6899	0.091	-0.0403	-0.2057	0.5337	0.0504	-0.3052	0.0803	0.229	-0.1404	0.3016	0.0374	-0.0566	0.2524	-0.0144	0.2287	2.4235	-4.5259	40.8975
7	1.1012	0.4892	0.8197	3.4499	2.5064	2.2463	-0.0508	0.1288	-0.1492	-0.1509	0.2587	-0.3598	-0.0954	0.4774	-0.1992	0.2624	-0.0489	0.0314	0.3185	-0.007	0.25	2.9486	-2.0731	24.2861
8	3.149	-1.0545	0.4212	3.6918	0.3093	2.0331	0.0934	-0.0887	-0.1953	-0.0034	-0.1231	0.6738	0.1895	-0.4723	0.0825	0.3243	-0.0848	0.0071	0.3437	0.0102	0.2979	-20.1483	-21.7393	32.7258
9	2.6585	-0.7983	-0.3278	3.8009	0.462	2.9786	0.0629	-0.0513	-0.6669	0.3644	-0.2663	0.8718	0.5849	-0.8836	-0.0229	0.3421	-0.132	0.0081	0.4021	-0.0392	0.378	-19.0711	-26.4359	34.5362
10	4.5211	0.7622	0.8483	5.4985	0.5272	2.123	-0.1017	-0.4537	0.0448	0.8281	0.0816	0.6953	0.0933	-0.4387	0.0637	0.3591	0.0285	0.0327	0.321	-0.0358	0.2741	-10.5331	-5.6428	43.8689
11	1.2256	0.0316	0.6278	1.4073	0.5226	1.9856	0.0075	-0.0758	-0.1486	0.2613	0.0371	-0.0566	0.208	-0.0024	-0.0314	0.209	0.0088	-0.0039	0.1686	-0.0031	0.1892	-8.3344	-19.3697	28.8551
12	0.5068	-0.3576	0.2648	0.2402	-0.1788	0.1393	0.0518	0.3317	-0.334	0.0127	-0.0962	-0.4036	0.3922	0.1192	-0.4599	0.3759	0.018	0	0.3664	0.041	0.5455	-15.4646	-27.4471	9.1982
13	2.7019	-0.1812	0.0275	1.4597	0.2234	1.2249	0.0388	0.3909	-0.4144	-0.2893	-0.0254	0.1569	-0.1203	-0.0014	0.0241	0.2286	-0.0107	-0.0007	0.3203	-0.0667	0.2551	-33.1066	-22.9039	-6.1477
14	2.4532	0.6747	0.7107	1.5428	0.5688	0.2665	-0.1611	0.3552	-0.5204	-0.3436	0.1815	-0.4068	-0.1359	-0.2549	-0.0781	0.2709	-0.009	0.0783	0.438	-0.0787	0.3685	-14.9011	-16.9809	-3.4878

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 19 )	A	0 - 19
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 20 through 48 )	A	20 - 48
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 49 through 83 )	A	49 - 83
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 84 through 155 )	A	84 - 155
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 156 through 180 )	A	156 - 180
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 181 through 203 )	A	181 - 203
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 204 through 227 )	A	204 - 227
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 0 through 17 )	B	0 - 17
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 18 through 40 )	B	18 - 40
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 41 through 62 )	B	41 - 62
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 63 through 155 )	B	63 - 155
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 156 through 181 )	B	156 - 181
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 182 through 203 )	B	182 - 203
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 204 through 231 )	B	204 - 231

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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